主要區別在于認證依據的標準不同。
    1、這些標準的主要區別在農藥化肥使用量不同，簡單說就是有機產品中禁止使用人工合成的化肥、激素和農藥，綠色食品要減少使用農藥和化肥，獲得無公害認證的產品不使用國家禁止使用的農藥和化肥。
    2、對基因工程和輻射技術的要求：有機食品不允許使用基因工程技術和輻射技術；其它食品則允許有限使用這些物質，并且不禁止使用基因工程技術。如綠色食品對基因工程技術和輻射技術的使用就未作規定。
    3、認證標志不一樣：有機食品分為：有機食品和有機轉換食品。綠色食品分為：a級、aa級。而無公害食品不分類。
    4、無公害產品主要以初級產品為主，如豬肉、雞蛋、大米、蔬菜、水果、魚類產品等未經加工產品；綠色食品中加工產品較多，如牛奶及奶制品、葡萄酒、飲料、蔬菜、水果及初加工品、肉制品；有機食品則以蔬菜、水果、茶葉、蜂蜜為主。
 總體而言：純天然的程度和質量等級：有機食品最好，其次是綠色食品。