倫理學或稱道德哲學，是對道德的哲學研究。道德是關于人類行為是非善惡的信念和價值，體現在關于人類行為的規則或準則中。倫理學是對道德的哲學反思，對人類行為的規則或準則進行分析，提供論證，以解決在新的境遇中不同價值沖突引起的道德難題。
醫學倫理學來源于醫療工作中醫患關系的特殊性質。病人求醫時一般要依賴醫務人員的專業知識和技能，并常常不能判斷醫療的質量；病人常要把自己的一些隱私告訴醫務人員，這意味著病人要信任醫務人員。這就給醫務人員帶來一種特殊的道德義務：把病人的利益放在首位，采取相應的行動使自己值得和保持住病人的信任。
所以，刻劃醫患關系基本性質的是信托模型：信托關系基于病人對醫務人員的特殊信任，信任后者出于正義和良心會真誠地把前者利益放在首位。
公元前四世紀的《希波克拉底誓言》是醫學倫理學的最早文獻，其要旨是醫生應根據自己的“能力和判斷”采取有利于病人的措施，保持病人的秘密。
世界醫學聯合會通過的兩個倫理學法典，即1948年的《日內瓦宣言》和1949年的《醫學倫理學法典》，都發展了《希波克拉底誓言》的精神，明確指出病人的健康是醫務人員要首先關心、具有頭等重要地位的問題，醫務人員應無例外地保守病人的秘密，對同事如兄弟，堅持醫業的光榮而崇高的傳統。
公元一世紀，古印度《吠陀》經和公元七世紀希伯來的《阿薩夫誓言》對醫生也都提出類似的要求。公元七世紀中國孫思邈在《大醫精誠》一文中也寫有醫者行為的準則，如“若有疾厄來求救者，不得問其貴賤貧富，長幼妍媸，怨親善友，華夷愚智，普同一等，皆如至親之想；亦不得瞻前顧后，自慮吉兇，護惜身命”等等。
中世紀的西方天主教學者從基督教神學倫理學的觀點探討醫學倫理學，提出了雙重效應學說，即一個行動可以引起有意的、直接的效應和無意的、間接的效應；如果不是有意的話，在某些條件下可以容忍一個行動帶來的間接的壞效應。新教學者的觀點非常接近天主教的觀點，但他們強調應讓病人知情，并就自己的醫療問題作出決定。
非宗教的醫學倫理學是在洛克、杰弗遜和《人權法案》等的思想傳統上發展起來的。1940年的《紐倫堡法典》是這種傳統的體現，該法典放棄了受試者由研究人員保護的舊觀念，代之以受試者具有自我決定權，從而要求做到知情同意的新觀念。
但到了20世紀末，又有要求回到希波克拉底傳統的趨向，認為病人的自主權不是絕對的，一切應以病人利益為轉移。《后希波克拉底誓言》強調了病人利益放在首位，同時也包含了原來的《希波克拉底誓言》所沒有的尊重病人價值和權利等的內容。
所有過去的醫學倫理學的文獻一般都含有美德論和義務論兩個內容。美德論討論有道德的醫務人員應具備哪些美德、哪些品質。許多文獻都認為醫生應具有仁愛、同情、耐心、細心、謙虛、謹慎、無私、無畏、誠實、正派等美德。義務論討論醫務人員應做什么，不應做什么。
現代醫學倫理學則有兩個新的方面：其一，由于醫療衛生事業的發展，醫學已經從醫生與病人間一對一的私人關系發展為以醫患關系為核心的社會性事業。作為一種社會性事業，就要考慮收益和負擔的分配以及分配是否公正的問題，尤其是衛生資源的公正分配和盡可能利用這些資源使最大多數人得到最佳醫療服務等涉及衛生政策、體制和發展戰略問題。這構成了醫學倫理學一個新的內容，即公益論。
其二，以往的醫學倫理學提出的醫生的道德義務，或道德價值和信念都是絕對的，是一種“至上命令”，因為它們的權威被認為來自神圣的宗教經典，或來自不朽的醫圣。因此，不管是以法典還是案例體現的這些規范或價值無條件地適用于一切情況。
但由于生物醫學技術的廣泛應用和迅速發展，醫療費用的飛漲，以及價值的多元化，現代醫學倫理學更多地涉及病人、醫務人員與社會價值的交叉或沖突，以及由此引起的倫理學難題。例如古代中、西醫學的傳統都不允許墮胎術，但婦女要求在生育問題上行使自主權，以及人口爆增引起的節制生育的社會需要，對上述傳統價值提出了挑戰。在應孕婦要求實施人工流產術時又要考慮手術對她健康的影響以及胎兒的地位。
醫學倫理學的主要理論包括道義論和后果論。道義論認為行動的是非善惡決定于行為的性質，而不決定于其后果。如某些醫生認為應把病情嚴重的真相告訴臨終病人，而不管可能引起的后果，因為“隱瞞”、“說假話”或“欺騙”這種行動本身是不應該的。又如認為醫療衛生是福利事業，不應成為商品而進入市場機制，這也是一種道義論論證。
反之，后果論則認為行動的是非善惡決定于行為的后果，并不決定于其性質。如有的醫生認為不應把病情嚴重的真相告訴臨終病人，因為這會引起消極的后果。后果論要求在不同的治療方案中作出選擇，最大限度地增進病人的利益，把代價和危機減少到最小程度。道義論和后果論在醫學倫理學中都十分重要，但同時又都不完善。
