一．開機(jī)程序
1． 檢查穩(wěn)壓器電源，打開電源，穩(wěn)定5分鐘。
2． 打開儲(chǔ)液箱，倒掉廢液, 并在廢液桶中加入400ml漂白水原液。打開壓力閥，取出鞘液桶，將鞘液桶加至4/5滿（一般可用三蒸水，做分選必須用PBS或FACSFlow），合上壓力閥。確實(shí)蓋緊桶蓋，檢查所有管路是否妥善安置。
3． 將FACSCalibur開關(guān)打開，此時(shí)儀器功能控制鈕的顯示應(yīng)是STANDBY，預(yù)熱5－10分鐘。排出過濾器內(nèi)的氣泡。
4． 如果需要打印，打開打印機(jī)電源。
5． 打開電腦,等待屏幕顯示出標(biāo)準(zhǔn)的蘋果標(biāo)志。
6． 執(zhí)行儀器PRIME功能一次，以排除Flow cell中的氣泡。
7． 分析樣品時(shí)，先用FACAFlow 或PBS進(jìn)行HIGH RUN約2分鐘。
X。做過分選后，每次開機(jī)后需沖洗管道：向分選裝置上裝上兩個(gè)50ml離心管，不接通濃縮系統(tǒng)，摁下右下角白色按鈕開始沖洗。待自動(dòng)停止后接通濃縮裝置，同上法沖洗一次。
二． 預(yù)設(shè)獲取模式文件(Acquisition Template Files)
1． 從蘋果標(biāo)志中選擇CELLQuest見一個(gè)新視窗，可利用此視窗編輯一個(gè)獲取模式文件。
2． 選取屏幕左列繪圖工具中的Dot plot，繪出一個(gè)或多個(gè)Dot Plots（點(diǎn)圖）。從Dot Plot對(duì)話框中選取Acquisition作為圖形資料來源，并確定適當(dāng)?shù)膞軸和y軸參數(shù)。
3． 選取屏幕左列繪圖工具中的Histogram，同上法可繪出Histogram（直方圖）。
4． 將此視窗命名后儲(chǔ)存于FACStation G3\BD Applications \CELLQuest Folder \EXP文件夾中，下次進(jìn)行相同實(shí)驗(yàn)時(shí)可直接調(diào)用。
X. 本計(jì)算機(jī)中已設(shè)定兩個(gè)模式文件：ACQ和EXP，儲(chǔ)存于FACStation G3\BD Applications \CELLQuest \EXP文件夾中，ACQ用于細(xì)胞DNA檢測(cè)，EXP用于細(xì)胞表面標(biāo)志分析。
三． 用CELLQuest進(jìn)行儀器的設(shè)定和調(diào)整
1． 從蘋果畫面中選取CELLQuest，進(jìn)入CELLQuest后在File指令欄中打開合適的獲取模式文件。
2． 從屏幕上方Acquire指令欄中，選取Connect to Cytometer（快捷鍵： ＋B）進(jìn)行電腦和儀器的連機(jī)。將出現(xiàn)的Acquisiton Control對(duì)話框移至合適位置。
3． 從Cytometer指令欄中，開啟Detectors/Amps、Threshold、Compensation、Status等四個(gè)對(duì)話框，并將它們移至屏幕右方，以便獲取數(shù)據(jù)時(shí)隨時(shí)調(diào)整獲取條件。也可以用 1，2，3，4獲得此四個(gè)對(duì)話框。
4． 在Detectors/Amps對(duì)話框中，先為每個(gè)參數(shù)選擇適當(dāng)?shù)谋对瞿Ｊ?amplifier mode)：線性模式Lin或?qū)?shù)模式Log。一般進(jìn)行細(xì)胞表面抗原分析如分析外周血的淋巴細(xì)胞亞群時(shí)，F(xiàn)SC和SSC多以線性模式Lin測(cè)量，且DDM Param選擇FL2，而FL1, FL2與FL3則以對(duì)數(shù)模式Log測(cè)量；分析細(xì)胞DNA含量時(shí)，F(xiàn)SC，SSC，F(xiàn)L1，F(xiàn)L2，F(xiàn)L3皆以Lin進(jìn)行測(cè)量，且DDM Param選擇FL2；分析血小板表型時(shí)，F(xiàn)SC，SSC，F(xiàn)L1，F(xiàn)L2，F(xiàn)L3等均以Log進(jìn)行測(cè)量。
5． 放上待檢測(cè)的樣品，將流式細(xì)胞儀設(shè)定于RUN，流速可在HIGH 或LOW上。
6． 在Acquisiton Control對(duì)話框中，選取Acquire，開始獲取細(xì)胞。在以下的儀器調(diào)整過程中隨時(shí)選取Pause，Restart以觀察調(diào)整效果。未完全調(diào)整好之前不要去掉SETUP前的“3”。
7． 在Detectors/Amps對(duì)話框中，調(diào)整FSC和SSC探測(cè)器中的信號(hào)倍增度：PMT voltages（粗調(diào)）與Amp Gains（細(xì)調(diào)），使樣品信號(hào)出現(xiàn)在FSC-SSC點(diǎn)圖內(nèi),且三群細(xì)胞合理分布。
8． 在Threshold 對(duì)話框中選擇適當(dāng)?shù)膮?shù)設(shè)定Threshold，并調(diào)整Threshold的高低，以減少噪音信號(hào)（細(xì)胞碎片）。一般做細(xì)胞表型時(shí)用FSC－H而做DNA時(shí)用FL2－H。Threshold并不影響檢測(cè)器對(duì)信號(hào)的獲取，但可改善畫面質(zhì)量。
9． 從屏幕左列繪圖工具中選取Region（區(qū)域），并在靶細(xì)胞周圍設(shè)定區(qū)域線，即通常所說的門。圈定合適的細(xì)胞群可使儀器調(diào)整更為容易。
