從一塊外植體形成典型的愈傷組織，大致要經歷三個時期：起動期、分裂期和形成期。
起動期是指細胞準備進行分裂的時期。用于接種的外植體的細胞，通常都是成熟細胞，處在靜止狀態(tài)。起動期是通過一些刺激因素(如機械損傷、改變光照強度、增加氧等)和激素的誘導作用，使外植體細胞的合成代謝活動加強，迅速進行蛋白質和核酸的合成。機械損傷能誘導植物體細胞開始分裂，如傷口上會出現愈傷組織。在植物組織培養(yǎng)中沿用了愈傷組織這一名詞，但是植物組織培養(yǎng)中誘導外植體細胞分裂形成的愈傷組織，大都不是損傷的結果。外源納?に乩轡鎦識雜盞枷赴??擠至研Ч?芎茫?虼松?に乩轡鎦試謚參鎰櫓?嘌?械玫焦惴河τ茫?Ｓ玫撓?，4-二氯苯氧乙酸、萘乙酸、吲哚乙酸和細胞分裂素等。

分裂期是指外植體細胞經過誘導以后脫分化，不斷分裂、增生子細胞的過程。處于分裂期的愈傷組織的特點是：細胞分裂快，結構疏松，顏色淺而透明。

外植體的脫分化因植物種類、器官來源及其生理狀況的不同而有很大差別。例如，煙草、胡蘿卜等植物的脫分化比較容易，禾本科植物的脫分化比較難；花的脫分化比較容易，莖、葉的脫分化比較難；幼嫩組織的脫分化比較容易，成熟的老組織脫分化比較難。

分化期是指在分裂期的末期，細胞內開始出現一系列形態(tài)和生理上的變化，從而使愈傷組織內產生不同形態(tài)和功能的細胞。這些細胞類型有薄壁細胞、分生細胞、色素細胞、纖維細胞，等等。

外植體的細胞經過起動、分裂和分化等一系列變化，形成了無序結構的愈傷組織。如果在原來的培養(yǎng)基上繼續(xù)培養(yǎng)愈傷組織，會由于培養(yǎng)基中營養(yǎng)不足或有毒代謝物的積累，導致愈傷組織停止生長，甚至老化變黑、死亡。如果要讓愈傷組織繼續(xù)生長增殖，必須定期地(如2～4周)將它們分成小塊，接種到新鮮的培養(yǎng)基上，這樣愈傷組織就可以長期保持旺盛的生長。

經過起動、分裂和分化期產生的愈傷組織，其中雖然發(fā)生了細胞分化，但是并沒有器官發(fā)生。只有滿足某些條件，愈傷組織的細胞才會發(fā)生再分化，產生芽和根，進而發(fā)育成完整植株。愈傷組織的形態(tài)發(fā)生方式主要有不定芽方式和胚狀體方式兩種。不定芽方式是在某些條件下，愈傷組織中的分生細胞發(fā)生分化，形成不同的器官原基，再逐漸形成芽和根。胚狀體方式是由愈傷組織細胞誘導分化出具有胚芽、胚根、胚軸的胚狀結構，進而長成完整植株。這種由愈傷組織中的薄壁細胞不經過有性生殖過程，直接產生類似于胚的結構，叫做胚狀體。

在植物組織培養(yǎng)中，不定芽方式和胚狀體方式是愈傷組織形態(tài)發(fā)生的兩種最常見和最重要的方式。胚狀體方式比不定芽方式有更多的優(yōu)點，如胚狀體產生的數量比不定芽多，胚狀體可以制成人工種子，等等。