藥用植物用種子繁殖最為普遍，如人參、西洋參、黃連、當歸等，具有繁殖技術(shù)簡便，繁殖系數(shù)大，利于引種馴化和新品種培育等特點。但是，種子繁殖的后代容易產(chǎn)生變異，開花結(jié)實較遲，尤其是木本藥用植物，種子繁殖所需年限也長。
1．種子特性
種子是一個處在休眠期的有生命的活體，種子休眠受內(nèi)在或外在因素的限制，一時不能發(fā)芽或發(fā)芽困難的現(xiàn)象，是植物對外界條件長期形成的一種適應(yīng)性。種子收獲后在適宜發(fā)芽條件下由于未通過生理后熟階段，暫時不能發(fā)芽的現(xiàn)象稱為生理休眠；由于種子得不到發(fā)芽所需的外界條件，暫時不能發(fā)芽的現(xiàn)象稱為強迫休眠。生理休眠的原因，一是胚尚未成熟；二是胚雖在形態(tài)上發(fā)育完全，但貯藏的物質(zhì)還沒有轉(zhuǎn)變?yōu)榕甙l(fā)育所能利用的狀態(tài)；三是胚的分化已完成，但胚細胞原生質(zhì)出現(xiàn)孤離現(xiàn)象，在原生質(zhì)外包有一層脂類物質(zhì)，使透性降低。上述三種情況均需經(jīng)過種子自身的后熟作用才能萌發(fā)。另外還有兩種情況：一是在果實、種皮或胚乳中存在抑制發(fā)芽的物質(zhì)如氰酸、氮、植物堿、有機酸、乙醛等，阻礙胚的萌發(fā)；二是種皮太厚、太硬或有蠟質(zhì)，透水、透氣性能差，影響種子萌發(fā)，種子休眠在生產(chǎn)實踐上有重要意義，常可應(yīng)用植物激素，以及各種物理、化學方法來促進種子發(fā)芽。
種子是有一定壽命的，種子的壽命就是指種子的活力。即在一定環(huán)境條件下能保持的最長年限。各種藥用植物種子的壽命差異很大，壽命短的只有幾日或不超過去1年。種子壽命與貯藏條件有直接關(guān)系，適宜的貯藏條件可以延長種子的壽命。但是，生產(chǎn)上還是采用新鮮的種子，因隔年的種子發(fā)芽率均有降低。
2．種子的萌芽
（1）吸脹 干種子大量吸水，鮮重急劇增加的階段稱為吸脹。種子吸水后，種皮膨脹軟化，種子與外界氣體交換得以進行，同時通過水合作用，原生質(zhì)由不活躍的凝膠狀態(tài)變化為活躍的溶膠狀態(tài)，這就為第二階段的各種轉(zhuǎn)化提供了條件。
（2）鮮重增加的停頓期 從外表看種子表現(xiàn)靜止，沒有變化，但內(nèi)部生理活動極為活躍，進行著種子萌發(fā)最重要的生理過程。
（3）幼根突破種皮 由于根和莖的生長，鮮重再次增加，幼苗出土生長。種子須在一定的外界條件作用下才能萌發(fā)，萌發(fā)所需的條件，主要是水分、氧氣和溫度。
3．播種
將經(jīng)過精選和處理的藥用植物種子，按一定的規(guī)格，播入整地就緒的土壤表層，或在免耕情況下直接播入土中。
（1）露地播種①播種期：根據(jù)不同藥用植物種子發(fā)芽所需溫度條件和生長習性，結(jié)合當?shù)貧夂颍_定各種藥用植物的播種期。一般春播3～4月，秋播9～10月。核果類木本植物如銀杏、核桃等則宜冬播。有些短命種子，宜采后即播，如肉豆蔻、細辛、古柯等。②播種方法：一般分條播、點播、撒播三種。條播：按一定行距在畦面開溝，將種子均勻播入溝內(nèi)，蓋土、踩壓。條播易于中耕、施肥等管理工作。點播：又稱穴播，適用于大粒種子或生長快的苗木，即按一定的行株距在畦面上挖穴，每穴播種子2～4粒，蓋土、踩壓。發(fā)芽后選壯苗，保留一株，其余拔除或移作補苗用，如絲瓜、白扁豆等。撒播：適用于小粒種子，將種子均勻撤在畦面。切忌過密，否則發(fā)芽后幼苗生長不良。撒播后用腐殖土覆蓋，厚度以蓋沒種子為度。此法都在苗床育苗時應(yīng)用，其缺點是不便于管理。③播種深度：所謂播種深度即種子播下后覆土的厚度，應(yīng)依植物的種類和種子的大小而異。凡種子粒小、發(fā)芽率低的應(yīng)淺播；顆粒大、發(fā)芽率高的應(yīng)深播。④播種后管理：主要是指掌握田間的干濕度，尤其是經(jīng)催芽的種子，不耐干旱。澆水時要避免土壤板結(jié)。出苗以后應(yīng)適當控制水分，以便幼苗根系向下伸展。
（2）保護地育苗 有些藥用植物，為了延長生長期，提高產(chǎn)量、質(zhì)量，往往提前在保護地育苗，待田間氣溫上升后定植到大田。目前，常用的育苗設(shè)施有改良陽畦、塑料溫室與玻璃溫室等。①改良陽畦：在拱形覆蓋基礎(chǔ)上，于覆蓋的北側(cè)筑一土墻，骨架一端固定在土墻上，呈半拱形，防寒性能比拱形的塑料棚更好。②塑料大棚與玻璃溫室：有加溫與不加溫兩種。熱源可就地取材，有煤、柴油、汽油或鋪設(shè)熱水管等。近年，工廠化育苗推行電熱線并用控溫儀加溫。由于地溫得到保證，大大縮短了育苗時間。在地熱線上鋪放床土，床土的配比根據(jù)所育幼苗的特性而定，小粒種子如毛地黃、穿心蓮等厚度約1cm；大粒種子可相應(yīng)增加厚度。