（一） 微波熱效應
1、使微生物快速升溫導致菌體蛋白質變性，活體死亡；
2、使微生物生命活動受到嚴重干擾，無法繁殖；
3、導致細胞膜破裂，使生理活性物質發生變性作用，而失去生理功能；
4、破壞微生物的生存繁殖條件而導致其死亡。

（二） 微波非熱效應
1、光化學反應
2、場力效應
3、電磁共振效應
4、影響遺傳物質DNA的含量