根據我國《認證認可條例》規定，認證是由認證機構證明產品、服務、管理體系符合相關技術規范、相關技術規范的強制性要求或者標準的合格評定活動。從這個定義中可以看出，一種認證制度的基本要素包括“認證依據標準”、“認證基本規范”和“合格評定程序”。認識和理解各種食品農產品認證制度可以分別從這些方面進行比較分析。
1.認證依據
認證依據的標準或技術規范是一種認證制度區別于其他認證制度的主要特征，各種食品農產品認證制度間的根本區別也體現在標準的不同，建立一種認證制度的必要性也與標準有關。比如經常有消費者甚至是認證監管人員對無公害農產品認證、綠色食品認證和有機產品認證的區別感到迷惑，其實分別把三種認證制度依據的標準對比一下，就非常清楚了。無公害農產品認證依據的是無公害農產品國家標準或行業標準，對于農藥和化肥的使用僅規定不使用國家禁止使用的農藥和化肥，對于農藥化肥殘留量也是國家強制標準規定；綠色食品認證依據的是農業部綠色食品行業標準，其農藥和化肥的使用要減少，殘留量的限量也加嚴了；有機產品認證依據的是有機產品國家標準，不允許使用農藥和化肥，農藥殘留限量不能超過國家強制標準的5%。
2.認證基本規范
認證基本規范是指認證活動必須依據的，包括認證制度設立、認證性質、認證模式及選擇方式、技術要求和基本實施程序和對實施機構和人員要求，表示合格的方式等的文件。認證規則是指對某（類）產品、服務或管理體系實施認證的基本規則和程序。認證基本規范和認證規則都應由國務院認證認可主管部門制訂和發布，往往以部門規章、規范性文件形式發布。以有機產品認證為例，其認證基本規范就是《有機產品認證管理辦法》以國家質檢總局令形式發布，《有機產
品認證實施規則》以國家認監委公告形式發布。隨著我國認證認可制度的完善，在設立新的認證制度時，往往不需要單獨制訂認證基本規范，而將相關特定要求融合到認證規則中。
    基本規范中規定的認證性質和認證模式，對實施機構和人員的要求及表示合格的方式也是區分各種認證制度的重要特征。這里以比較常見的有機產品認證、無公害農產品認證和HACCP 認證為例來進行分析。認證性質和認證模式指這種認證是產品認證還是體系認證，有機產品認證和無公害農產品認證都是產品認證，而HACCP 認證是體系認證；對實施機構和人員的要求一般指機構的準入（批準）條件，是否要求認可，檢查（審核）人員是否需要注冊等，以上三種認證制度在
其認證基本規范中都明確要求要獲得認可，有機產品認證檢查員和HACCP 認證審核員都需要在中國認證認可協會進行注冊，而無公害農產品認證無此要求；表示合格的方式除了認證證書外還包括認證標志及施用方式，有機產品認證和無公害農產品認證作為產品認證允許在獲證產品上使用相應產品認證標志，而HACCP認證作為一種體系認證，不能在產品上使用產品認證標志，也不能誤導公眾認為其產品已通過認證。
3.合格評定程序
合格評定程序即認證機構開展相應認證活動的程序要求。相同認證性質和認證模式的的認證制度開展認證的程序基本一致。
各類食品農產品認證依據標準、基本規范/規則一覽

序號	認證制度	認證基本規范	認證依據標準
1	良好農業規范認證	《良好農業規范認證實施規則》（CNCA-N-004:2007）	良好農業規范系列國家標準（GB/T20014.1～24）
2	有機產品認證	《有機產品認證管理辦法》（國家質檢總局令［2004］第67 號）	《有機產品認證實施規則》（國家認監委公告［2005］年第11 號）《有機產品》國家標準（GB/T19630）
3	食品安全管理 體系認證	《食品安全管理體系認證實施規則》	(國家認監委2010 年第5 號公告)GB/T22000-2006《食品安全管理體系 食品鏈中各類組織的要求》
4	食品質量認證	《食品質量認證實施規則—酒類》	酒類產品國家標準
5	HACCP 認證	《食品生產企業危害分析與關鍵控制點（HACCP）管理體系認證管理規定》(認監委公告2002 年第3 號)《乳制品生產企業危害分析與關鍵控制點體系認證實施規則（試行）》	GB/T 27341《危害分析與關鍵控制點體系 食品生產企 業通用要求》、GB/T 27342 《危害分析與關鍵控制點體 系 乳制品生產企業要求》 《食品衛生通則》 CAC/RCP1-1969，Rev.4 （2003）及其附件《HACCP 體系及其應用準則》 SN/T1443.1—2004 食品安全 管理體系要求
6	綠色市場認證	《綠色市場認證管理辦法》 （2003 年第14 號公告） 《綠色市場認證實施規則》 （2004 年第13 號公告）	GB/T19220 農副產品綠色批發市場 GB/T19221 農副產品綠色零售市場
7	無公害農產品 認證	《無公害農產品管理辦法》 （農業部、質檢總局第12 號令） 《無公害農產品產地認定程序》 《無公害農產品產地認定程序》 《無公害農產品標志管理辦法》 （農業部、認監委2002 年第231 號 公告）	相關無公害國家標準和無公 害行業標準
8	綠色食品認證	《綠色食品標志管理辦法》 （國家認監委尚未發布相關認證基 本規范和認證規則）	綠色食品行業標準
9	飼料產品認證	《飼料產品認證管理辦法》 （2003 年第19 號公告） 《飼料產品認證實施規則》 （2004 年第11 號公告）	飼料產品國家標準
10	乳制品GMP 認 證	《乳制品生產企業良好生產規范認 證實施規則（試行）》	乳制品企業良好生產規范 (GB12693)