腦的一部分，包括中腦、腦橋和延髓。上接間腦，下連脊髓，背面與小腦連接，并同位于顱后窩中。腦干的背側與小腦之間有一空腔，為脊髓中央管的延伸，稱第四腦室。腦干也由灰質和白質構成。腦干的灰質僅延髓下半部與脊髓相似，其他部位不形成連續的細胞柱，而是由機能相同的神經細胞集合成團塊或短柱形神經核。神經核分兩種，一種是與第3～12對腦神經相連的腦神經核；另一種是主要與傳導束有關的神經核。如網狀結構核團。腦干中有許多重要神經中樞，如心血管運動中樞、呼吸中樞、吞咽中樞，以及視、聽和平衡等反射中樞。