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潔凈室（無菌室）是微生物檢測的重要場所與最基本的設施。它是微生物檢測質量保證的重要物質基礎。
潔凈室（無菌室）的設計要按國家標準《潔凈廠房設計規范》、國家藥品監督管理局頒發的《藥品檢驗所實驗室質量管理規范（試行）》中第十八條規定執行。
微生物實驗室潔凈室的施工、安裝、驗收應按國家行業標準《潔凈室的施工及驗收規范》執行。
對于微生物檢測工作者和使用管理者來講，更大量的工作是進行正常管理到日常的使用。潔凈室（無菌室）的標準要符合GMP潔凈度標準要求。潔凈室（無菌室）的使用管理要做到以下工作：
潔凈室（無菌室）要符合規范要求
無菌室應采光良好、避免潮濕、遠離廁所及污染區。
面積一般不超過10㎡，不小于5㎡；高度不超過2.4m。
由1到2個緩沖間、操作間組成（操作間和緩沖間的門不應直對），操作間和緩沖間之間應具備滅菌功能的樣品傳遞箱。在緩沖間內應有洗手盆、毛巾、無菌衣褲放置架及掛鉤、拖鞋等，不應放置培養箱和其他雜物。
無菌室內應六面光滑平整，能耐受清洗消毒。墻壁與地面、天花板連接處應呈凹弧形，無縫隙，不留死角。操作間內不應安裝下水道。
無菌操作室應具有空氣除菌過濾的單向流空氣裝置，操作區潔凈度100級或放置同等級別的超凈工作臺，室內溫度控制18—26℃，相對濕度45%—65%。
緩沖間及操作室內均應設置能達到空氣消毒效果的紫外燈或其他適宜的消毒裝置，空氣潔凈級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應大于5Pa，潔凈室（區）與室外大氣的靜壓差大于10Pa。
無菌室內的照明燈應嵌裝在天花板內，室內光照應分布均勻，光照度不低于300lx。
緩沖間和操作間所設置的紫外線殺菌燈（2—2.5w/m3），應定期檢查輻射強度，要求在操作面上達40uw/㎡。不符合要求的紫外殺菌燈應及時更換。
建立使用登記制度
在登記冊中可設置以下項目內容：如使用日期、時間、使用人、設備運行狀況、溫度、濕度、潔凈度狀態（沉降菌數、浮游菌數、塵埃粒子數 ）、報修原因、報修結果、清潔工作（臺面、地面、墻面、天花板、傳遞窗、門把手）、消毒液名稱等。
建議使用標準操作規范（SOP）
（1）規定凈化系統使運轉時間要求每次實驗前應開啟凈化系統使運轉至少1h以上，同時開啟凈化臺和紫外燈。
（2）物品進入潔凈室（無菌室）基本要求：凡進入潔凈室（無菌室）的物品必須先在第一緩沖間內對外部表面用消毒劑消毒滅菌，再經物流緩沖間、傳遞窗1h以上，及無菌空氣吹干后送入無菌室。注意帶纖維、易發塵物品不得帶進凈化實驗室。無菌室內固定物品不得任意搬出。
（3）人員進入潔凈室（無菌室）要求：實驗人員進入潔凈室（無菌室）不得化妝、帶手表、戒指等首飾；不得吃東西、嚼口香糖。應清潔手后進入第一緩沖間更衣，同時換上消毒隔離拖鞋，脫去外衣，用消毒液消毒雙手后戴上無菌手套，換上無菌連衣帽（不得讓頭發、衣等暴露在外面），戴上無菌口罩。然后，換或是再戴上第二副無菌手套，在進入第二緩沖間時換第二雙消毒隔離拖鞋。再經風淋室30s風淋后進入無菌室。
（4）溫濕度觀察要求：觀察溫度計、濕度計上顯示的溫濕度是否在規定的范圍內，并作為實驗原始數據記錄在案。如發現問題應及時尋找原因，及時報修和及時報告實驗室主管，并將報修原因和結果記錄歸檔。
（5）沉降菌落計數與浮游菌測定要求：在每次實驗同時，對操作室和層流臺做微生物沉降菌落計數，將結果記錄在使用登記本上，并作為實驗環境原始數據記錄在實驗報告上。每周1次，或在無菌檢查等必要時，在每次實驗同時對操作室和凈化臺進行浮游菌測定，將結果記錄在使用登記本上，并作為實驗環境原始數據記錄在實驗報告上。
