真菌有真正細胞核、沒有葉綠素，它們一般都能進行有性和無性繁殖，能產生孢子，它們的營養體通常是絲狀的且有分枝的結構，具有幾丁質(chitin)或纖維素的細胞壁(有人已將具纖維素細胞壁的類群獨立成卵菌門)，并且常常是進行吸收營養的生物。真菌不含光合作用的色素，不能進行光合作用制造養料，所以菌類的營養方式是異養(heterotrophy)的。異養方式多樣，凡從活的動物、植物吸收養分的稱為寄生(Parasitism)；從死的動、植物體或其他無生命的有機物中吸取養分的稱為腐生(saprophytism)；從活的有機體吸取養分，同時又提供該活體有利的生活條件，從而彼此間互相受益、互相依賴的稱為共生(symbiosis)。
真菌除少數種類是單細胞外，絕大多數是由纖細、管狀的菌絲(hypha)構成的。菌絲分枝或不分枝。組成一個菌體的全部菌絲稱為菌絲體(mycelium)。菌絲一般直徑在10um以下，最細的不到0．5um，最粗的可超過100um。大多數菌絲都有隔膜(septum)，把菌絲分隔成許多細胞，稱為有隔菌絲(septate hypha)，有的低等真菌的菌絲不具隔膜，稱為無隔菌絲(non septate hypha)。菌絲細胞內含有原生質、細胞核、液泡、核糖體、線粒體、內質網，貯藏的營養物質是肝糖、油脂和菌蛋白，而不含淀粉。
菌絲又是吸收養分的結構。腐生真菌可由菌絲直接從基質中吸收養分，或產生假根吸取養分。寄生菌在寄主細胞內寄生，直接和寄主的原生質接觸吸取養分。真菌的菌絲在正常生活條件下，一般是很疏松的，但在環境條件不良或繁殖的時候，菌絲相互緊密交織在一起形成各種不同的菌絲組織體。常見者如引起木材腐爛的擔子菌的菌絲糾結成繩索狀，外形似根，叫做根狀菌素(rhizomorph)。有些真菌的菌絲密集成顏色深、質地堅硬的核狀體，叫做菌核(sclerotium)，小的形如鼠糞，大的比人頭還大，如茯苓。有些種的菌核有組織分化，外層為擬薄壁組織(pseudoparenchyma)，內部為疏絲組織(prosenchyma)。有的菌核無分化現象。菌核是渡過不良環境的休眠體。很多高等真菌在生殖時期形成有一定形狀和結構、能產生孢子的菌絲體，叫做子實體(sporophore)，如蘑菇的子實體傘狀，馬勃的子實體近球形。容納子實體的菌絲褥座狀結構，叫做子座(stroma)。子座是真菌從營養階段到繁殖階段的一種過渡形式，也有擬薄壁組織和疏絲組織分化，如冬蟲夏草菌從蝙蝠蛾科昆蟲的幼蟲尸體上長出的棒狀物，麥角菌核上萌發生成的紅頭紫柄就是子座。子座形成以后，其上產生許多子囊殼即子實體，子囊殼中產生子囊和子囊孢子。
真菌的繁殖方式有營養繁殖、無性生殖和有性生殖三種。
營養繁殖中常見的如菌絲斷裂，每一條斷裂的菌絲小段都可發育成一個新的菌絲體。有些單細胞真菌，如裂殖酵母以細胞分裂方式進行繁殖。有的從母細胞上以出芽方式形成芽孢子進行繁殖，如釀酒酵母。有些真菌在不良環境中，其菌絲中間個別細胞膨大，細胞質變濃形成一種休眠細胞，即厚壁孢子。
無性生殖產生各種類型的孢子，如孢囊孢子、分生孢子等。孢囊孢子是在孢子囊內形成的不動孢子。分生孢子是由分生孢子梗的頂端或側面產生的一種不動孢子。這些無性孢子在適宜的條件下萌發形成芽管(germtube)，芽管又繼續生長而形成新的菌絲體。
有性生殖是很復雜的，方式是多樣的，有同配生殖、異配生殖、接合生殖、卵式生殖；通過有性生殖也產生各種類型的孢子，如子囊孢子、擔孢子等。真菌在產生各種有性孢子之前，一般經過三個不同階段。第一是質配階段，由兩個帶核的原生質相互結合為同一個細胞。第二是核配階段，由質配帶入同一細胞內的兩個細胞核的融合。在低等真菌中，質配后立即進行核配。但在高等真菌中，雙核細胞要持續到相當長的時間才發生細胞核的融合。第三是減數分裂，重新使染色體數目減為單倍體，形成四個單倍體的核，產生四個有性孢子。
真菌是一群數目龐大的生物類群，約有十萬余種。分布非常廣泛，從熱帶到寒帶，從大氣到水流，從沙漠、淤泥到冰川地帶的土壤，從動植物活體到它們的尸體均有真菌的蹤跡。