1. 怎樣郵寄我的樣品？
凍干的膠或干粉可以直接郵寄。切膠后的濕膠（不用做任何處理），放在 EP 管中 ( 不加任何緩沖液 ) ；用干冰速凍；郵寄時，置樣品于足夠的干冰中。液體樣品的郵寄方式同濕膠一樣。
2. 為什么要使用內(nèi)標(biāo)？
用內(nèi)標(biāo)做校準(zhǔn)可以大大減少 MALDI-MS 的誤差（ <70ppm ），從而提高查庫結(jié)果和可靠性。好的內(nèi)標(biāo)肽段需要有以下的要求：最好有兩個肽（兩點一線）；質(zhì)量不要在大多數(shù)的肽段范圍內(nèi)（ 1200 ～ 2500 Da ）；內(nèi)標(biāo)的量要與樣品的量成比例；內(nèi)標(biāo)對其他肽段離子化的抑止要小。我們實驗室使用的內(nèi)標(biāo)是 25fmol 的——和——。不過，一般情況下，使用外標(biāo)做校準(zhǔn)也可以達(dá)到比較滿意的數(shù)據(jù)（ <150ppm ）。所以，顧客可以根據(jù)自己的需要來選擇是否使用內(nèi)標(biāo)。
3. 我為什么還要提供正負(fù)空白膠正對照提供 (exact) 對照兩塊膠？
正負(fù)對照的兩塊膠是用來對整個鑒定過程做質(zhì)量控制的。負(fù)對照（空白膠）主要是看樣品是否有污染（比如角蛋白的污染）；正對照（已知膠，比如同一塊膠上的標(biāo)準(zhǔn)蛋白）主要是檢測酶解和質(zhì)譜的效果是否正常。如果客戶不能提供正負(fù)對照，我們可以使用自己預(yù)先準(zhǔn)備的膠條。如果顧客的樣品量大（ >10 個 2D 膠上的點），則顧客必須提供正負(fù)對照。
4. 對于膠上蛋白質(zhì)的鑒定，我應(yīng)該提供多少蛋白質(zhì)？
一般情況下，考染能看得見的點都有機會鑒定出來。分子量在 2 － 5 萬之間的蛋白質(zhì)，鑒定成功率一般比較大。分子量小的蛋白酶切位點少，合適的肽段（ 1000 ～ 3000 Da ）就少，所以鑒定的成功率相對較低。而分子量太大的蛋白質(zhì)，在同等質(zhì)量的情況下，蛋白的摩爾數(shù) (pmol) 較少；而且查庫時匹配肽段的覆蓋率會比較低（因為整個蛋白質(zhì)較大），從而影響鑒定的成功率。
5. 為什么我的 MALDI 圖譜中都是相差 44Da 的峰，肽段的峰則全被抑制了？
相差 44Da 的峰可能是 Triton X 峰 ，也可能是 polymer （ -CH2CHOH- ）峰。這些 polymer 是從 EP 管的內(nèi)壁瀝濾（ leaching ）出來的。所以 樣品中不能含有 Triton X 。 另外實驗中不能使用加有可塑劑（ plasticizer ）或塑料軟化劑的離心管（比如 PCR 管）來裝取樣品。最好是使用進口 EP 管。另外，可以用 60 ％的乙腈 /0.1%TFA 去清洗 EP 管的內(nèi)壁以防瀝濾。清洗后，要等到殘留液都揮發(fā)（ air dry or speed vac ）后再裝樣品。 此過程中要注意不讓雜質(zhì)灰塵落入管內(nèi)。 另外，試驗操作過程中所佩戴的塑膠手套也可能有可塑劑。所以一定要佩戴無塵的手套。每次用手打開或觸摸盛有樣品的 EP 管時，一定注意不要碰到 EP 管蓋的內(nèi)壁。開蓋時，可以使用 Eppendorf 槍上的金屬拉桿（動作如開啤酒瓶蓋兒）。從凍干機中取出 EP 管時，最好拿在蓋子和管子的連接部分或蓋子的突出部分。膠的染色和脫色中，盡量不要觸摸膠（即便是帶了手套）。可以用廚房用的鏟子（帶鏤空的那種，超市里有賣）來操作。
6 ．各種去垢劑對 MALDI 有何影響？
離子型去垢劑對 MALDI 的影響要比非離子型去垢劑大。去垢劑濃度越高，影響越大。
在濃度為 1.0% (w/v) 時 : 除了一些糖類的非離子型去垢劑，大部分去垢劑會把蛋白質(zhì)的信號減低 10 倍。
At 0.01% detergent concentration (w/v): 只有 SDS 和�；悄懰嵊绊懶盘�。但它們會使信號減低超過 20 倍。
在濃度為 0.1% (w/v) 時 : 不同的去垢劑對信號的影響差別比較大。具體效果見下 表。信號指有去垢劑時的信號和無去垢劑時的信號之比。
參考文獻(xiàn)： Vorm, Ole, Brian T. Chait and Peter Roepstorff, Mass Spectrometry of Protein Samples Containing Detergents , 41th ASMS Conference Proceedings, (1994) 621a-621b.
