生態系的生物因素之間以及生物、非生物因素之間的物質循環。對于物質特別是營養物質來說，非生物環境、生物等都是它的貯留場所，隨著生活活動的進行，以特定的循環時間，循環率從一個貯留場所轉移到另一個貯留場所，物質本身的物理化學性質一面發生變化，一面移動。在穩定的正常的生態系中，循環的路線、時間、循環率等是大致一定的，但是物質在某個特定的貯留場所停留，或從循環系統中流失，或群落發生變動，那么在這個系統中通常見到的物質循環就被打亂。富養化、污染等就是例子。生物在碳、氮、磷等循環中的作用是眾所周知的。其他的營養物質在生態系內也有各自獨特的循環方式。此外，具有與營養物質近似的化學性質的一些元素、化合物也隨著移動，有些物質在特定的貯留場所蓄積。有毒物質的生物濃縮就是例子。
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