在現代大型啤酒工廠中，微生物污染來源是那些和物料接觸的管道閥門及容器罐體設備中污垢里滋生的微生物群。這些污垢根據其產生的不同部位，通常分為以下幾類：
一、糖化設備的污垢
主要以淀粉為主，麥芽和輔料中的粉塵；同時還有糖焦化、蛋白質變性凝固形成的垢層；酒花樹脂氧化聚合形成的垢層；特別是煮沸鍋的內加熱器表面由于局部過熱炭化形成的較堅硬的垢層。
二、發酵罐、清酒罐的污垢
主要是酵母菌體和啤酒中蛋白質絮凝物，由于表面溫度低，污物結合緊密，比較容易在容器廠部粘著，同時在其上部還附著由酒花樹脂氧化聚合形成的多酚；而一些無機污物（草酸鹽、酒石酸鹽、碳酸鹽等）易附著在容器的底部，結構同樣特別緊密。
酵母、細菌及霉菌容易在這些污垢中繁殖，有的形成菌膜，有的形成菌核，使污垢更具有強的粘著力。有關專家曾在大罐頂部取污垢樣進行分析，污垢中微生物總量達 105～ 107個／克，可以斷定它們是污染微生物的大本營，換句話說有污垢必定就有高數量的微生物，因此設備及各種容器管道的清洗與消毒是保證啤酒質量的一項重要措施。在現代微生物管理過程中，清洗和消毒滅菌是密不可分的，清洗效果的好壞，直接影響著后續消毒殺菌的效果。清洗的目的就是清除污垢，即拆除微生物的藏身之所，使之充分暴露增強殺菌效果等，當然僅靠清洗要達到徹底去除微生物是不可能的，必須與消毒殺菌配合起來。
如何在生產的不同階段選擇合適的方式和方法進行清洗和消毒非常重要，應根據生產的不同階段污物和微生物的具體情況選用不同的清洗和消毒滅菌劑。比如發酵大罐的清洗，傳統的清洗工藝中采用 2—3％的熱堿水（80℃以上），雖能達到一定效果，尤其對有機物清洗效果較好，但難以去除無機污物，易造成無機污物堆積。因此國內較多廠家均放棄了傳統的熱堿清洗工藝，而采用酸性、堿性清洗劑交替使用的冷洗工藝。對于殺菌劑，傳統工藝多用甲醛且沿用很長時間，隨著化工技術不斷發展，高型高效低毒高穩定性的產品不斷涌現，在殺菌效果、毒性、殘留、成本等方面均超過了甲醛，尤其是以過氧化物為主（如改性雙氧水過氧乙酸等）的消毒劑系列。值得一提的是即使采用了新型殺菌劑，仍要定期更換品種以消除微生物的抗性。
現在所有啤酒廠都配備清洗CIP，在清洗過程中，清洗劑的流動狀態必須達到 Re ＞ 2000，實現高度湍流，如在薄板和麥汁管道的清洗過程中，清洗劑的輸送速度應是麥汁輸送速度的l．5—2.0倍，其泵出流速必須大于2m／s，才可保證污垢被清洗下來。CIP罐體的大小及進出管線的配制，噴頭的位置、方向、泵的選擇都會直接影響CIP清洗效果。為了減少清洗劑的消耗，防止大罐噴淋球被堵塞，通常可在清洗罐CIP管道的回路上接一個過濾設備。
針對本文前面提及的糖化設備污垢，是多糖氧化物，用強堿性高溫清洗為主；發酵罐及管道，除了合理選擇酸堿清洗劑交替使用外，清洗，殺菌劑的濃度要保證。最后一道酸性消毒劑殺菌時，如果大罐堿性清洗液沒有沖洗于凈，會嚴重影響殺菌效果，甚至會導致殺菌后的空罐超過24小時，必須重新殺菌才能使用。發酵罐每年至少在淡季要進行一次大刷洗（堿洗3個小時以上，酸洗3個小時以上，最后按正常殺菌程序殺菌）。
對于清酒罐由于其使用頻率較高相對比較干凈，有機物較少，而對成品酒影響比較直接，通常采用酸性洗滌劑冷刷洗，低殘留分解的消毒劑殺菌后直接進酒，以防止二次污染。
包裝車間的洗瓶機也要定期消毒，一般采用3～5％的消毒劑加人一號堿槽，其余全空，滅菌時間通常在3小時左右。
裝酒機每次使用后要采用具有清洗消毒雙重效果的介質高壓噴射清洗殺菌，再用水沖洗干凈使用。
殺菌機因其低溫區環境適宜，微生物繁殖較快，應加強清洗殺菌（可通過流加泵在水里加人5～10ppm的消毒液），在高溫區當水的硬度較高，瓶體粗糙時易結水垢，可在高溫區加人少量除垢劑解決。
鏈條的清洗通常以低泡產品為佳，最好用含清洗殺菌成份的介質，盡量避免使用皂液或含皂液成分的產品，把清洗劑加人鏈條潤滑劑斗里，讓其空轉，定期殺菌。
總之啤酒工廠的清洗和殺菌是啤酒生產不可分割的重要組成部分，質量第一，衛生第一，已成為各啤酒廠嚴格遵循的質量方針，只有踏踏實實地做好此項工作，建立嚴格的檢查和考核制度，才能釀造出更加純凈啤酒。