干熱滅菌是利用高溫殺死微生物的方法之一。通常采用很高的溫度，例如火焰直接加熱，或選擇160～180℃的熱風處理。

微生物組成的最重要成份是蛋白質、核酸等，當遇到高溫時會引起蛋白質和核酸不可逆的變性或凝固，使細胞失去了生理機能，停止生長發育，直至死滅。此外高溫還可破壞細胞的其他組成，或者使細胞的脂肪膜受熱溶解而形成了極大的孔，導致細胞內含物泄漏而引起死亡，從而達到高溫滅菌的效果。