實行食品質量安全市場準入制度有3項基本原則：
    （1）堅持事先保證和事后監督相結合的原則。為確保食品質量安全，必須從保證食品質量的生產必備條件抓起，因此要實行生產許可制度，對企業生產條件進行審查，不具備基本條件的不發生產許可證，不準進行生產。但只把住這一關還不能保證進入市場的都是合格產品，還需要有一系列的事后監督措施，包括施行強制檢驗制度、合格產品標識制度、許可證年審制度以及日常的監督檢查，對違反規定的還要依法處罰。概括的說，要保證食品質量安全，事先保證和事后監督缺一不可，二者要有機結合。
    （2）實行分類管理、分步實施的原則。食品的種類繁多，對人身安全的危害高低不同，同時對所有食品都采取一種模式管理，是不科學的，不必要的，還會降低行政效率。因此，有必要按照食品的安全要求程度、生產量的大小、與老百姓生活相關程度，以及目前存在問題的嚴重程度，分別輕重緩急，實行分類分級管理，由國家質檢總局分批確定并公布實施生產許可證的產品目錄，逐步加以推進。
    （3）實行國家質檢總局統一領導，省局負責組織實施，市局、縣局承擔具體工作的組織管理原則。鑒于我國食品生產的量大面廣、規模相差懸殊以及各地質量技術監督部門裝備、能力水平參差不齊的實際狀況，推行食品質量安全市場準入制度采取統一管理、省局統一組織的管理模式。國家質檢總局負責組織、指導、監督全國食品質量安全市場準入制度的實施；省級質量技術監督部門按照國家質檢總局的有關規定，負責組織實施本行政區域內的食品質量安全監督管理工作。市（地）級和縣級質量技術監督部門主要承擔具體的實施工作。