在醫學倫理學中有三個最基本的倫理學原則：病人利益第一、尊重病人、公正。
病人利益第一這個原則要求醫務人員不僅在主觀上、動機上，而且在客觀上、行動效果上對病人確有助益，又不傷害病人，即有義務不去有意地或因疏忽大意而傷害病人。
但醫療行動難免會給病人或第三者帶來有害的后果，對此可以援用雙重效應原則作為這種醫療行動的依據。即這些有害的后果不是直接的有意的效應，而是間接的可預見的但無法避免的效應。如化學療法可抑制腫瘤(直接的有意的有利效應)，但有副作用(間接的可預見的不利效應)。
醫務人員在醫療工作中起著家長一樣的作用，這稱為醫學家長主義。堅持家長主義的理由是病人不懂醫學，患病后身心處于軟弱地位，不能作出合乎理性的決定，為了病人利益，應由醫務人員代替病人作出決定。
為了病人自身的利益而對病人的行動加以干涉，這是家長主義的干涉。如果病人的行動危害他人或社會，醫務人員更應加以干涉，這是非家長主義的干涉。
尊重病人首先是尊重病人的自主權利(有權利就關于自己的醫療問題作出決定)。但有些病人由于年幼、無知、智力低下、精神不正常等，降低或缺乏了自主作出合理決定的能力，這是醫務人員應加以干涉，以便保護病人不受他們自己行動造成的傷害。這種家長主義的干涉是正當的。
尊重病人或受試者的自主權利這一原則要求，醫務人員或研究人員在試驗或實驗前取得前者的知情同意。受試者在作出接受實驗的決定前，應知道實驗的性質、持續時間和目的、方法和手段；可能發生的不方便和危害，以及對他的健康和個人可能產生的影響。
公正的形式原則指在形式上要求對在有關方面相同的人要同樣對待，對在有關方面不同的人應該不同對待。這些有關方面可以是個人的需要、能力、已經取得的成就，或已經對社會作出的貢獻、對社會可能作出的潛在貢獻等。公正原則在討論醫療衛生資源的宏觀分配和微觀分配時十分重要。
醫學倫理學經常討論的主要問題有：
健康和疾病的概念。這在規定醫療范圍和醫務人員的義務中起重要作用，世界衛生組織所下的健康定義包括身體、精神和社會方面的完全良好。許多人認為這個定義過于寬泛，會使醫療衛生的范圍過大，社會不勝負擔。較窄的健康定義僅包括身體和精神上的良好，或僅限于身體上的良好。
醫患關系涉及醫學倫理學許多基本問題，其中最重要的是病人的權利和醫生的義務問題。傳統的醫學倫理學強調醫務人員所做的一切必須有利于病人，而不管病人的愿望如何，這是家長主義模型。后來在西方，隨著民權運動的發展，更強調尊重病人的意見，這是自主模型。現在正在設法把二者統一起來。
人工授精、體外受精、代理母親等生殖技術給人類提供了非自然的生殖方式，引起一系列概念、倫理學和法律問題。比如人工授精把有第三者參與的合子引入婚姻關系，是否會破壞家庭的基礎？供體精子人工授精育成的孩子具有什么法律地位？供精是否應該檢查、限制次數、保密和商業化？對人類胚胎的研究應否控制？是否應該禁止在產前進行性別選擇？這些問題的討論往往要求在政策和法律上作出相應的決定。
避孕、人工流產和絕育等也是使戀愛、性交與生殖生育分離的技術，因此遭到宗教或非宗教權威的反對。另一方面，對智力嚴重低下者以及嚴重的精神病人是否應該實行強制絕育，也是一個爭論不休的問題。這是一個至今使醫務人員感到為難的問題。
產前診斷、遺傳學檢查，遺傳學篩選、遺傳咨詢、基因治療、基因工程等技術有利于人們及早發現遺傳性疾病，但這些技術引起了這種檢查和篩選是否可以強制進行、是否應該限制嚴重遺傳病患者的婚育、遺傳信息是否應該保密、遺傳咨詢服務是否應該免費，以及這些技術帶來的利害得失如何權衡等倫理問題，應用遺傳學技術減少遺傳病患者的人數、改進人口質量又如何在目的和方式上與納粹德國提倡的所謂優生運動相區別？
由于生命維持技術的發展和應用，醫務人員可以使不可逆昏迷的腦死亡病人和持續性植物狀態的人繼續維持其生物學生命，但他們永遠失去了意識和運動能力。這使得人們感到有必要重新考慮死亡概念和重新給死亡下定義的問題。
安樂死的倫理學問題是醫學倫理學討論得最活躍和爭論得最激烈的一個問題。目前，自愿的被動安樂死，即根據臨終病人的要求不給他或撤除治療，已為許多國家的法律所承認，無行為能力的病人也可由代理人作出決定。
分歧較大的是主動安樂死問題，這主要是因為對結束病人生命的主動行動與不給、撤除治療的被動行動之間是否有性質區別，尚有不同意見。在主動安樂死的情況下，死亡的原因是疾病，還是行動，以及采取行動的人是出乎善意，還是出乎惡意，這也難以斷定。
衛生政策中最有爭論的問題是一個國家是否應該讓醫療衛生社會化，如應實行公費醫療或醫療保險，還是讓醫療衛生商品化，還是采取某種混合折衷的方式。