1、吸附雜交
（1）HAP吸附雜交，羥基磷灰石層析或吸附是液相雜交中最早使用的方法，在液相中雜交后，DNA：DNA雜交雙鏈在低鹽條件可特異地吸附到HAP上，通過離心使吸附有核酸雙鏈HAP沉淀，再用緩沖液離心漂洗幾次HAP，然后將HAP置于計數器上進行放射性計數。
（2）親和吸附雜交：生物素標記DNA探針與溶液中過量的靶RNA雜交，雜交物吸附到�；H和素包被的固相支持物（如小球）上，用特異性抗DNA：RNA雜交物的酶標單克隆抗體與固相支持物上的雜交物反應，加入酶顯色底物。這個系統可快速（2h）檢測RNA。
（3）磁珠吸附雜交：Gen-Probe公司最近應用丫啶翁酯（Acridinium
ester）標記DNA探針、這種試劑可用更敏感的化學方法來檢測，探針和靶雜交后，雜交物可特異地吸附在磁化的有孔小珠（陽離子磁化微球體）上，溶液中的磁性小珠可用磁鐵吸出，經過簡單的漂洗步驟，吸附探針的小珠可用化學發光測定。
2、發光液相雜交
（1）能量的傳遞法。Heller等設計用兩個緊接的探針，一個探針的一端用化學發光基團（供體）標記，另一個探針的一端用熒光物質標記，并且這兩個探針靠得很近，兩個靠得很近的探針用不同的物質標記（光發射標記）。當探針與特異的靶雜交后，這些標記物靠得很近，一種標記物發射的光被另一種標記物吸收，并重新發出不同波長的光，調節檢測器使自動記錄第二次發射光的波長，只有在兩個探針分子靠得很近時，才能產生激發光，因此這種方法具有較好的特異性。
（2）丫啶翁酯標記法。丫啶翁酯標記探針與靶核酸雜交后，未雜交的標記探針分子上的丫啶翁酯可以用專門的方法選擇性除去，所以雜交探針的化學發光是與靶核酸的量成比例的。該法的缺點是檢測的敏感度低（1ng的靶核酸），僅適用于檢測擴增的靶序列，如rRNA或PCR擴增產物。
3、液相夾心雜交
（1）親和雜交
在靶核酸存在下，兩個探針與靶雜交，形成夾心結構。雜交完成后，雜交物可移到新的管或凹孔中，在其中雜交物上的吸附探針可結合到固相支持物上，而雜交物上的檢測探針可產生檢測信號。用生物素標記吸附探針，及125I標記檢測探針。這個系統的敏感性可檢測出4×105靶分子，該試驗保持了固相夾心雜交的高度特異性。
（2）采用多組合探針和化學發光檢測
第一類探針是未標記的檢測探針和液相吸附探針，它們有50個堿基長，其中含有30個細菌特異序列堿基和20個堿基的單鏈長尾；第二類探針是固相吸附探針，它可吸附在小珠或微孔板上。未標記檢測探針的單鏈長尾用于結合擴增多體（標記探針），液相吸附探針和靶雜交物從溶液中分離并固定在小珠或微板上。典型的試驗可有25個不同的檢測探針和10個不同的吸附探針，第一個標記檢測探針上附著很多酶（堿性磷酸酶或過氧化物酶），可實現未標記檢測探針的擴增，使用化學發光酶的底物比用顯色反應酶的底物敏感。這個雜交方法用于乙肝病毒、沙眼衣原體、淋球菌以及質粒抗性的檢測，敏感性能達到檢測5×104雙鏈DNA分子。
4、復性速率液相分子雜交
這個方法的原理是細菌等原生物的基因組DNA通常不包含重復順序，它們在液相中復性（雜交）時，同源DNA比異源DNA的復性速度要快，同源程度越多，復性速率和雜交率越快。利用這個特點，可以通過分光光度計直接測量變性DNA在一定條件下的復性速率，進而用理論推導的數學公式來計算DNA-DNA之間的雜交（結合）度。
