1.進樣口污染

這是較為常見的原因，樣品當中的高沸點污染物，由于在現有氣相色譜條件下無法汽化，且隨著進樣次數的增加，在進樣口中逐漸累積，導致進樣口受到污染。這種污染不僅會增加本底噪音，而且由于污染物可能與樣品當中部分高活性目標化合物相互作用，而導致該化合物峰形變差或者峰面積變小。所以去活的襯管和玻璃棉很重要。用洗液清洗襯管，雖然可以把以前的雜質都清洗干凈，但在強酸條件下，硅羥基重新暴露在系統中，使得峰形變差甚至有丟峰的現象。因此，在內襯管污染嚴重的情況下，不建議清洗襯管重復使用。　

針對樣品可能帶來的污染，在實際操作中，可以考慮采用以下兩點措施以減小污染程度：第一，定期更換進樣口襯管，更換的頻率主要是根據樣品的潔凈度及實際操作的結果來判定。

第二，一般來說采用分流模式進樣可以延長襯管和色譜柱的壽命，對于靈敏度本身已滿足要求的的分析尤為合適。

需要注意：如果分流比較小，這時總流量太小，需要使用省氣模式，并把省氣模式的流量設大一些。這樣的目的是使得進樣結束以后有足夠大的氣流吹掃進樣口襯管，減少污染。

2.色譜柱污染

機理跟進樣口污染類似，這種情況下不能盲目老化色譜柱。

首先要看污染物的揮發性，如果是半揮發物質，則建議在色譜柱的最高使用溫度上限進行一定時間的老化。

如果是不揮發的污染物，例如：葉綠素，蛋白質，無機鹽，糖類，聚合物等等，此時老化色譜柱則起不到任何的作用，建議在排除進樣口等因素后，從進樣口端將色譜柱截掉0.5m左右，然后進樣考察峰形及峰面積重現性。如果截掉較長的柱子仍然不能解決問題，此時則需要考慮更換色譜柱。對于分析PBDE，農藥殘留等較臟樣品，一般約1000個樣品以后需要更換色譜柱。同時強烈建議用戶盡可能處理好樣品，減少不揮發污染物進入系統，如果實在無法對樣品進行進一步的處理，可以考慮在分析柱前接一段保護柱或者直接使用保護分析一體柱，以減少對分析柱的污染而延長其使用壽命。

3.進樣口漏氣是另一常見的原因。

進樣口微漏不容易覺察到。正確安裝及定期更換進樣口隔墊可以最大限度避免漏氣的發生。大的漏氣會導致壓力不穩，儀器報警，保留時間漂移。

有一點要注意的是，當進樣口總流量足夠大的時候，即便有微漏，在調諧報告上也看不到空氣峰。所以不能依據調諧報告來判斷進樣口漏氣。

4.組分歧視

有些組分重現性不錯，但高沸點或者活性高的組分重現性差，原因有兩個：其一跟進樣口或者柱子的吸附有關，在第1，第2點已有所述；另外的原因跟襯管的結構有關。自動進樣針的針長40mm，是接觸不到襯管底部的，樣品被推出時掛在針尖汽化，低沸點的組分可以比較完全的轉移到襯管中，但高沸點組 分有可能隨針的提起而被帶走。

使用分流襯管，可以較好的解決這個問題。如果使用中部填有玻璃棉的襯管，進樣時樣品注射到玻璃棉上，傳輸效果較好，組分歧視有改善。其實對于沸點范圍很廣的樣品，最好的進樣方式是冷柱頭進樣，但這種進樣方式對柱子的污染更加嚴重，一般用于汽柴油等潔凈的樣品。

5.質譜傳輸線或者離子源的原因。

通常是溫度不夠，導致樣品有冷凝或者吸附。提高傳輸線及離子源溫度，使用高溫惰性的離子源會有所幫助。

MSD漏氣或者熱平衡不夠。這點從調諧報告就可以判斷出來。真空不好的MSD大質荷比（m/z）離子的響應會下降。通常漏氣都發生在傳輸線接口處，常見于換過柱子以后。

需要注意的是：石墨壓環材料熱脹冷縮明顯，有時你會看到爐溫升高的時候不漏氣，但一降溫就漏氣。尤其是在程序升溫的終溫較高時發生。為緩解這種情況，可以事先將墊圈放在爐箱內高溫烘烤一定的時間。

6.柱子安裝不合適。

曾發現柱子末端從傳輸線伸出太多而導致重現性不好。如果伸出太多的話，調諧都無法通過，這時電子束打在柱子上，會得到一些奇怪的峰。色譜柱從傳輸線伸出的長度基本上伸出1-2mm。進樣口端色譜柱的長短也很重要，安裝時要按照要求操作。

色譜柱選擇或者分析方法參數設置不合理，導致譜峰峰型差，拖尾等， 這些都會影響譜峰的積分結果，也就造成了重現性差。

7.流量控制不穩。

這種原因不常見，而且對不分流進樣影響不大，因為不分流進樣是壓力控制。所以如果原先是分流進樣，重現性不好，可以改成不分流模式試試，如果結果有明顯改善，那就跟流量傳感有關。