通過危害分析和預防措施確定了關鍵控制點（CCP），為每個CCP建立關鍵限值和操作限值后，接下來需要建立文件化的監控程序，對每個CCP點對應的關鍵限值和操作限值進行定期的測量或觀察，以評估一個CCP是否受控，根據監控值的變化趨勢，及時采取相應措施，如加工調整或采取糾正措施。監控對象、監控方法、監控頻率以及監控人員構成了監控程序的內容。

    在監控程序中要規定控制的目標，也就是監控對象，例如：當對溫度敏感成份是關鍵時，則對溫度進行測定；當酸化是食品生產的關鍵時，則測量酸性成份的PH值；當加熱或冷卻過程是關鍵時，則溫度和傳送速度為監控對象。監控對象可以包括觀察對一個CCP的預防措施是否實施。例如：檢查原料供應商的許可證；檢查軟體貝類原料容器上的標簽所記的捕撈海域，確定是否來自未批準的捕撈區域等。

    在監控方法中，要規定為達到控制目標所使用的方法以及儀器設備。監控必須提供快速的或即時的結果。微生物檢測因耗時長且不宜掌握，因此很少用于CCP監控；物理和化學的測量手段快速、方便，是較理想的監控方法，如對時間／溫度、水分活度（aw）、酸度（PH）、感官檢查等的監控都是常用的監控方法。

    在監控程序中，除了規定合適的監控方法外，還必須考慮選擇何種監控儀器、設備。根據不同的監控對象，可選用不同的監控儀器、設備，如溫度計、自動溫度記錄儀、鐘表、衡量器、PH值計、水活度計和化學分析設備等。設備必須準確、可靠。例如，某產品的最低中心溫度必須達到63℃方可殺滅致病菌，而溫度計的誤差為±１℃，那么，CL值就設定為64℃。另外，溫度計需定期校正，以確保準確性。

    在監控程序中應規定監控頻率。監控可以是連續的，也可是非連續的。但監控頻率必須能確保對CCP進行有效監控，只要有可能，盡量采用連續監控，連續監控對很多種物理和化學參數是可行的。例如，采用溫度記錄儀可以對蟹肉巴氏殺菌全過程的溫度／時間實現監控和記錄；采用金屬探測器對產品進行金屬雜質的連續監控等。

    監控儀器、設備可以產生連續的監控記錄，但并不意味著已經對危害實行了控制。定期檢查連續監控記錄，必要時采取措施，這也是監控的一個組成部分。當出現CL偏離時，檢查間隔的時間長短將直接影響到產品返工和損失的數量，因此，監控頻率必須有利于產品的標識和可追溯性。
當不可能連續監控一個CCP時，例如，罐內最大裝罐量、初溫的監控等，縮短監控的時間間隔，對監控可能發生的關鍵限值和操作限值的偏離是很有效的一種手段。

    制定HACCP計劃時，明確由誰監控以及監控責任是另一個重要的考慮因素。從事CCP監控的人員可以是：流水線上的人員、設備操作者、監督員、維修人員或質量保證人員。作業的現場人員進行監控是比較合適的，因為這些人在連續觀察產品的生產和設備的動作中，能容易地發現異常情況的發生。同時，HACCP活動中有現場人員參與，有利于HACCP計劃的理解和執行。CCP監控人員必須：（1）受過CCP監控技術的培訓；（2）充分理解CCP監控的重要性；（3）在監控的方便崗位上作業；（4）能對監控活動提供準確報告；（5）能及時報告CL值偏離情況，以便迅速采取糾正措施。

    監控人員的責任是及時記錄監控結果，報告異常事件和CL值偏離情況，以便采取加工過程調整或糾正措施。所有CCP的有關記錄必須有監控人員的簽名。

    另外，在監控程序中應規定審核負責人，審核人員負責對監控記錄進行審核，并在審核記錄上簽字。監控記錄必須予以保存，它可以用來證明產品是在符合HACCP計劃要求的條件下生產的，同時，為將來的驗證提供必需的資料。