7 ． 為什么我的 MALDI 圖譜中都是相差 111Da 的峰？
有可能樣品在超慮時接觸了聚砜樹脂（ polysulfone ）的膜。 Polysulfone 有四個峰。各個系列的峰之間相差 111Da 。
8. 怎樣避免角蛋白的污染？
常見的角蛋白有四種，主要是從皮膚屑（直接接觸）和頭皮屑（空氣傳播）中來的。質(zhì)譜中 檢測到的角蛋白峰應(yīng)該是在酶解前就進入樣品中來的（主要是在染膠，脫色，切膠和加酶這四步）。試驗中一定要佩戴手套；一定要仔細(xì)清洗染膠的容器（先用 70 ％酒精洗，再用去離子水洗）；切膠要帶口罩，并在通風(fēng)櫥中進行。另外，從來源于實驗操作人員穿著的毛衣中的羊的角蛋白也被檢測到過，所以試驗中要穿試驗服。
9 ． MALDI 檢測時，有那些常見的角蛋白峰？
質(zhì)譜中常見的角蛋白峰有：
1319.575, 1349.679, 1474.741, 1474.777, 1656.785, 1706.742, 1715.843, 1739.697, 1790.719, 1838.984, 1889.849, 1992.969, 2090.874, 2285.116, 2382.943, 2399.203, 2500.059, 2509.123, 2650.381, 2704.152, 2830.185, 3222.272, 3223.368, 3311.299
其中最常見，強度又高的有 ( 按強度排列 ) ：
1. 2382.9
2. 1706.7
3. 2704.1
4. 3311.3
這些數(shù)據(jù)是從多次實驗中總結(jié)得來的，實驗條件不同，可能會得到不同的結(jié)果。
10. 單一同位素肽段質(zhì)量（monoisotopic peptide mass）和平均同位素肽段質(zhì)量（average peptide mass）有什么不同？
組成蛋白質(zhì)的原子在自然界中存在著不同比例的同位素（見下表）。所以含有這些同位素原子的肽段的質(zhì)量比不含任何同位素的肽段的質(zhì)量要大。不含任何同位素的肽段的質(zhì)量叫單一同位素肽段質(zhì)量；同一種肽段所有的同位素形式（包括含同位素的，也包括不含同位素的）的質(zhì)量的平均數(shù)叫平均同位素肽段質(zhì)量。
11. 怎樣在質(zhì)譜的圖譜上確定單一同位素峰和平均同位素峰?
在分辨率低的質(zhì)譜圖譜上，所顯示的峰一般是平均同位素峰。但目前常用的質(zhì)譜方法（比如 MALDI-TOF ）分辨率一般都很高，一般的小分子（比如肽段）常含有 4 到 5 個同位素峰，其中分子量最小的那個就是單一同位素峰。但是，當(dāng)用質(zhì)譜檢測大分子（比如完整蛋白質(zhì)）時，同位素峰的數(shù)目很多，難以在圖譜上區(qū)分。在這種情況下，使用平均同位素質(zhì)量會比較更有意義。
12. 同位素峰之間一定是相差 1 Da 嗎？
同位素肽段的質(zhì)量（ m ）一般是相差 1 Da ，但因為質(zhì)譜檢測到的峰是肽段的質(zhì)荷比（ m/z ），而不是質(zhì)量本身，所以在肽段帶有多個電荷的情況下，其質(zhì)荷比相差要小于 1 。如果檢測到的肽段帶一個電荷，那同位素峰之間是相差 1 ；如果檢測到的肽段帶兩個電荷，那同位素峰之間便相差 0.5 ；如果檢測到的肽段帶三個電荷，那同位素峰之間便差 0.33 ；以此類推。所以從同位素峰之間的間距，可以推斷出肽段的帶電情況（ z ），從而推斷出肽段的單一同位素質(zhì)量 [(m/z)*z] 。
13. 哪種離子化方式產(chǎn)生的肽段易帶多個電荷？
在蛋白質(zhì)組學(xué)所涉及的質(zhì)譜技術(shù)中，常見的離子化方式有 MALDI 和 ESI 。目前，對這兩種方法的原理和離子化的具體細(xì)節(jié)還沒有一個公認(rèn)的闡述。但經(jīng)驗表明， MALDI 所產(chǎn)生的離子化肽段只帶一個電荷（正離子方式）。而 ESI 所產(chǎn)生的離子化肽段往往帶有多個電荷。
14. 單一同位素峰一定是最高的峰嗎？
單一同位素峰一定是一組峰里面質(zhì)荷比最低的，但不一定是最高的。當(dāng)肽段的分子量較小時，其所含的原子總數(shù)也少，所以整個肽段含有同位素原子的幾率也比較小。這時，單一同位素峰往往是最高的峰。當(dāng)肽段的分子量增大時，其帶有同位素原子的幾率也隨之增大。在這種情況下，＋ 1 Da ，甚至＋ 2 Da 的同位素峰有可能成為最高峰。統(tǒng)計表明，當(dāng)肽段的分子量超過 2500 Da 時，最高峰往往不是單一同位素峰。
15. 單一同位素峰的鑒定有什么意義？
單一同位素峰的鑒定對后續(xù)的查庫工作有重要意義。質(zhì)譜法鑒定蛋白質(zhì)一般是把得到的質(zhì)核比數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)庫里的數(shù)據(jù)比對。所以，如果所采集的數(shù)據(jù)里混有不是單一同位素峰的質(zhì)量，那么就有可能在查庫時找不到目標(biāo)蛋白質(zhì)，或是找到其他的蛋白質(zhì)，從而嚴(yán)重影響比對的效率和真實性。
16 ．氨基酸有那些常見的修飾？各種修飾對分子量的改變是多少？
氨基酸常見的修飾。氨基酸所有的修飾.
