選擇熱殺菌方法和條件時應遵循下列基本原則：
（一）應達到相應的熱處理目的
1、 以加工為主：
熱處理后食品應滿足熱加工的要求。
2、 以保藏為主要目的：
熱處理后的食品應達到相應的殺菌、鈍化酶等目的。
（二）應盡量減少熱處理造成的食品營養成分的破壞和損失
熱處理過程要重視熱能在食品中的傳遞特征與實際效果，滿足食品衛生的要求，不應產生有害物質。應根據產品熱處理的目的選擇優化方法。
熱處理的一些優化方法
熱處理的種類
優化方法
熱 燙
考慮非熱損失所造成的營養成分的損失（如瀝濾、氧化降解等）。
巴氏殺菌
若食品中無耐熱性的酶存在時，盡量采用高溫短時工藝。
商業殺菌
對對流傳熱和無菌包裝的產品，在耐熱性酶不成為影響工藝的主要因素時，盡量采用高溫短時工藝。對傳導傳熱的產品，一般難于采用高溫短時工藝。