秋水仙堿可引起嚴重惡心、嘔吐、腹瀉等腸胃道副反應。秋水仙堿引起的腹瀉可造成嚴重的電解質紊亂，尤其在老年人可有嚴重的后果。合并潰瘍病的患者忌口服。此外，應注意如白細胞降低、脫發、肌病、肝腎功能損害等副反應。靜脈注射時，應注意緩慢注射(>2～5分鐘)，切勿使藥物外漏。預防性口服秋水仙堿同時給予靜脈注射可引起嚴重的骨髓抑制，甚至死亡。