在動物房舍設施內使用于動物飼養的器具和材料，主要包括籠具、籠架、飲水裝置和墊料等，并還有層流架、隔離罩和運輸籠等。這些器具和物品與動物直接接觸，產生的影響最直接，務必予以重視。其中，層流架和隔離罩等設備可在房舍設施中獨立使用，隔離罩更是現今用于無菌動物飼育和實驗的主要設備。

籠具和籠架
在籠外的環境符合質量控制標準的情況下，包圍動物小環境的質量很大程度取決于籠具、籠架的情況。籠具要求能對動物提供足夠的活動空間，通風和采光良好;堅固耐用，里面的動物不會逃逸，外面的動物不會闖進;操作方便，適合于消毒、清洗和儲運;成本低廉，經濟實用。現在國內已有多家廠商，生產各種式樣和質量檔次的籠具。
籠架是承托籠具的支架，使籠具的放置合理，有些還設有動物糞便自動沖洗和自動飲水器。要注意籠具和籠架的匹配，方便移動和清洗消毒。

飲水設備和滅菌設備
動物飼養用的飲水設備，一般采用飲水瓶、飲水盆和自動物飲水器。小動物多使用不易破碎的飲水瓶;大動物，如羊、犬等多使用飲水盆。這些器具的制造材料要求耐高溫高壓和消毒藥液的浸泡。自動飲水器，有方便操作，節省勞力的優點;但易漏水，供水管道不易清洗、消毒，國內使用不普遍。大型的實驗動物設施，往往裝設無菌水生產設備，用過濾系統和紫外線照射，來清除細菌、真菌和病毒。實驗動物的飲水一般無需作蒸溜、離子交換或反滲透等處理，有助于動物對微量元素的利用。

層流架和隔離罩
層流架帶有空氣凈化裝置和通風系統，置于普通房間內，可作清潔級動物短時間飼養或實驗操作及實驗后的觀察等使用，如果放置在清潔級房舍內，可用作SPF級動物的飼養或實驗觀察。層流架根據實驗的需要也有正、負壓之分。層流架結構簡單，投資少無需輔助設備，可獨立運轉，適合于小型和短期的使用，該設備只能控制空氣潔凈和通風指標，而其他環境指標如溫、濕度等，要由設施內加以控制，所以使用有較大的局限性。
隔離罩是保持罩內無菌環境的全密封裝置，是無菌動物飼養、實驗操作和實驗觀察的唯一設備。它主要是作無菌控制，其他環境指標由罩外設備控制，好的設備可維持1--3年的罩內無菌狀態。用于無菌動物的隔離罩是正壓裝置，如作烈性感染實驗應采用負壓隔離罩。

運輸籠和墊料
國際上常用的運輸籠具帶有空氣過濾通風系統和控制溫、濕度的裝置，運輸車輛上也裝有各種環境指標的控制系統，形成一個可移動的實驗動物飼養設施。我國目前尚未有此類裝備，動物運輸時，多采用在普通飼養盒外包無紡布的簡易運輸籠，經運輸后的動物就可能達不到質量控制指標了，研制符合標準又適合國情的運輸籠具實在是當務之急。
墊料，能吸附水分、動物的排泄物，維持籠內和動物本身的清潔衛生，墊料應不含揮發性、刺激性物質，無毒性，不會干擾動物實驗。墊料的原料常用鋸末、木刨花、木屑、碎玉米芯等。墊料的原材料常會攜帶各種微生物和寄生蟲，使用前要經加工處理、消毒滅菌、除蟲等。歐洲國家多用白楊木屑做墊料，而美國多用碎玉米芯，考慮到了材料的毒性因素和取材的難易。