危害識別步驟涉及確定一種健康危害是或者可能是與食品中的生物學(xué)、化學(xué)或物理學(xué)因素有聯(lián)系的。該步驟一般依靠篩查方法和長、短期細(xì)胞或者動物試驗。試驗系統(tǒng)包括定量的結(jié)構(gòu)-活性關(guān)系、短期生物學(xué)測試和動物試驗。該步驟產(chǎn)生的可能結(jié)果是：就所研究的因子被認(rèn)為是或不是一種對人體健康的危害因素。其不確定性包括對因子的正確分類（如它是或者不是一種對人體健康的危害）和對該因子進(jìn)行分類時測試的質(zhì)量。如果某因子在評價中經(jīng)多次測試，它被認(rèn)定為陽性或者陰性，則具有一定程度的測試精確度。例如，用Ames細(xì)菌回變試驗確定一種化學(xué)物是否具有致突變性。用此方法檢測化學(xué)物的不確定性，在于此試驗是否確實能夠預(yù)測在獲得陽性結(jié)果時就意味著能在人體產(chǎn)生腫瘤。測試的操作涉及用相同的化學(xué)物重復(fù)檢測或用不同的測試系統(tǒng)分析結(jié)果是否相同。