如果在樣品分析時發現每個色譜峰都有雙峰出現，尤其在采用單一純物質時，則可以確定是色譜柱出現問題了，一般是柱頭受損或者柱頭固定相污染引起的。

目前HPLC分析多為反相色譜，流動相多為甲醇、乙腈、水，加各種添加劑以改善分離性能。樣品一般用與流動相相溶的溶劑溶解，最佳的溶解方法是用流動相溶解。在實際分析中，有時候為了樣品的溶解性或穩定性加入了一點的緩沖液，緩沖液的酸堿性可能會導致樣品轉化，從而產生雙峰現象。此時需要更換緩沖液，調整溶劑pH值，或者用流動相配置樣品。

當用溶劑極性強度大的試劑，如純甲醇、純乙腈，純乙醇，而分析體系中以水為主時，如果樣品進樣量大，如定量管為20ul，此時單一的純物質會出現雙峰，第二峰比第一峰小(每次都不太一樣)，且拖尾，保留時間會提前(相對進樣量少而言)，將進樣量減少一半以上，峰型將變為正常。這是樣品的溶劑與流動相極性相差太大，而流動相來不及將其稀釋達到平衡造成的，此情況下需要減少進樣量。

有些樣品由于其化學結構的特點，存在互變異構現象，而這種互變異構體無法分開，而是以一個動態平衡存在。在色譜分析時，在一個特定的條件下(如pH值、流動相極性、溫度等)，一種物質將出現雙峰，雙峰靠的很近，基本齊高，不拖尾，條件稍一變化，尤其pH，雙峰現象將消失，如紅霉素等。

體系pH值對色譜雙峰的影響出現在各個環節上(前面已經提到)，尤其在緩沖液流動相平衡過程中其影響更為明顯。當連續進樣時，受pH的連續變化影響會經常遇到這種雙峰的情況。另外，在樣品分析時，流動相的pH盡量遠離被分析物的等電點，否則也容易引起雙峰的產生。在用離子對試劑分析時，選擇不好條件也會容易引起雙峰的產生。