(1)不分用途地混合貯藏
一些農產仍按過去的習慣，一家只有1個窖，食用薯、商品薯、種薯、加工薯等幾種用途的塊莖，或幾個不同品種的馬鈴薯，都貯藏在這一十窖內。這不僅造成品種的餛雜和病害的傳播，影響種性，同時對食用薯品質和加工薯價值的保持不利，因而直接影響農戶的經濟效益。在貯藏過程中，只有滿足不同用途塊莖對貯藏條件的不同要求，才能達到貯藏的預期目的。
(2)不能保證塊莖入害質量
所說的入窖質量，就是要求人窖塊莖個體完整，薯皮干燥、無腐爛及其他雜質等．可是秋收入窖時，農戶圖省事，不愿多用工，不經晾曬和挑選，使泥土與塊莖混合，并將潮濕淋雨的薯塊和凍、病、傷、爛的薯塊一起入窖。人窖時將馬鈴薯從窖口向窖內傾倒，把薯掉傷，或人在薯堆上踩踏，造成薯塊受傷等，嚴重影響了人窖質量．泥土多會造成濕度大，通氣不暢，同時還帶人各種病菌，病、爛薯塊入窖，直接把大量病菌接種在薯堆內，成為窖內發病的苗源；傷薯易于使真菌和細菌侵入，會導致病害的擴大蔓延；濕度大不僅能滿足病苗繁殖傳染條件，促進病害發展，同時也易于造成塊莖早期發芽，影響質量。
(3)貯藏管理不當
許多農戶有“自然管理”的習慣，即天冷封窖后，在貯藏期間不檢查，不調整溫度和濕度，不通風換氣，以致在春季開窖時出現凍窖、爛窖、傷熱、發芽和黑心等現象，造成重大經濟損失。還有的只注意保溫怕凍，一冬都不通氣，薯塊呼吸產生的大量二氧化碳氣得不到排除，使薯塊的正常呼吸受到阻礙，芽子被窒息，以致影響出苗。甚至春季開窖后，也不通風換氣，人就進入窖內，造成人客人窒息的事故。
(4)貯藏窖建造不科學
有的選址不當，在地下水位高處建窖，造成窖內濕度大，甚至出水；或薯窖背陰，正對風口，容易出現凍窖。有的窖建造得太淺，頂部覆土薄，薯堆上部接近凍層，也易造成凍窖。還有的沒有通風孔道，或通風孔道設置得不合理，因面無法調節窖內溫濕度，更無法通進新鮮空氣，以致使所貯薯塊受損害。
