這一方法原于McMaster和Carmichael(1977)。 含有乙二醛－DMSO的凝膠比含有甲醛的凝膠更難于進行電泳， 因為前者泳動速率較慢而且需將電泳液時行循環以避免電泳過程中形成過高的H＋梯度。盡管上述兩種凝膠具有近乎相等的分辨率（Miller，1987），但用含朋乙二醛－DMSO的凝膠對RNA進行分級離，通常Northern雜交所顯示的RNA條帶更為銳利。
1）在滅菌的微理離心管內，混勻下列液體：
6mol/L乙二醛 5.4μl
DMSO 16.0μl
0.1mol/L磷酸(pH7.0) 3.0μl
RNA（多達10μl） 5.4μl市售乙二醛通常為40％溶液（6mol/L）。 由于接觸空氣的后乙二醛易于氧化，所以使用前需通過混合床樹脂（Bio-Rad AG 501-X8 對乙三醛溶液進行去離子處理，直至溶液pH值大于5.0為止，然后可分裝在小份， 用蓋緊的小管貯存于－20℃。每小份乙二醛溶液只用1次，剩余液體應予丟棄。0.1mol/L磷酸鈉（pH7. 0）的配法如下：將3.9ml 1mol/L磷酸二氫鈉、6.1ml 1mol/L磷酸氫二鈉和90ml 水混合，用DEPC處理上述溶液后高壓滅菌。每一泳道至多可分析10μg RNA，通常用10- 20 μg 細胞總RNA進行Northern雜交，可以檢測高豐度mRNA（占mRNA總量的0.1％以上），如等測RNA含量極微，每個泳道應加0.5-3.0μg poly(A)+RNA。
2）將微量離心管蓋嚴，將RNA溶液置于％0℃溫育50℃溫育60分鐘后， 用冰水浴冷卻樣品，離心5秒鐘，使管內所有液體沉降至管底。
3）于50℃溫育RNA溶液的同時，灌制瓊脂糖水平凝膠，用1.4 ％瓊脂糖分析1kb 以下的RNA樣品， 而用1％瓊脂糖分析1kb 以上的RNA樣品。 用0mmol/L 磷酸鈉（pH7. 0 ）后， 降溫至70 ℃， 加入碘乙酸鈉固體至終濃度為10mmol/L（使RNA酶失活），再降溫至50℃，制膠，加入RNA樣品前一至少放置30分鐘使其凝固。用于RNA電泳的電泳槽需用去污劑溶液洗凈，用水沖洗，用乙醇干燥，然后灌滿3％H2O2，于室溫放置10分鐘后，用經DEPC處理的水徹底沖洗電泳槽。因乙二醛可與溴化乙錠發生化學反應，所以制膠和電泳過程中誚避免作用溴化乙錠。
4）將RNA樣品冷卻至0℃，加入4μl 滅菌的并經用DEPC處理的戊二醛－DMSO凝膠中樣緩沖液，隨后立即將上述樣品加至凝膠加樣孔。用已知大小的乙醛酰RNA作為分子量標準參照物，如用18S和28S rRNA或或9S兔β－珠蛋白mRNA，上述RNA長度分別為6322、2366和710個堿基。也可以從BRL購置已知大小的RNA混合物作為分子量標準照物。通常分子量標準參照物的泳道位于凝膠邊緣，便于電泳后將其切去進行溴化乙錠染色，可能的話應在分子量標準參照物以及欲轉移至硝酸纖維素濾膜或尼龍膜的樣品之間留空一個泳道。
乙二醛－DMSO凝膠加樣緩沖液
50％甘油
10mmol/L磷酸鈉（pH7.0）
0.25％溴酚藍
0.25％二甲苯青FF
5）將凝膠浸入10mmol/L磷酸鈉電泳液中，以3－4V/cm電壓降進行電泳，同時按圖7.1對磷酸鈉容液時行持續再循環，使溶液pH值維持在可被接受的限度 內（pH>8.0時乙二醛將從PNA分子上解離）。另一方法為電泳時每30分鐘換一次磷酸鈉緩沖液。
6）電泳結束后（溴酚藍遷移出區8cm），切下分子量標準參照物的凝膠條，浸入溴化憶錠溶液（0.5μg/ml，
用0.1mol/L乙酸銨配制）中染色30-45分鐘。在凝膠放置一透明遲，在紫外燈下照片上每個RNA條帶至加樣孔的距離，以RPN片段大小的lg對數值對RNA條帶的遷移距離作圖，用所得曲線計算從凝膠移到固相支持體后通過雜交檢出的RNA分子的大小。
7）RNA從凝膠轉移至硝酸纖維素濾膜，將RNA轉移至尼龍膜。