由自身器官、組織體細胞所形成根系的砧木。因系母株的營養體繁殖而成，其遺傳性與親本相同，可保證砧木苗和果苗的一致性；但自根砧缺乏主根，根系分布較淺，固地性不強，對旱、澇、寒、風等的抗性亦較差。因此，對氣候、土壤條件要求比較嚴格，且繁殖系數較低，自根砧常用于因實生繁殖變異大，不能保持一致性的砧木樹種，或種子稀少、種子發芽率低的樹種。
自根砧的繁殖，需要建立自根砧母本園，從母本園剪取插條進行扦插繁殖，或選建母本材料繁殖圃，圃內就地將母株枝條壓倒進行壓條繁殖，培養出自根的砧苗，栽植于苗圃中的成苗培育區，供嫁接繁殖果苗利用。