首先，因為有機肥料總養分的含量比較低，市場上一些肥料一般氮磷鉀總養分含量比較容易達到要求，但有機質的含量卻多有不合格。
第二，有機肥料是一種益于加工、制作的肥料，因此有相當一部分規模較小的企業進行了手工作坊式生產，這樣的有機肥料產品質量難以得到保證。
第三，有機肥包裝標識常常出現一些誤導，如一些假冒偽劣肥料，通常都以有機肥料的形式供應給農民，甚至有有機尿素等假冒偽劣肥料的出現。
另外，農民朋友要特別注意，不要使用由城市垃圾、污泥等廢棄物制作的肥料。通常比較正規的有機肥料是由動植物殘體及其排泄物制成的，也就是豬糞、雞糞、牛糞等經過發酵加工制成的。