已發現的病害有30余種，其中真菌性病害最多，病毒類主要是大豆花葉病毒，線蟲病主要為孢囊線蟲和根結線蟲。

大豆銹病、炭疽病、細菌性斑疹病等，在南方發生較重。北方春大豆區霜霉病、灰斑病、細菌性斑點病、孢囊線蟲病發生普遍。大豆病毒病在各大豆栽培區都有發生。

為害大豆粒莢為主的有：紫斑病Cercospora kikuchii、輪紋病Ascochyta glycines、赤霉病Fusarium avenacearum(Fusarium roseum、Fusarium semitectum)、莢枯病Macrophoma mame、炭疽病Colletotrichum glycines、黑痘病Sphaceloma glycines。

葉部病害主要有：霜霉病Peronospora manshurica、灰斑病Cercospora sojina、褐紋病Septoria glycines、黑斑病Alternaria brassicae var.phaseoli Alternaria fasciculata Alernaria tenuissima、銹病Phakopsora pachyrhizi、白粉病Erysiphe polygoni、細菌性斑點病Pseudomonas glycinea、細菌性斑疹病Xanthomonas phaseoli var. sojense、大豆花葉病Soybean mosaic virus(SMV)等。

莖稈部病害有：菌核病Sclerotinia sclerotiorum、黑點病Phomopsis sojac(Diaporthe phaseolorum)、紋枯病Pellicularia sasakii。

根部病害有：立枯病Rhizoctonia solani、猝倒病Pythium debaryanum、枯萎病Fusarium bulbigenum (F.oxysporum)。

還有孢囊線蟲Heterodera glycines主要發生在黑龍江、吉林、遼寧、內蒙古、河北、山東、河南等省(自治區)。根疫病Phytophthora magasperma var.sojae是美國的主要病害，中國尚未發現。是檢疫對象。

大豆病害的防治以抗病品種為主的綜合防治措施。藥劑防治：在30余種大豆病害中，由種子帶菌為初次侵染源的占60%左右，藥劑拌種能減少病害的侵染源，而且對苗期病害也有防治效果。如福美雙0.3%拌種，可防治大豆霜霉病和灰斑病。葉部病害如霜霉病、灰斑病，根部病害如孢囊線蟲病等，均可用藥劑進行有效防治；農業措施防治，采取合理輪作，如防治大豆孢囊線蟲病，實行大豆與禾谷類作物或非寄生作物3-5年輪作，減少蟲源。 種前通過選種，建立無病種子田，對防治霜霉病、紫斑病、灰斑病，大豆花葉病毒效果較好。中耕除草，排除田間積水，能減輕大豆觖病和根部病害的發生。增施有機肥，適時灌水，可減輕孢囊線蟲病的為害。清除田間雜草，亦可減少大豆花葉病毒等病害。