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在HACCP的七個基本原理中，原理一就是"危害分析和預防措施"。在HACCP中，"危害"指的是食物中可能引起疾病或傷害的情況或污染。這些危害主要分為三大類即：生物的危害、化學的危害和物理的危害。而在食品中發現的令人厭惡的昆蟲、毛發、臟物或腐敗等，因為它們經常不是直接的與產品的安全有關，除非這些條件直接影響到食品的安全，否則，它們不在HACCP計劃的控制范圍之內。它們將由良好操作規范（GMP）和衛生標準操作程序（SSOP）來控制，也就是說HACCP不是一個孤立的系統，而是建立在GMP和SSOP基礎之上的。
在影響食品安全的三大類危害中，生物的危害占80%~90%。生物的危害包括有害的細菌、病毒和寄生蟲。食品中的生物危害既有可能來自于原料，也有可能來自于食品的加工過程。食品中重要的微生物種類包括：酵母、霉菌、細菌、病毒和原生動物。酵母、霉菌一般不引起食品中的生物危害（雖然某些霉菌產生有害的毒素，毒素屬化學危害），只有細菌、病毒和原生動物能引起食品的生物危害，使食品不安全。化學危害有三類。一類是天然的化學物質，如霉菌毒素、組胺、魚肉毒素和貝類毒素等，它們主要存在于植物、動物和微生物中。二是有意添加的化學藥品--食品添加劑，如防腐劑、營養添加劑和色素添加劑等。第三類化學危害是無意地或偶然加入的化合物。如農用殺蟲劑、除草劑、抗菌素和生長激素等的殘留、有毒元素超標、消毒劑和清潔劑等污染食品都有可能造成化學危害。化學污染可以發生在食品生產和加工的任何階段。要消除這種危害，必須從種養殖的源頭抓起，否則，危害一但進入食品，就很難再將其消除。物理的危害包括任何在食品中發現的不正常的潛在的有害的外來物，如玻璃、金屬等，這類危害是最常見的消費者投訴的問題。
在影響食品安全的三大類危害中，生物的危害占80%~90%。生物的危害包括有害的細菌、病毒和寄生蟲。食品中的生物危害既有可能來自于原料，也有可能來自于食品的加工過程。食品中重要的微生物種類包括：酵母、霉菌、細菌、病毒和原生動物。酵母、霉菌一般不引起食品中的生物危害（雖然某些霉菌產生有害的毒素，毒素屬化學危害），只有細菌、病毒和原生動物能引起食品的生物危害，使食品不安全。化學危害有三類。一類是天然的化學物質，如霉菌毒素、組胺、魚肉毒素和貝類毒素等，它們主要存在于植物、動物和微生物中。二是有意添加的化學藥品--食品添加劑，如防腐劑、營養添加劑和色素添加劑等。第三類化學危害是無意地或偶然加入的化合物。如農用殺蟲劑、除草劑、抗菌素和生長激素等的殘留、有毒元素超標、消毒劑和清潔劑等污染食品都有可能造成化學危害。化學污染可以發生在食品生產和加工的任何階段。要消除這種危害，必須從種養殖的源頭抓起，否則，危害一但進入食品，就很難再將其消除。物理的危害包括任何在食品中發現的不正常的潛在的有害的外來物，如玻璃、金屬等，這類危害是最常見的消費者投訴的問題。
對影響食品安全的任何危害，在HACCP計劃中都要采取相應措施，將其消除或降低到可接受水平。由于危害的種類很多，且危害的種類是隨時隨地不斷發展變化的，食品加工者應通過各種媒體，獲得食品潛在危害的有關知識，以確保食品安全。