10． 在Detectors/Amps對(duì)話框中，調(diào)整熒光檢測(cè)器（FL1, FL2, FL3, FL4等）的倍增程度。根據(jù)所用的熒光陰性對(duì)照樣品調(diào)整細(xì)胞群，使之分布在正確的區(qū)域內(nèi)。
11． 在Compensation對(duì)話框中，根據(jù)所用的調(diào)補(bǔ)償用標(biāo)準(zhǔn)熒光樣品調(diào)整雙色（或多色）熒光染色所需的熒光補(bǔ)償。比如應(yīng)該為FL1 FL2- 的細(xì)胞群卻分布在FL1＋ FL2＋區(qū)域內(nèi)，則需調(diào)大FL2－？％FL1中的“？”，并從FL1-FL2點(diǎn)圖中觀察新的調(diào)整是否恰當(dāng)
12． 在Status對(duì)話框中可見：Laser Power:正常值—Run/Ready為14.7mW，Standby為5mW；Laser current:正常值為6Amps左右。
13． 調(diào)整好的儀器設(shè)定可在Instrument Settings對(duì)話框中儲(chǔ)存，下次進(jìn)行相同實(shí)驗(yàn)時(shí)可調(diào)出使用，屆時(shí)只需微調(diào)即可。
X. 本計(jì)算機(jī)中已有三個(gè)名叫儲(chǔ)存于FACStation G3 \BD Applications \CELLQuest Folder \IMM-InstrSettings及FACStation G3 \BD Files \Instrument Settings Files \CalibFile和Mast-Cell-Set的參數(shù)文件，前二者可用于分析人白細(xì)胞，后者用于分析小鼠肥大細(xì)胞。
四． 通過預(yù)設(shè)的獲取模式文件進(jìn)行樣品分析
1． 從蘋果標(biāo)志中選擇CELLQUEST，新視窗出現(xiàn)后從File指令欄中選擇Open，打開預(yù)設(shè)的獲取模式文件。
2． 從屏幕上方Acquire指令欄中，選取Connect to Cytometer進(jìn)行電腦和儀器的連機(jī)。將出現(xiàn)的Acquisiton Control對(duì)話框移至合適位置。
3． 從Cytometer指令欄中選取Instrument Settings，在其對(duì)話框中選擇Open以調(diào)出以前存儲(chǔ)的相同實(shí)驗(yàn)的儀器設(shè)定，按Set 確定。
4． 在Acquire指令欄中，選擇Acquisition&Storage決定儲(chǔ)存的細(xì)胞數(shù)，參數(shù)，信號(hào)道數(shù)。其中Resolution在做細(xì)胞表面標(biāo)志時(shí)選擇256，做DNA時(shí)選擇1024。Parameter Saved…則根據(jù)不同的檢測(cè)對(duì)象選擇不同的參數(shù)。
5． 在Acquire指令欄中，選擇Parameter Description，以決定文件存儲(chǔ)位置(folder)，文件名稱(file)，樣品代號(hào)以及各種參數(shù)的標(biāo)記(panel)，即安排tube1，2，3…的檢測(cè)參數(shù)。一般本儀器獲取的數(shù)據(jù)按照檢測(cè)對(duì)象的不同分別儲(chǔ)存于FACStation G3\BD Applications \CELLQuest \IMM 和DNA 文件夾中。文件根據(jù)日期命名。
6． 在Cytometer指令欄中，選擇Counters，將此對(duì)話框移至合適位置，以便于隨時(shí)觀察events計(jì)數(shù)。
7． 將樣品試管放至檢測(cè)區(qū)，在Acquire Control對(duì)話框中選取Acquire以啟動(dòng)樣品分析測(cè)定。
8． 微調(diào)儀器設(shè)定，待細(xì)胞群分布合適后選擇Acquire Control對(duì)話框中Pause, Abort, 去除Setup前的“3”，開始正式獲取信號(hào)，存儲(chǔ)數(shù)據(jù)。
9． 當(dāng)一定數(shù)目的細(xì)胞被測(cè)定后，獲取會(huì)自動(dòng)停止，并會(huì)自動(dòng)存儲(chǔ)數(shù)據(jù)。重復(fù)步驟7，繼續(xù)分析下一個(gè)樣品，直到所有的樣品數(shù)據(jù)分析完畢。
X. 當(dāng)所有樣品分析分析完畢，即換上三蒸水，并將流式細(xì)胞儀置于“STANDBY”狀態(tài)，以保護(hù)激光管。
五． 關(guān)機(jī)程序：
1． 從File中選擇Quit, 退出軟件，選擇Don’t Save至蘋果屏幕。
2． 用4ml 1：10稀釋的漂白水作樣品，將樣品置于旁位（vacuum is on），以外管吸去約2ml，在將樣品架置于中位（vacuum is off），再HIGH RUN 5分鐘（內(nèi)管吸去2ml）。
3． 改用三蒸水4ml作樣品,同上處理。
4． 按Prime三次。
5． 此時(shí)儀器自動(dòng)轉(zhuǎn)為STANDBY狀態(tài)，換2ml三蒸水。必須在儀器處于“STANDBY”狀態(tài) 10分鐘后再依次關(guān)掉計(jì)算機(jī)、打印機(jī)、主機(jī)、穩(wěn)壓電源，以延長(zhǎng)激光管壽命，并確保應(yīng)用軟件的正常運(yùn)行。
6． 填寫使用登記表。