一、食品、藥品檢驗需同等資質，要求不同

要開展食品、藥品的相關檢驗檢測必須要獲得檢驗資質，藥品檢驗需要獲得“實驗室資質認定”資質，才能開展藥品檢驗；食品檢驗需要獲得“食品檢驗機構資質認定”資質，才能開展食品檢驗工作，“實驗室資質認定”包括24個要素，“食品檢驗機構資質認定”除了與“實驗室資質認定”的條件一致外，還包括8個特殊要素。

二、食品、藥品檢驗同性質，針對方向不同 

食品、藥品的檢驗都是圍繞著檢驗檢測工作開展的，但針對的側重點不同，食品檢驗重點是安全性，主要是對人體有害的物質，比如重金屬、防腐劑、添加劑、有毒有害物質進行檢驗，而藥品檢驗除了安全性外還要兼顧有效性，要針對其有效物質進行檢驗，對其每一項或主要成分檢驗，尤其是針對有效成分的含量是否達標進行檢驗。簡而言之，就是食品檢驗重點是針對安全性；藥品檢驗重點是安全性兼顧有效性。

三、食品、藥品檢驗同需標準，標準適用范圍不同 

食品檢驗與藥品檢驗都必須按照檢驗標準進行檢驗，食品檢驗的標準是按食品的分類進行制定的，概括起來就是“一標多類”或是“多類一標”，比如重金屬的食品檢驗標準適用于餐飲食品、農產品、海鮮產品等，即一個標準適用多類食品；而藥品檢驗是按照《中國藥典》進行檢驗，而《中國藥典》是按照藥品的名稱進行標準編寫的，完全實現“一品一標”，即一個藥品名稱對應一個標準。

四、食品、藥品檢驗的技術手段相同，“批檢驗”程度不同

食品、藥品檢驗都需要借助相關儀器設備，比如：高效液相色譜儀、氣相色譜儀、紫外風光光度計等，食品檢驗標準多是“一標多類”，在檢驗過程中的前處理、檢驗條件是相同的，在相應的檢驗檢測儀器設備上可以進行一次性檢驗，也就是說一個食品標準里涵蓋的各類食品可以進行“批檢驗”，而藥品檢驗標準是“一品一標”，每個品種項下的檢驗方法、條件都不相同，只有同品種藥品才能實現“批檢驗”。

五、食品、藥品檢驗過程相同、檢驗分配方式不同 

食品、藥品檢驗過程需要經過檢品的前處理，然后借助相關儀器設備進行檢驗檢測，但檢驗分配方式不同，食品檢驗一般是以檢驗項目為主，檢驗設置，任務分配上都是以“項目”導向，而藥品檢驗恰恰相反是以“品種”檢驗為主，在檢驗設置、任務分配、實驗流程以品種為導向，是完成一個品種的檢驗。