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1進出口食品檢驗檢疫監(jiān)管體系不夠完善
一是監(jiān)管部門沒有對監(jiān)管給予足夠的重視，還是把重心更多的放在了檢驗上面。重檢驗輕監(jiān)管現(xiàn)象突出，批批檢驗依然盛行。監(jiān)管做為檢驗檢疫的前序工作，它開展效果的好壞直接影響到其后的檢驗工作，不可謂不重要。
二是現(xiàn)今監(jiān)管部門內(nèi)部之間的協(xié)調(diào)程度還很低，沒有能形成很好的合力，措施也不夠科學有效，缺乏針對性。部門之間的銜接存在許多問題，導(dǎo)致部門之間沖突，這就造成監(jiān)管環(huán)節(jié)的重疊或空白。各部門之間是橫向的關(guān)系，各監(jiān)管部門相對獨立，相互間沒有隸屬或監(jiān)督關(guān)系，這對食品安全監(jiān)管也不利。涉及部門過多，相關(guān)具體標準和法規(guī)在制定上也不夠協(xié)調(diào)和系統(tǒng)，以致在部門利益的驅(qū)動下，各自理解執(zhí)行，爭權(quán)奪利的現(xiàn)象時有發(fā)生
。
三是地方政府對進出口食品安全的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)協(xié)調(diào)不力。由于檢驗檢疫屬垂直管理部
門，與地方政府、相關(guān)部門缺少有效的溝通途徑，許多進出口食品安全工作在某種程度上得不到地方政府的足夠重視和相關(guān)部門的大力支持，導(dǎo)致問題得不到及時解決。
2主動預(yù)防食品安全質(zhì)量事件發(fā)生的能力不足
隨著食品進出口量的不斷擴大和國外要求項目不斷增加，檢驗檢疫工作量大幅增加，傳統(tǒng)的批批檢、項項檢模式已不能適應(yīng)外貿(mào)發(fā)展的需要，面對這樣的困境，這對我國出入境部門預(yù)防進出口食品安全的能力是個極大的挑戰(zhàn)。在突如其來的食品安全事件發(fā)生時由于經(jīng)驗還是有所欠缺而常常處于“被動應(yīng)付”，對一些食品安全事件發(fā)生還難以做到及早發(fā)現(xiàn)和消除隱患，國外通報仍常有發(fā)生。另一方面，我國出口食品受到農(nóng)獸藥殘留、毒素、微生物以及添加劑等影響，出口食品安全問題屢見不鮮，從而導(dǎo)致我國食品的國際聲譽受到影響。
3進出口食品企業(yè)的質(zhì)量主體缺失
檢驗檢疫人員承擔了一些本屬于企業(yè)的責任。部分進出口食品企業(yè)質(zhì)量安全意識淡薄，不知標準、不懂標準或不用標準，自檢、自控水平不高，對國內(nèi)外尤其是國外的相關(guān)安全衛(wèi)生標準缺乏了解。同時，內(nèi)部產(chǎn)品質(zhì)量控制體系不健全，如沒有切實落實產(chǎn)品質(zhì)量首責，源頭問題依然較為突出，產(chǎn)品質(zhì)量難以保障。部分出口企業(yè)甚至通過報甲出乙、擅自更改目的地等手段，將未經(jīng)檢驗檢疫合格的食品出口，現(xiàn)已成為不合格食品流出國門的重要渠道。更嚴重的個別企業(yè)則唯利是圖、社會責任缺失，違例使用國家禁止使用的物品、濫用準許使用的藥品、使用非食品添加劑等。這些都沒有切實落實產(chǎn)品質(zhì)量安全主體責任人的責任。
4檢驗檢疫部門現(xiàn)有人員、技術(shù)難以滿足工作需要
