一個研究問題的產生常需經過長期的觀察和思考，主要從實踐和日常工作中發現問題，逐步形成新的想法繼而提出研究問題。目前研究的問題大多數為個人自選。主要有以下三個來源：
1． 從理論中提出研究問題
許多研究問題就是研究者按照某一理論提出某種假設，推測按照此理論應該解決某一問題而提出的。可以是成熟的理論，也可為尚有爭論的學說。
2． 從實踐中提出研究問題
大量的實踐為醫學人員提供了研究問題的豐富來源。無論是臨床醫師、管理人員還是教師，都會在自己的工作實踐中遇到使自己困惑或不解的問題。一般來說，實踐中經常遇到的困難及服務對象經常發生的問題都可成為有價值的研究問題。
3． 從文獻中提出研究問題
任何一個好的公開發表的研究論文，都會在討論部分提到本研究尚有哪些不足，哪些問題需要進一步探討，也有的研究者還會提出對下一步研究的建議。這些都為今后的研究提出了新的問題。