危害識別
    食品的危害識別在HACCP體系中是十分關鍵的環節，它要求在食品原料使用、生產加工和銷售、包裝、運輸等各個環節對可能發生的食品危害進行充分的識別，列出所有潛在的危害，以便采取進一步的行動。食品中的危害一般可分為生物危害、化學危害和物理危害。
    生物危害
    生物危害包括病原性微生物、病毒和寄生蟲。
    病原性微生物一般會導致食源性疾病的發生，且發病率較高。在美國平均每年達3萬多例，我國每年報告的集體發病事件，多數也屬于食源性疾病。病原性微生物對人體健康造成的傷害包括食源性感染和食源性中毒。食源性感染會造成腹瀉、嘔吐等癥狀；食源性中毒，即食物中毒，對人體造成的危害更加嚴重。病原性微生物主要的來源是，在適宜的環境如營養成分、pH值、溫度、水活度、氣體（氧氣）等條件下，微生物會快速繁殖，從而引起食物腐敗變質。
    病毒比細菌更小，食品攜帶上病毒后，可以通過感染人體細胞從而引起疾病。如1998年春天上海暴發的大規模甲肝，造成大約30萬人感染上甲型肝炎病毒，導致發燒、腹痛腹瀉、肝臟炎癥并伴有黃疸等癥狀。病毒污染食品的途徑一般如下：一是動植物原料環境感染了病毒，如上海甲肝病流行就是人們食用的毛蚶生長水域感染了甲肝病毒。二是原料動物攜帶病毒，如牛患狂犬病或口蹄疫。三是食品加工人員帶有病毒，如乙肝患者。
    寄生蟲通常寄生在宿主體表或體內，通過食用攜帶寄生蟲的食品而感染人體，可能出現淋巴結腫大、腦膜炎、心肌炎、肝炎、肺炎等癥狀。比如人們比較熟悉的豬囊蟲病，就是人們食用了未煮熟的囊蟲病豬肉而被感染。
    寄生蟲污染食品的途徑有以下幾種：一是原料動物患有寄生蟲病，二是食品原料遭到寄生蟲卵的污染，三是糞便污染、食品生熟不分。
    化學危害
    化學危害一般可分為天然的化學危害、添加的化學危害和外來的化學危害。
    天然的化學危害來自于化學物質，這些化學物質在動物、植物自然生產過程中產生，如人們常說的毒蘑菇、某些生長在谷物上的霉菌可以生成毒素（比如黃曲霉毒素可以致癌）、河豚中含有的毒素、某些貝類因食用一些微生物和浮游植物而產生貝毒素。
    添加的化學危害是人們在食品加工、包裝運輸過程中加入的食品色素、防腐劑、發色劑、漂白劑等，如果超過安全水平使用就成為危害。
    外來的化學危害主要來源于以下幾種途徑：一是農用化學藥品，如殺蟲劑、除草劑、化肥等的使用。二是獸用藥品，如獸醫治療用藥、飼料添加用藥在動物體內的殘留。三是工業污染如鉛、砷、汞等化學物質進入動植物及水產品體內，食品加工企業使用的潤滑劑、清潔劑、滅鼠藥等化學物質污染食品。
    化學危害對人體可能造成急性中毒、慢性中毒、影響人體發育、致畸、致癌甚至致死等后果。
    物理危害
    物理危害是指在食品中發現的不正常有害異物，當人們誤食后可能造成身體外傷、窒息或其他健康問題。比如食品中常見的金屬、玻璃、碎骨等異物對人體的傷害。物理危害主要來源于以下幾種途徑：植物收獲過程中摻進玻璃、鐵絲鐵釘、石頭等；水產品捕撈過程中摻雜魚鉤、鉛塊等；食品加工設備上脫落的金屬碎片、燈具及玻璃容器破碎造成的玻璃碎片等；畜禽在飼養過程中誤食鐵絲，畜禽肉和魚剔骨時遺留骨頭碎片或魚刺。