綠色食品開發管理體系由四個基本部分組成：嚴密的質量標準體系、全程質量控制措施、網絡化的組織系統、規范化的管理方式。
　　

　　(一)嚴密的質量標準體系。綠色食品產地環境質量標準、生產技術標準、產品標準、產品包裝標準和儲藏、運輸標準構成了綠色食品一個完整的質量標準體系。
　　

　　綠色食品產地環境質量標準要求綠色食品初級產品和加工產品主要原料的產地，其生長區域內沒有工業企業的直接污染，水域上游和上風口沒有污染源對該地區域直接構成污染威脅，從而使產地區域內大氣、土壤、水體等生態因子符合綠色食品產地生態環境質量標準，并有一套保證措施，確保該區域在今后的生產過程中環境質量不下降。
　　

　　綠色食品生產技術標準指綠色食品種植、養殖和食品加工各個環節必須遵循的技術規范。該標準的核心內容是：在總結各地作物種植、畜禽飼養、水產養殖和食品加工等生產技術和經驗的基礎上，按照綠色食品生產資料使用準則要求，指導綠色食品生產者進行生產和加工活動。


　　綠色食品最終產品必須由定點的食品監測機構依據綠色食品產品標準檢測合格。綠色食品產品標準是以國家標準為基礎，參照國際標準和國外先進技術制定的，其突出特點是產品的衛生指標高于國家現行標準。


　　綠色食品產品包裝標準規定了產品包裝必須遵循的原則、包裝材料的選擇、包裝標識內容等要求，目的是防止產品遭受污染，資源過度浪費，并促進產品銷售，保護廣大消費者的利益，同時有利于樹立綠色食品產品整體形象。


　　(二)全程質量控制措施。綠色食品生產實施"從土地到餐桌"全程質量控制，以保證產品的整體質量。在綠色食品開發過程中，生產前由定點環境檢測機構對綠色食品產地環境質量進行監測和評價，以保證生產地域沒有遭受污染；生產過程中，由委托管理機構派檢查員檢查生產者是否按照綠色食品生產技術標準進行生產，檢查生產企業的生產資料購買、使用情況，以證明生產行為對產品質量和產地環境質量是有益的；產后由定點產品監測機構對最終產品進行監測，確保最終產品質量。


　　(三)科學、規范的管理手段。中國綠色食品實行統一、規范的標志管理，即通過對合乎特定標準的產品發放特定的標志，用以證明產品的特定身份以及與一般同類產品的區別。從形式上看，綠色食品標志管理是一種質量認證行為，但綠色食品標志是在國家工商行政管理局注冊的一個商標，受《中華人民共和國商標法》嚴格保護，在具體運作上完全按商標性質處理。因此，綠色食品在認定的過程中是質量認證行為，在認定后是商標管理行為，也就是說，綠色食品標志管理實現了質量認證和商標管理的結合。實現這個結合既使綠色食品的認定具備產品質量認證的嚴格性和權威性，又具備商標使用的法律地位。實施綠色食品標志管理不僅可以有效地規范企業的生產和流通行為，而且有利于保護廣大消費者的權益；不僅可以有效地促進企業爭創名牌，開拓市場，而且有利于綠色食品產業化發展。從另一個角度來看，綠色食品標志的商標注冊和規范使用，使綠色食品具有了可識別性。其經濟學意義在于：一方面，可識別性使綠色食品再生產過程的內在價值得以體現；另一方面，可識別性使綠色食品再生產過程的內在特征外在化，從而為綠色食品逐步發展成為相對獨立的產業創造了條件。


　　(四)高效的組織網絡系統。為了將分散的農戶和企業組織發動起采進入綠色食品的管理和開發序列，中國綠色食品發展中心構建了三個組織管理系統，并形成了高效的網絡：一是在全國各地委托了分支管理機構，協助和配合中國綠色食品發展中心開展綠色食品宣傳、發動、指導、管理、服務工作；二是委托全國各地有省級計量認證資格的環境監測機構負責綠色食品產地環境監測與評價；三是委托區域性的食品質量監測機構負責綠色食品產品質量監測。綠色食品組織網絡建設采取委托授權的方式，并使管理系統與監測系統分離，這樣不僅保證了綠色食品監督工作的公正性，而且也增加了整個綠色食品開發管理體系的科學性。