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FSMS和HACCP體系主體過程分為文件審核、第一階段審核、第二階段審核、監督審核、換證審核和跟蹤調查等過程，在實際審核過程中遇到企業方出現一些比較常見的問題，小編結合實際進行了列舉，供大家參考。
01、基礎設施及結構布局
首先，我們的廠區周邊需要滿足GB 14881食品生產通用衛生規范。
我們需要掌握一個原則，就是“防護有效”。
也許我們的廠區周邊有一定影響食品安全的因素，但只要我們識別到了風險并做出相應防護，審核老師一般也會認可。
其次，我們要核查各功能區劃分是否明顯，是否存在交叉污染現象；
核查生活區與生產區是否保持規定的距離，或者采取了分隔措施；
觀察綠化區是否與生產車間保持了適當的距離，綠化區內不要有垃圾和雜物。
廠房各功能區布局檢查重點：
潔凈區劃分是否合理；
清潔作業區：灌裝車間（商業無菌灌裝除外）；
準清潔作業區：原料預處理車間、包材暫存間、殺菌車間、發酵室、冷卻車間、其他加工車間；
一般作業區：收奶間、原料倉庫、包裝材料倉庫、外包裝車間及成品庫；
各作業區的交叉污染：人流、氣流、水流應從高潔凈區流向低潔凈區，物流反之。
現在很多企業為了使廠區看起來整潔，喜歡用“暗溝”代替“明溝”排水。但其實，明溝更有利于人員發現污物從而及時進行清潔。我們沒有必要為了表面上的光鮮而削足適履。
各作業區空氣質量控制：沉降菌，溫濕度，空氣的殺菌、消毒或凈化，是否維持高潔凈區向低潔凈區的空氣正壓；是否有第三方機構出具的檢測報告（驗證依據）。
02、生產設施與設備
供水設施：水源及水系統
排水：流向、防蟲
個人衛生設施：更衣室、衛生間、洗手消毒
通風與照明
設備的材質、安裝、維護。
說到水源問題，以乳企為例：
許多牧場因為在較偏遠地區，沒有自來水供給，均采用井水。但大部分牧場都未對井水進行充分的凈化處理，這些水也許不會直接加入乳制品中，但也是清潔用水，必然會影響食品接觸面。因此我們不能以“不是原料”為由，而忽視了對水源的管理。
03、過程控制
原輔料的接受與儲存，尤其是包材及配料——滿足FIFO，FEFO；
生產過程中的清潔、加工的執行及記錄，如：
—更換品種時濃縮、掃塔、粉倉應更換過濾袋、軟連接；
—清場不徹底，未按既定要求頻率進行清場；
CIP是一種很好的清潔方法，但很多企業由于生產需要，延后和降低CIP頻率，這會增加食品安全風險。
—消毒液配置濃度不合規；
—生產過程管理制度執行存在問題，記錄不準確，尤其是小料添加和質量控制點的操作
異物的管理：金屬，玻璃等。
很多企業金屬模塊丟失，甚至自制了一個。這都是不被允許的。
04、檢驗與監控
執行情況、檢驗與監測頻率、能力資質及文件記錄，重點在于“數據分析”。
許多企業存在如下常見問題：
研究、防范生產過程中存在的風險因素的活動未實施或無法提供記錄；
物料平衡表中未顯示抽樣數量、密封性檢驗數量、凈含量檢驗數量、損失數量等信息；
無清場效果驗證記錄；
無準清潔作業區微生物監控記錄；
未能按《細則》要求的日常監測頻次對清潔作業區車間內的致病菌進行監測，且未對配料間進行監控；
未提供清潔作業區浮游菌、沉降菌和人員體表微生物檢測的檢驗原始記錄；
清潔作業區微生物最大允許數中浮游菌項目應每周檢驗一次，但企業未按該頻率執行
……等等。
體系的監控
還是以乳企為例，奶源部如果只負責奶罐車鮮奶的檢驗及收獲，在奶源自控上有欠缺，未定期對牧場進行內審，則也屬于監控不到位；
此外，供應商審核管理制度不完善，企業的主要原料供應商現場審核制度缺少有關產品質量、審核頻次的規定，則也視為監控不到位。
05、食品安全文化
“Food Safety Culture”這一概念最先由BRCGS提出，它是管理食品安全的最高層次手段。就像冰山模型，我們可以從文件要求上看到的，僅僅是冰山的上半部分，而下面隱藏著的，最為重要的的堅固力量，就是員工發自內心的是食品安全意識，也就是企業的食品安全文化。
它意味著員工會主動做正確的事情，在意的是沒人看的時候員工做了什么。
“欺騙行為”如果總會發生，說明員工沒有把自己公司的食品安全擺在正確的位置，他們可能認為這不是給自己吃的東西，所以并不在意。違反“食品安全文化”的事例可能包括：
同一人簽名有多個版本，經核查，并不是同一人簽名；
員工日常健康檢查不嚴格，健康檢查記錄缺失；
產品包裝標簽更換后未備案
……等等