為確保出口產(chǎn)品質(zhì)量安全，擴大產(chǎn)品出口，在嚴峻的形勢下，檢驗檢疫部門深入種植、養(yǎng)殖源頭，實施備案監(jiān)督管理，檢驗檢疫人員除了要對出口企業(yè)加工過程進行監(jiān)管外，還要對種植、養(yǎng)殖、飼料、藥物進行監(jiān)管，不僅需要大量人力、物力，而且對監(jiān)管人員的能力也提出了更高要求，實際難以監(jiān)管到位。而隨著食品進出口數(shù)量的增加，檢驗檢疫部門工作量大幅增加，將導(dǎo)致人力不足，而未能及早發(fā)現(xiàn)食品安全事件，只能是出現(xiàn)問題后被動應(yīng)付。與此同時，因檢驗檢疫部門往往需要參與源頭管理，對加工過程的監(jiān)管力度有不斷弱化跡象，那么在人員、檢測技術(shù)上已難以滿足無限延伸的工作需要。
從另一個角度來看，檢驗檢疫部門是由于承擔了過多不必要的職責，才導(dǎo)致檢驗檢疫部門人員、技術(shù)難以滿足工作需要。特別是在當前我國初級農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)整體水平較低，而相關(guān)職能部門又沒有主動承擔起初級農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)環(huán)節(jié)的監(jiān)管責任，總是在檢驗檢疫部門的推動下開展工作，而為了解決制約當前食品、農(nóng)產(chǎn)品出口農(nóng)獸藥殘留瓶頸問題，檢驗檢疫部門往往存在過多參與源頭管理，包攬原料質(zhì)量安全責任的情況。
5技術(shù)法規(guī)和標準滯后
建立在科學和風險分析基礎(chǔ)上的食品安全標準體系，是實施進出口食品安全管理工作、促進國際食品貿(mào)易發(fā)展的技術(shù)基礎(chǔ)和保障。我國的食品質(zhì)量安全標準由產(chǎn)品質(zhì)量標準、技術(shù)標準和基礎(chǔ)標準組成，以法律和管理條例的形式發(fā)布的，在促進食品工業(yè)的發(fā)展
和保護消費者健康方面發(fā)揮了巨大作用。但隨著社會的發(fā)展變化，也暴露出了越來越大的漏洞，表現(xiàn)為： （1） 食品質(zhì)量標準重疊、混亂，缺乏權(quán)威。我國有關(guān)食品的標準制定有若干套體系。衛(wèi)生部門制定衛(wèi)生標準，質(zhì)檢部門負責制定產(chǎn)品質(zhì)量標準和所有標準的審批，各行業(yè)主管部門也有權(quán)制定本行業(yè)的標準。生產(chǎn)者是否執(zhí)行標準，行業(yè)主管部門、質(zhì)量部門、衛(wèi)生部門往往都要監(jiān)督。關(guān)于食品安全問題，國內(nèi)的法規(guī)有很多出發(fā)點不同，標準也不同。（2） 食品質(zhì)量標準與國際標準接軌不夠，許多有關(guān)食品安全的標準標齡過長，缺乏科學性和可操作性，在技術(shù)內(nèi)容方面與WTO 有關(guān)協(xié)定和食品法典委員會（AC） 標準存在較大差距。發(fā)達國家采用國際標準已達到80%以上，日本達90%以上，我國的國家標準只有40 %左右等同采用或等效采用了國際標準，食品行業(yè)國家標準的采標率只有20 %。近年來，我國出口食品屢屢被退回，其中有技術(shù)貿(mào)易壁壘的原因，但更深層次的原因還是我國的食品質(zhì)量安全達不到國際標準。（3） 食品質(zhì)量安全標準存在許多空白點，不能適應(yīng)迅速發(fā)展的食品產(chǎn)業(yè)。在目前我國頒布的兩萬多項國家標準中，農(nóng)業(yè)方面的標準只占10 %左右。以蔬菜為例，從蔬菜商品標準化和蔬菜流通現(xiàn)代化來講，凡是進入市場的各種蔬菜都應(yīng)納入制定標準的范圍，但是，在我國常用的12大類89 種蔬菜中，制定出新鮮蔬菜質(zhì)量標準的卻不足20 種，至于采納國際標準的更是鳳毛麟角。此外，在老百姓特別關(guān)注的常用食品質(zhì)量問題，如肉制品、豆制品、面制品、水產(chǎn)品等方面還存在空白。 
