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HPLC系統內部可能的污染物來自人的觸摸，暴露在實驗室化學環境，與零部件制造相關的殘留物，或來自先前的流動相和樣品的殘余物。雖然HPLC系統自身也會逐步地被流動相清洗，但某些釋放出的雜質會吸附在色譜柱上以及檢測器潤濕的表面上，因而會降低總的性能。
•磷酸清洗：通常用于從系統中除去有機雜質。可能是由于洗滌作用，它似乎比強有機溶劑更好也更快。這一步清洗必須在硝酸鈍化之前完成。
•硝酸鈍化：實際上是作用于不銹鋼表面，在表面上生成均勻的氧化層。這層氧化膜保護不銹鋼免受腐蝕(鹵化物，螯合劑，等等)并且盡量減少浸出的金屬離子進入流動相。
以下應用需要在使用前做磷酸清洗和硝酸鈍化，包括：
•所有的氨基酸分析系統；
•所有包含電化學檢測器的系統；
•所有要分析無機陽離子，包括過渡金屬的系統；
•所有利用柱后添加衍生試劑或絡合樣品組分的系統。
以下應用需要在使用前只做磷酸清洗，包括：
•所有常規用途的、可能在低pH環境下在低紫外檢測波長下運行的HPLC系統；
•所有需要高靈敏度性能的梯度紫外檢測系統。
一準備工作
首先，摘下色譜柱，用兩通或接頭取代色譜柱。在實行這一清洗步驟時，如果有可能選擇監測的紫外波長為：254nm。通過軟件或移去電纜的方式取消紫外檢測器的自動回零功能。
二具體步驟
1、用甲醇徹底沖洗系統，以等比例方式通過泵的所有管路。
2、用水徹底沖洗系統，以等比例方式通過泵的所有管路。
3、以等比例方式通過泵的所有管路導入～30%v/v磷酸水溶液。以1mL/min流速洗大約一個小時。在沖洗期間活動所有的閥，包括：參比閥、進樣閥及旁路閥等等。
4.用水徹底沖洗所有管路和系統。
必要時用6N硝酸(HN03)重復以上步驟。否則，跳到第7步。注意：硝酸是一個強紫外吸收溶液。除非絕對需要，不要做鈍化程序。
5.以等比例方式通過泵的所有管路導人6N硝酸水溶液(大約是40%)。以1mL/min流速洗大約一個小時。
6.用水徹底沖洗系統，仔細檢查是否有任何滲漏，在沖洗期間反復活動所有的閥，包括：參比閥、進樣閥及旁路閥等等。
注意：如果你要用低于270nm的紫外波長作檢測，則需要更大量水的清洗過程，不斷的換新鮮水并活動各個閥(沖洗進樣器，等)以便從系統中除去所有的痕量硝酸根離子。硝酸清洗后經常在幾天之內都會觀察到在低紫外波長下有負的基線漂移。勤換水和有耐心是盡快消除紫外本底的關鍵。
7.返回到甲醇洗，然后繼續用實驗所需的溶劑沖洗。
8.通過軟件或接上電纜的方式重新使紫外檢測器的自動回零功能恢復。