組織的非特異性染色的機理很復雜，其產生的原因主要可分為以下幾點：
　　（1）一部分熒光素未與蛋白質結合，形成了聚合物和衍化物，而不能被透析除去。
　　（2）抗體以外的血清蛋白與熒光素結合形成熒光素脲蛋白，可與組織成分結合。
　　（3）除去檢查的抗原以外，組織中還可能存在類屬抗原（如Forssman氏抗原），可與組織中特異性抗原以外之之相應抗體結合。
　　（4）從組織中難于提純抗原性物質，所以制備的免疫血清中往往混雜一些抗其他組織成分的抗體，以致容易混淆。
　　（5）抗體分子上標記的熒光素分子太多，這種過量標記的抗體分子帶過多的陰離子，可吸附于正常組織上而呈現非特異性染色。
　　（6）熒光素不純，標本固定不當等。