（6）消毒要求：無菌室每周和每次操作前用0.1%新潔爾滅或2%甲酚液或其他適宜消毒液（常用消毒劑的品種有：5—20倍稀釋的碘伏水溶液、0.1%新潔爾滅溶液、1：50的84消毒液、75%乙醇溶液、3%碘酒溶液、5%石炭酸（來蘇兒）消毒溶液、2%戊二醛水溶液、尼泊金乙醇消毒液（處方：對羥基苯甲酸甲酯21.5g；對羥基苯甲酸丙酯8.6g，75%乙醇10ml）等，所用的消毒劑品種與使用要進行有效性驗證方可使用，并定期更換消毒劑的品種）擦拭操作臺及可能污染的死角，方法是用無菌紗布浸漬消毒溶液清潔超凈臺的整個內表面、頂面、及無菌室、人流、物流、緩沖間的地板、傳遞窗、門把手。清潔消毒程序應從內向外，從高潔凈區到低潔凈區。逐步向外退出潔凈區域。然后開啟無菌空氣過濾器及紫外燈殺菌1—2h，以殺滅存留微生物。在每次操作完畢，同樣用上述消毒溶液擦拭工作臺面，除去室內濕氣，用紫外燈殺菌30min。
（7）其他要求：如遇停電，應立即停止實驗，離開無菌室。關閉所有電閘。重新進入無菌室前至少開啟機房運轉1h以上。
潔凈度檢查的要求與方法
無菌室在消毒處理后，無菌試驗前及操作過程中需檢查空氣中菌落數，以此來判斷無菌室是否達到規定的潔凈度，常有沉降菌和浮游菌測定方法。
（1）沉降菌檢測方法及標準：以無菌方式將3個營養瓊脂平板帶入無菌操作室，在操作區臺面左、中、右各放1個；打開平板蓋，在空氣 中暴露30min后將平板蓋好，置32.5℃士2.5℃培養48h，取出檢查，3個平板上生長的菌落數平均小于1個。
（2）浮游菌檢測方法及標準：
用專門的采樣器，宜采用撞擊法機制的采樣器，一般采用狹縫式或離心式采樣器，并配有流量計和定時器，嚴格按儀器說明書的要求操作并定時校檢，采樣器和培養皿進入被測房間前先用消毒房間的消毒劑滅菌，使用的培養基為營養瓊脂培養基或藥典認可的其他培養基。
使用時，先開動真空泵抽氣，時間不少于5min，調節流量、轉盤、轉速 。關閉真空泵，放入培養皿，蓋上采樣器蓋子后調節縫隙高度。置采樣口采樣點后，依次開啟采樣器、真空泵，轉動定時器，根據采樣量設定采樣時間。
全部采樣結束后，將培養皿置32.5℃士2.5培養48h，取出檢查，浮游菌落數平均不得超過5個/m3。
每批培養基應選定3只培養皿做對照培養。
無菌操作臺面或超凈工作臺還應定期檢測其懸浮粒子，應達到100級（一般用塵埃粒子計數儀）檢測，并根據無菌狀況必要時置換過濾器。
定期進行潔凈度再驗證
定期（每季度、半年、一年）或當潔凈室設施發生重大改變時，要按國家標準GB/T16292-16294-2010《醫藥工業潔凈室（區）懸浮粒子、浮游菌和沉降菌的測試方法》進行潔凈度再驗證，以確保潔凈度符合規定，保存驗證原始記錄，定期歸檔保存，并將驗證結果記錄在無菌室使用登記冊上，作為實驗環境原始依據及趨勢分析資料。并定期對潔凈室的環境檢測數據進行趨勢分析和評估，根據評估結果，了解潔凈室設施環境質量的穩定狀況及變化趨勢，決定是否有必要修訂相應的警戒和糾偏限度。
定期更換新的紫外燈管、更換凈化系統的初效、中效、高效頭
定期（至少每年1次）更換新的紫外燈管，以確保紫外燈管滅菌持續有效。并同時在使用登記本上做好更換記錄，定期歸檔保存。至少2年1次，或按潔凈度驗證實際情況，定期更換初效、中效、高效頭。以確保凈化系統的功能持續有效，并同時在使用登記本上做好更換記錄，定期歸檔保存。
使用過程中應盡可能減少人員的走動或活動
平時實驗室內應盡可能減少人員的走動或活動，同向潔凈室的門要關閉或安裝自動閉門器使其保持關閉狀態。
潔凈度不符合規定時立即停用
發現潔凈度不符合規定時，應立即停止使用，尋找原因，徹底清潔、必須經潔凈度再驗證符合規定后，才再使用，并同時將情況記錄在無菌室使用登記冊上，定期歸檔保存。
對進入的外來人員或維修人員進行指導和監督
非微生物室檢驗人員不得進入潔凈室（無菌室），對必須進入的外來人員或維修人員要進行指導和監督。
潔凈室（無菌室）的日常管理
建立安全衛生值日制度，一旦發現通風系統、墻壁、天花板、地面、門窗及公用介質系統等設施有損壞現象，要及時報告并采取相應的修復措施，并保存記錄及時歸檔。
從潔凈室（無菌室）環境中檢測到的微生物應能鑒別至屬或種，保留鑒別實驗原始記錄及菌種，作為無菌生產、無菌檢查潔凈室環境質量、消毒劑有效性評估及污染源調查的依據，并且也是為無菌檢查陽性結果的調查提供第一手資料。 
