一般地說,基因占有哪個位置,其遺傳效應不變。但少數也有因為基因所處的位置不同而改變其表型的,此稱為位置效應(A.H.Sturtevant,1925)。位置效應有兩類,一是穩定型(S);一是變動型(V)(E.B.Lewis,1950)。所謂S型效應,是指2個突變基因排列為順式(ab/ )和反式(a / b)時表型不同。例如關于黃果蠅的星狀眼(star)和星體眼(asteroit),順式時(Sast/ )黃果蠅復眼大小近于正常(稍小),與之相反,反式時(S / ast)眼睛便顯著變小。關于V型位置效應,已知當正常基因位于異染色質附近時,有些細胞表現為正常性狀,另有些細胞表現為突變性狀。例如黃果蠅X染色體的w 基因經過倒位占有靠近核仁形成區異染色質的位置時,其復眼表現為嵌合性,既有正常的小眼,也有白眼小眼。如果該基因再倒位,回復到原有位置時,則復眼表現為穩定的正常表現型。因此可知,其基因本身并沒有發生改變。