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專業從事有機食品知識培訓和有機食品認證的國家環境保護總局有機食品發展中心的總工程師邰崇妹副研究員認為，在有機食品加工過程中，對食品添加劑等配料的使用，應嚴格遵守相應的有機食品法規、掌握使用要點。
Ø 加工所用的配料必須經過許可
有機食品加工所用的配料必須是經過認證的有機原料、天然的或認證機構許可使用的。這些有機配料在終產品中所占的重量或體積不得少于配料總量的95％。當有機配料無法滿足需求時，允許使用非人工合成的常規配料，但不得超過所有配料總量的5％。一旦有條件獲得有機配料時，應立即使用有機配料替換。使用了非有機配料的加工廠都必須提交將其配料轉換為100％有機配料的計劃。
允許在加工中使用少量的非有機配料，但不能是人工合成的禁用物質，當然也不能是轉基因工程的產品。只有獲得認證的有機原料（也包括獲得認證的天然配料或認證機構許可使用的少量添加劑等配料）在終產品中所占的重量或體積比率大于95％以上，并且是由認證機構認可的設施加工和包裝的食品，才可以使用有機認證標志。
有機加工企業不能心安理得地長期使用非有機配料。每一個有機加工者都應該為實現其產品的有機完整性做出努力；否則，一旦今后有機法規修改，不再允許使用非有機配料，或者同類有機食品的市場競爭加劇時，使用非有機配料的企業就會變得十分被動。例如，某加工廠由于當年無法獲得經過認證的有機白砂糖，因而在其終產品中含有3％的常規白砂糖，該產品根據標準通過了有機認證；但由于有其他同行的加工廠生產出了100％有機成分的同類產品，且也獲得了有機認證，那么，前者的市場競爭力就明顯不如后者，或者其產品價格就可能會明顯降低。同時，從堅持有機完整性的角度考慮，100％有機原料也是所有有機從業者的追求目標。
Ø 同一配料不能并存幾種形態
在有機食品加工所用的配料中，同一種配料禁止同時含有有機、常規或轉換成分。
既然可以得到有機配料，就不應該再使用非有機的同一種配料，本來只允許最多有5％的非有機配料存在，與95％的有機原料相比，這應該是一種小量的配料，既然能夠得到這種有機配料，就應該全部使用有機的，這也是保證產品有機完整性的要求。例如，制造某種豆制品需要100噸大豆原料，如果只能買到96噸有機大豆，于是，加工廠就用了4噸轉換期大豆或常規大豆，這樣做是違反有機食品標準的；在這種情況下，加工者只要不使用這4噸轉換期大豆或常規大豆，減少一點豆制品的產量，就可以滿足有機食品標準的要求。對于小比例配料的要求，也是如此。
Ø 水和鹽不計入有機加工的配料
作為配料的水和食用鹽，必須符合國家食品衛生標準，但二者不計入有機加工的配料。
只要加工將用的水符合國家相關食品標準，就可以在有機加工中使用。某些有機飲品中的水分占了很大比例，如果將水計入總量，勢必不能反映有機食品各類成分的真實比例，因此，不能將水計入有機配料的總量。在計算有機配料比例時，應扣除水和鹽的重量。例如，一種有機飲料由90％的水、5％的有機水果原汁和5％的常規糖配制加工而成，由于水不能計入配料，該產品的實際配料比是有機配料與常規配料各占50％，所以，這樣的產品是不能被認證為有機飲料的。
再如，一種油汆花生產品中有94％的有機花生、4％常規棕櫚油和2％的食鹽，如果將食鹽計入配料，則該產品就不符合95％有機配料的要求。但由于食鹽不計入配料，所以，有機花生占配料的實際比例是95.9％，因此，該產品可以被認證為有機食品。
根據有機食品標準，任何形式的水（包括礦泉水、純凈水、地下水等）和食鹽都不應該被納入有機認證之列。
Ø 嚴格限用營養強化劑
禁止使用礦物質、維生素、氨基酸和其他從動植物中人工分離的純物質，法律規定必須使用或可證明食物營養成分中嚴重缺乏的例外。
這條規定允許有例外情況，但不可利用這個例外規則在有機食品加工中隨意或大量使用維生素等物質，因為，其前提是“法律規定”或“嚴重缺乏”；如果不能提供法律規定文件，或不能證明嚴重缺乏，則添加上述物質就是違反規定的行為，這樣加工出來的食品不能獲得有機認證。
例如，對于市場上流行的富硒米等產品，除非是從天然富含硒的土壤上生產出來的產品；否則，即使大米或其他糧食產品是按照有機標準加工出來的，這些添加了人工合成的物質的食品也不能通過有機認證。
不過，有機食品標準并沒有禁止使用天然來源的礦物質和維生素；當然，這要符合上述的“例外原則”。
Ø 禁止使用轉基因配料
在有機食品加工過程中，禁止使用來自轉基因的配料、添加劑和加工助劑。
對于基因工程技術及其產物的生物安全性問題，學術界的爭論一直沒有停止，反而有愈演愈烈的趨勢。目前，在基因工程產物對人類、生態和環境的影響方面的討論尚沒有結果，在許多消費者對基因產品安全性存有疑慮的情況下，世界各國的有機認證機構都把基因工程技術及其產物排除在有機認證的范疇之外。因此，有機食品加工企業如欲在加工中使用未被列入標準允許或限制使用物質表中的物質，必須首先征得認證機構的認可，并提供相關的說明和證明材料，特別要證明不存在與基因工程技術或其產物有關聯的問題。
在有機食品加工中，應十分注意原料的轉基因問題，尤其是從事來料加工的有機加工企業，一定要在看到原料的有機認證證書及有機原料的非轉基因證明后，才可接受原料。
除原料外，最容易存在轉基因問題的是加工中使用的微生物制劑，如添加的酶、曲等。現在，在這類產品的生產中，使用生物技術相當普及，因此，需要特別加以注意，謹防錯用、誤用，從而導致前功盡棄的后果。
對于為有機農業服務的生產資料，如微生物肥料、微生物農藥等產品的生產，也應充分注意其中可能存在的轉基因物質和技術問題。
Ø 出口的有機食品應符合進口國的標準
據國家環境保護總局有機食品發展中心的邰崇妹副研究員稱，對于需要出口的有機食品等有機產品，還必須了解進口國對有機產品的標準和要求。例如，日本的有機JAS標準規定，在有機生產或加工過程中不允許使用碳酸氫鉀；美國允許在加工過程中使用過氧化氫，歐盟則禁止使用；歐盟允許在加工中使用活性炭，而美國則不允許。出口的有機產品，必須在遵守我國有機產品認證標準的同時，也符合進口國和地區的相關有機標準。
