２０世紀７０年代基因工程技術興起時，基因重組實驗必須在"負壓"實驗室進行。為了防止基因重組的生物當時主要是微生物不致進入人體或逃逸到外界，實驗室設立了各種等級的物理屏障和生物屏障。雖然以后對非病原體基因工程實驗的規定有所放寬，但有關生物安全的原則不變。各國政府對于基因重組實驗頒布有相應的操作規程，以防范重組生物進入人體或擴散到實驗室外。但是今天，基因重組生物還是堂而皇之地進入了大自然。不可否認，國外對現有已推廣的幾十種基因工程作物在審批時均認真地考慮過它們對人體和環境的安全性，但事實證明，過去的考慮并不充分，認識也有局限性，更缺乏長期的數據。

　　美國得克薩斯州一生產無公害即綠色食品玉米的農場，所生產的玉米因發現含有附近地區種植的基因工程Ｂｔ玉米的轉基因，結果迫使這家農場將這批所謂"無公害"玉米全部銷毀。研究表明，這是通過交叉授粉傳播的。類似這種通過交叉授粉使基因工程玉米的Ｂｔ基因轉移到傳統玉米作物上，在歐洲和加拿大的許多送檢樣品中也發現過。

　　美國大面積推廣基因工程作物，使美國許多非轉基因作物的種子中有0.01％～1％含有來自基因工程的轉基因。這樣的污染程度，連最挑剔的德國和日本糧食商也只好無奈地規定：進口北美傳統作物的種子，其中轉基因污染不超過0.1％就算合格。

　　由此看出，基因工程作物中的轉基因能通過花粉風揚或蟲媒所進行的有性生殖過程擴散到其他同類作物已是不爭的事實。這是一種遺傳學上稱為"基因漂散"過程。而這種人工組合的基因通過轉基因作物或家養動物擴散到其他栽培作物或自然野生物種并成為后者基因的一部分，在環境生物學上則稱為"基因污染"。其次，傳統作物被轉基因作物污染，從種植到成品，幾乎每一個環節都有可能發生。在田間發生雜交是原始的污染，第二次污染則發生在沒有清理干凈的倉庫和運輸環節，致使傳統作物的種子混雜有基因工程作物的種子。