咖啡豆是咖啡果實內的種子，將咖啡果實放在強烈陽光下曝曬，直到外殼破裂才取出種子，這種方法稱為“非水洗式”或“自然干燥式”。另一種方法是將咖啡果實放在水槽閃，泡水軟化再除去果肉的“水洗式”。

水洗式的精制過程是將收獲的咖啡果實被入水槽內，浸泡24--48小時。這樣只有成熟的果實會下沉，而未成熟的果實會浮在水面上，這樣便可挑選出成熟的果實。之后放入果肉去除機中，去除外皮與果肉，只留種子，接著將這些種子放入發酵槽中半天至一天的時間，如此殘余在種子上的果肉殘渣即會因發酵而掉落。最后用水洗凈，經日光曬干，用脫殼機去除種皮即成。

中南美等生產國家，都是在有豐富水源與精良設備的農園內處理這項程序。由于泡在水槽里發酵的過程中，無法避免酸味的產生，有時亦會攙入其他雜味。但這種制法雜物較少，并可挑出未成熟的咖啡豆，故外觀及品質上皆較優良。

非水洗式又稱為自然干燥式，是將咖啡果實攤在陽光下，經充分干燥后，送入脫殼機內去除果肉及銀皮，以獲得咖啡豆。非水洗式的作業程序比較單純，只要程序管理完善，即可獲得成熟及品質優良的咖啡豆，但是這種方式容易受氣候影響。且不完全豆的混入比例甚高。此外，利用此種方法處理的咖啡豆，飲用時常帶有一股泥土的味道，而且不適合長期保存。埃塞俄比亞、也門，及巴西產的絕大部分咖啡豆，以及多數的羅巴斯塔種咖啡豆，皆采用此一方法精制。