根據日本國家行政體制，政府各部門在自己分工權限范圍內，對有關進出口商品檢驗工作實行分工管理。通商產業省（分管全國所有工業生產和商業、外貿等事務），負責進出口工業品的檢驗管理；農林水產省（分管全國農林牧漁和食品等的生產），負責全國進出口農林水產品和食品的檢驗和檢疫管理；厚生省（分管全國醫療衛生事務），負責進出口食品、醫藥品等衛生方面的檢驗和管理；運輸省（分管海、陸、空客貨運輸事務），負責進出口商品運載計量和安全方面的檢驗管理。 日本政府對進出口商品檢驗管理主要有三個方面：

1、通過國家立法進行管理

　　日本政府十分重視發揮法律對社會經濟發展的促進作用，陸續頒布一系列法律法規，如《出口檢查法》、《食品衛生法》、《工業標準化法》、《出口設計法》、《產品責任法》等等，通過立法形式建立加強進出口商品檢驗管理的依據。這些法律明確規定進出口生產、加工、經營、銷售單位以及商品檢驗、海關等執法部門的法律義務和責任，對違法者進行法律制裁。

2、對重點進出口商品實行強制性檢驗

　　根據《出口檢查法》等有關法律的規定，日本政府有關部門根據需要，規定了若干必須由政府或政府指定的民間檢驗機構檢驗的商品種類， 亦稱法定檢驗商品種類。凡被列為法定檢驗范圍的商品，有關生產經營企業必須向政府或政府指定的檢驗機構申報檢驗，經這些檢驗機構檢驗合格后，發給檢驗合格證書，并對商品加附BESST標志，經海關審核驗證后予以通關放行。如發現違反檢驗法律的行為，海關即將情況通知政府有關部門，由政府的檢驗機構負責復驗、調查核實，提交地方法院，由法院視情對違反法律的當事人進行處罰。

3、對民間檢驗機構實行監督管理

　　為了使有關進出口商品檢驗法律順利實施，日本政府十分重視組織和利用社會檢驗力量。日本國內的一些民間檢驗機構由政府主管當局根據 《出口檢驗法》的規定批準營業，代表政府對出口商品進行檢驗，承擔著"法定檢驗"的任務。為了保證檢驗工作的公正準確，這些民間機構在政府的嚴格控制下進行工作，日本政府對有關民間檢驗機構的檢驗技術水平、檢驗設備手段、檢驗范圍和能力以及組織結構進行考核認證。對具備條件的授權代表政府執行有關進出口商品的法定檢驗。政府部門對所指定的民間檢驗機構的檢驗業務和檢驗結果進行監督管理，不定期進行抽查，如發現問題可撤銷授權。政府有關部門還對指定檢驗機構的領導人實行任命，如委派剛退出現職的農林省次長或糧食廳長擔任日本谷物檢定協會的會長和理事長；由運輸省大臣確認日本海事檢定協會的理事以上干部，并發給確認書等；對其一般官員和雇員的聘用、解雇和處罰，都有嚴格的規定，所有工作人員都必須注冊。

　　日本政府委托官方和民間檢驗機構對指定的出口商品進行檢驗。所謂"指定商品"，是指由日本"出口商品檢驗和設計促進委員會"提出指定出口商品目錄建議，由內閣發布命令加以指定。日本《出口檢驗法》規定，每一種指定的出口商品都由行政法規規定其檢驗標準，一旦出口商品質量達不到這些標準規定，不管出口商或進口商擔保與否，都不準出口。指定的商品未經法定檢驗而出口的，將對出口人簽發制止令，并處以罰款。偽造或涂改檢驗機構證書的，將被視為特別嚴重的"偽造公文罪"，其受到的處罰遠遠重于一般的偽造公文罪。