莢膜（capsule）許多細菌胞壁外圍繞一層較厚的粘性、膠凍樣物質，其厚度在0.2um以上，普通顯微鏡可見，與四周有明顯界限，稱為莢膜。如肺炎雙球菌。其厚度在0.2um以下者，在光學顯微鏡下才不能直接看到，必須以電鏡或免疫學方法才能證明，稱為微莢膜（microcapsule)，如溶血性鏈球菌的m蛋白、傷寒桿菌的vi抗原及大腸桿菌的k抗原等。
    大多數細菌（如肺炎球菌、腦膜炎球菌等）的莢膜由多糖組成。鏈球菌莢膜為透明質酸；少數細菌的莢膜為多肽（如炭疽桿菌莢膜為d-谷氨酸的多肽）。細菌一般在機體內和營養豐富的培養基中才能形成莢膜。有莢膜的細菌在固體培養基上形成光滑型（s型）或粘液型（m）菌落，失去莢膜后菌落變為粗糙型（r）。莢膜并非細菌生存所必需，如莢膜丟失，細菌仍可存活。莢膜除對鑒別細菌有幫助外，還能保護細菌免遭吞噬細胞的吞噬和消化作用，因而與細菌的毒力有關。莢膜抗吞噬的機理還不十分清楚，可能由于莢膜粘液層比較光滑，不易被吞噬細胞捕捉之故。莢膜能貯留水分使細菌能抗干燥，并對其他因子（如溶菌酶、補體、抗體、抗菌藥物等）的侵害有一定抵抗力。