比較可以是橫向的，涉及較多類群。如環(huán)節(jié)動(dòng)物門(mén)中各種類都有擔(dān)輪幼蟲(chóng)，雖然其形態(tài)不盡相同；而類似擔(dān)輪幼蟲(chóng)的發(fā)育時(shí)期也可以在其他較大的類群例如軟體動(dòng)物的腹足綱中出現(xiàn)。因此盡管這兩門(mén)動(dòng)物成體的體形毫無(wú)相似之處，仍可以判斷其間存在著親緣關(guān)系。此外，還曾根據(jù)幼蟲(chóng)的相似性，推斷分類位置難以確定的帚蟲(chóng)類和星蟲(chóng)類與環(huán)節(jié)動(dòng)物有遙遠(yuǎn)的親緣關(guān)系。
還可以縱向地比較不同類群的發(fā)育歷程，這樣可以理解類群的演變，為進(jìn)化學(xué)說(shuō)提供證據(jù)。例如高等甲殼類(蝦、蟹等)的發(fā)育歷程要比低等甲殼類(劍水蚤等)復(fù)雜得多，除包括后者經(jīng)歷的幼蟲(chóng)時(shí)期而外，還要經(jīng)歷一系列結(jié)構(gòu)更復(fù)雜的幼蟲(chóng)階段。由此可以判斷甲殼類內(nèi)部物種的進(jìn)化關(guān)系。
大多數(shù)脊椎動(dòng)物沒(méi)有幼蟲(chóng)時(shí)期，但可以對(duì)器官的發(fā)生進(jìn)行比較。魚(yú)類用鰓呼吸，胚胎和成體都具有鰓裂。陸生的高等脊椎動(dòng)物(鳥(niǎo)、哺乳類等)用肺呼吸，但是在胚胎發(fā)育的一定時(shí)期仍出現(xiàn)鰓裂，這說(shuō)明高等脊椎動(dòng)物在系統(tǒng)發(fā)育中，曾經(jīng)經(jīng)歷過(guò)用鰓呼吸的階段。這是所有脊椎動(dòng)物有共同起源的一個(gè)著名例證。