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所謂食品交叉污染是指食品的原料之間、半成品、成品在生產、加工、儲存、運輸過程中，所造成的污染，是食品衛生中非常重要的污染方式，其特點是病原體從未經處理的原料、容器、設備、加工人員的手等傳播到經過加工后待食用的食物上。
在食品加工工業區域經常存在一些可能引起污染和交叉污染的潛在危險，一旦病原體傳播到食物上被人食用，病原就會很容易發生。雖然交叉污染在生產的多個過程中都可能發生，但是只要能知道污染發生的原因與方式，便能有效地預防。例如：嚴格控制人流、物流、氣流和水流方向,確保操作人員保持良好的衛生習慣,防止交叉污染的發生。
一、交叉污染的主要來源
1.工廠選址、設計、車間工藝布局不合理
企業需要建在環境無污染的地方，不能建在低洼處，在雨季時地面積存的污水很可能會倒灌進廠區從而污染水源。車間內部設計要合理，清潔區與非清潔區界限明確。
2. 生熟產品嚴格分開
①生熟分開主要包括了生熟區域、人員、生熟食品、工器具等都需要嚴格分開。
②生熟區域分開指同一區域內不能既有生制品或生物料，同時又有熟制品或半熟物料，不同的原料、半成品和成品可能會有不同的衛生安全要求。
③生熟區人員需要分開是指加工生產生制品的員工衛生防護控制與加工熟制食品的操作員工的衛生控制的要求不同，若生制品的工作人員進入熟制品生產車間，則會產生交叉污染；反之若熟制品車間員工進入生制品車間，同樣也會出現交叉污染。
④生熟食品分開是指將生熟制品混放并未分開所造成的交叉污染。
⑤生熟器具分開是指生產過程中輔助生產所需要的工具、器具同時用于生熟制品車間或工序，并且在使用期間并未按照要求對工器具進行徹底的清潔消毒，也會造成污染。
3.加工人員個人衛生要符合人員衛生操作
生產加工人員需要嚴格按照人員衛生操作規范。
4.設備、工器具等消毒不徹底
設備、工器具的消毒不徹底，尤其是管道、傳送帶、料斗以及一些不易清潔的設備以及工器具死角，清潔消毒不徹底將會造成加工產品或不同批次產品的交叉污染。
5.生產加工區域內廢棄物存放不當
生產過程中產生的廢棄物，必要時有專人進行管理，若做不好這些廢棄物的處理工作，將造成加工食品的交叉污染。
二、交叉污染的控制措施
1.工廠的選址、設計、應符合加工衛生要求
工廠的選址應該設立在周圍環境無污染的地方，鍋爐房設在廠區下風處，廠區廁所、垃圾處理區域應遠離車間。
在車間設計上應根據由非清潔區→清潔區來合理安排車間布局。
工藝流程按照由原料加工、半成品加工、成品包裝車間及工序依次分開，原料庫與成品庫分開，車間內所使用的工器具均應為易于清洗消毒且無毒產品。
車間廢水排放 應按照清潔區→一般作業區→污水處理的排放，且廢水直接排入水溝中，不能造成地面積水。
2.生熟要嚴格分開
車間內生區和熟區要分開，做到人流、物流、氣流、水流嚴格分開，不能相互交叉。
在設計時應提前規劃并明確人流、物流、水流、氣流的方向。
3.食品原料采購污染控制措施
實施原材料采購的驗收把關質量管理，嚴格控制原材料質量，不符合要求的原材料不準使用，直接做拒收處理。
4.食品儲存污染控制措施
庫房要保持干燥整潔，無積水、蚊蟲，門窗封閉完好、通風良好、嚴禁放置有毒、有害以及和產品無關的物品；
庫房存放的成品或原料在存放過程中不能直接與地面和墻壁接觸，按照產品類別進行分區分類存放，定期排查，及時處理變質或超過2/3保質期的不良庫存，并進行專人管理；
原輔包裝材料嚴格按照標準驗收并入庫，確保原輔包裝材料清潔、無破損、無污染。
5.食品加工過程污染控制措施
生產工藝流程應科學、合理，人流、物流分開通道。
生產加工過程應當嚴格按照生產工藝執行，并采取必要的措施防止食品交叉污染；
企業隨季節變化制定合理的防護措施，定期排查并分析原因，不斷完善，比如設置相應的防鼠、防蚊蠅的有效措施，避免危及食品質量安全；
食品加工過程的周轉要有專門的符合食品要求的工器具，且生產區域不得存放與生產無關的物品，清洗消毒類化學品需要專門存放并由專人管理。
6.完善員工的衛生管理制度
食品加工人員每年應進行健康檢查，取得健康證明；
上崗前應接受衛生培訓,提高食品從業人員控制食品污染的技能；
進入作業區域應規范穿著潔凈的工作服，不應配戴飾品、手表，不應化妝、染指甲；
生產期間不得隨意串崗；
不得攜帶或存放與食品生產無關的個人用品，按要求洗手、消毒，頭發全部放于工作帽內 ；
離開作業區域或接觸可能有污染的物品后再次進入作業區域前須嚴格按照要求進行洗手消毒。
7.廢棄物控制措施
制定廢棄物存放和清除制度；
車間內在生產過程中掉落的需要廢棄的半成品或成品，需要及時清除且消毒處理；
車間外廢棄物放置場所應與食品加工場所隔離防止污染，防止蟲害孳生。
8.化學品污染的控制
制定防止化學污染管理制度，分析可能的污染源和污染途徑，制定適當的控制計劃和控制程序；
食品添加劑嚴格按照GB 2760的要求；
建立清潔劑、消毒劑等化學品的使用制度并作好記錄，食品添加劑、清潔劑、消毒劑等均應合理保存，明確標示、分類貯存，領用時應準確計量、做好使用記錄。
9.制定清洗和消毒制度
制定有效的清潔消毒制度，降低微生物污染的風險；
落實清潔消毒制度的執行情況，真實準確記錄，及時驗證消毒效果，發現問題并及時整改。
