1、通過已知基因產物的分析和鑒定
　　這類技術主要通過生物化學和病理學研究分離鑒定有關基因的蛋白產物，并對蛋白質氨基酸順序進行分析，推斷出編碼該蛋白質的基因序列，然后通過抗體、寡聚核苷酸探針或PCR制備的探針對文庫進行篩選來分離目的基因。如植物抗病蟲基因工程中常用的蘇云金桿菌殺蟲晶體蛋白基因（Bt基因）、豇豆胰蛋白酶抑制基因（CpTI基因）、病毒外殼蛋白基因（CP基因）等。當其他植物的同類基因已分離到并且核苷酸序列保守性較高時，也可直接用這些已知的基因片段作探針對未克隆到該基因的植物基因文庫進行篩選，也可分離到未知的新基因。
　　2、通過遺傳表型分析
　　（1）基因標鑒法。該法是利用轉座子或T-DNA插入植物的基因組中引起某一基因失活產生一些突變體，然后用相應轉座子或T-DNA對突變體文庫進行篩選，以選到的陽性克隆片段為探針，再篩選野生型植物因文庫分離目的基因。如將一株帶有功能的轉位因子系統的植物與另一株在遺傳上有差異的同種植物雜交，在雜交后代中篩選由于轉位因子插入到某一特定基因序列中導致表型破壞或改變的突變株，用該純合突變株構建基因文庫，然后將轉位因子用同位素標記作探針，從該文庫中篩選出帶有同源轉位因子的目的基因。該法主要限于二倍體的自花授粉作物如玉米、金魚草等。應用該法已分離出與玉米種子發育有關的Viviparious-1基因及與金魚草花發育有關的一些基因等。
　　（2）激發子的寄主受體基因克隆技術。該技術是利用病菌無毒基因（avrgene）編氳募し⒆佑爰鬧骺共』?蟣嗦氳氖芴逯?浯嬖誆磺綴偷幕プ鞴叵擔?圓≡?し⒆擁鞍孜?咚鞣擲牒涂寺〕鲆恍┘付≈士共』?潁?綬?延胛薅凈?騛vr9對應的抗病基因cf9，與avrPto對應的抗病基因pto；擬南芥菜與avrRPS2對應的抗病基因rpS2等。
　　3、以圖譜為基礎的定位克隆技術
　　以圖譜為基礎的定位克隆技術在分離未知產物的基因方面有廣闊的應用前景。該法的基本前提是基因定位，然后以緊密連鎖的分子標記如RFLP等為起點，通過染色體步移逐步向目標基因靠近，最終克隆基因。其主要步驟包括：（1）將目標基因定位在高密度的分子標記連鎖群上；（2）利用PFGE將連銷標記的遺傳圖譜距轉換成物理距離；（3）構建YAC文庫，找到含連鎖標記的YAC克隆，并通過克隆的排序獲得目標基因的DNA片段；（4）通過轉化和功能互補試驗證實基因所在的DNA片段。如用該技術已分離出番茄抗根結線蟲mi基因和擬南芥菜抗細菌性莖腐病的RPM1基因等。