細菌病原體的風險分析是獨特的難題。任何評估食源性細菌危害風險的方法，都將因生長、加工、貯藏和消費前食品制備的方法等因素而復雜化。它們可以因為文化和地域的不同而發生很大的變化。這些因素對給定的食品進行變量設置(scenario set)，是細菌危害風險評估中的基本要素。許多情況下缺乏足夠的數據來進行致病性細菌的定量風險評估。
致病性細菌危害風險評估包括如下四個步驟（亦適用于食品中的化學成分危害的風險評估）：
· 危害識別；
· 危害描述；
· 暴露評估；和
· 風險描述。
風險評估的最后結論是在考慮評估結果的基礎上做出的。
1.1危害識別（hazard identification）
所謂“危害”，即食品中潛在的對人體健康造成不良效應的生物學、化學或物理性的因子或條件。識別可能對人體健康造成不良作用的、可能存在于某種或某一類特定食品中的生物學、化學或物理性的因子的過程即“危害識別”。
在大部分情況下，由食品毒理學家、微生物學家、醫生或其他專業人士等負責對危害進行識別。
一旦食品安全問題被識別，在危害識別步驟中的決策程序和確定決策人的“理想模式”，將由該問題的風險評價（risk evaluation）開始。在風險評價后，可以開始風險評估。其出發點將是包含在風險概述(risk profile)內的可靠文件。
已知引起食源性疾病的細菌性因子是通過流行病學及其它資料使細菌及其來源與疾病聯系在一起而被識別的。但是，僅有少量的發病得到充分的調查，很可能食品中還有許多細菌病原體有待識別。
危害識別的局限性包括：1）發病調查過程中開支的費用和困難；2）缺乏可靠或完整的流行病學資料；和3）無法分離和描述新的病原體。
危害識別可以包括如下幾個方面。
1.1.1對致病性細菌的生長環境特點（包括宿主）的說明
致病性細菌無處不在，分布于：空氣、土壤、淡水和鹽水，動物和人類的皮膚、毛發，動物和人類的消化道以及植物組織中。
致病性細菌包括芽孢形成細菌：如肉毒梭狀芽孢桿菌、產氣莢膜梭狀芽孢桿菌和蠟樣芽孢桿菌等；非芽孢形成細菌：如沙門氏菌、致病性大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、霍亂弧菌（V.cholerae）和單核增生細胞李斯特氏菌(L.monocytogenes)等。
由于細菌分為嗜冷性、嗜溫性和嗜熱性三類，所以，它們的生長溫度環境特點也分為三類，即較為低溫的環境、中溫的環境和相對高溫的環境。例如常見于北極和較冷氣候地區的嗜冷性細菌，如肉毒梭菌、單增李氏菌等；寄生于恒溫動物體內的嗜溫性細菌，如沙門氏菌、志賀氏菌、大腸桿菌和金葡菌等；生長于熱帶濱海和港灣溫暖水域中的嗜熱性細菌，如霍亂弧菌、副溶血性弧菌、其它弧菌、嗜水氣單胞菌(和類志賀氏鄰單胞菌(等。當然，致病性細菌的生長溫度環境不是絕對的，沙門氏菌不僅常存在于動物、特別是禽類和豬體內，在水、土壤、昆蟲中，以及工廠和廚房設施的表面都已經發現該類細菌；它們還可以存在于多類食品中，包括生肉、禽肉、乳制品、蛋品、魚、蝦和田雞腿，酵母、椰子，醬油和沙拉調料，蛋糕粉、奶油夾心甜點、糕點配料，干明膠、花生露、橙汁、可可和巧克力中。芽孢形成細菌由于能在一定情況下轉變為能夠抵抗外界不良環境條件的芽孢，所以，它們所能耐受的溫度環境范圍更大。
除了生長溫度環境外，環境的酸堿度（pH）、水分活度（Aw）、滲透壓和氣體狀態，都能夠影響致病性細菌的生長、繁殖和產生毒素（見于部分產毒性致病菌）。
對于宿主的說明，可以下列對致病性空腸彎曲桿菌的說明為例：
致病性空腸彎曲桿菌的主要宿主是野生和家養哺乳動物以及鳥類的消化管道。空腸彎曲桿菌通常在烤雞、牛、豬、綿羊、野生動物和鳥類以及在狗中發現(Anon. 2001a)。其它調查表明，健康的小動物和小貓(Hald & Madsen, 1997)，嚙齒動物(Cabrita et al., 1992; Berndtson, 1996)，甲蟲(Jacobs-Reitsma et al., 1995)，以及家蠅(Rosef & Kapperud, 1983; Berndtson, 1996)也可以攜帶空腸彎曲桿菌。空腸彎曲桿菌（C. jejuni）和大腸彎曲桿菌（C. coli）似乎有一個很好的宿主。C. jejuni天然地與家禽有關 (Tauxe, 1992; Anon., 1998a; 1999; 2001a; Nadeau et al., 2001)，但是也已經從牛、綿羊、山羊、狗和貓中分離出 (Nielsen et al., 1997; Anon., 1999)。C. coli天然地在豬中被發現(Rosef et al., 1983; Nielsen et al., 1997)，但是也已經從家禽、牛和綿羊中分離出(Anon., 1999)。在一個挪威的調查中，100%被檢查的豬只被C.coli感染 (Rosef et al., 1983)。在一個丹麥對來自600頭豬的糞便調查中，94.7%的動物被C.coli感染，0.3%被C.jejuni感染(Sørensen & Christensen, 1996)。水也是空腸彎曲桿菌（生存）生態的一個重要部分。空腸彎曲桿菌已經從表面水、河流和湖泊中以高達大約50%的流行率被分離(Bolton et al.,1987; Carter et al., 1987; Brennhovd et al., 1992; Arvanitidou et al., 1995)。此外，45%來自游泳海灘的沙樣含有空腸彎曲桿菌(Bolton et al., 1999a)。這意味著空腸彎曲桿菌可能存在于未經處理的飲用水和洗澡水中。通過污水和來自野生動物及鳥類的糞便，空腸彎曲桿菌被引進水中。水中空腸彎曲桿菌的分離率，在寒冷的冬季是最高的(Carter et al., 1987; Brennhovd et al., 1992)。這可以用在低溫時空腸彎曲桿菌較高的生存率來解釋。情況已經表明，水中的C. jejuni在4°C時能夠生存一周至超過四周，而在25°C時，該細菌只能生存4天(Blaser et al., 1980)。另外的研究已經表明，當生長減緩、濾過除菌的流水被保持在4°C持續四個月時，C. jejuni 都可以保持再生能力。在25°C 和 37°C 時，該細菌分別在28天和10天內，就變得不可培養(Rollins and Colwell, 1986)。暴露在白晝中的變化，也可能有助于在冬季的高分離率和在夏季的低分離率。在海水中，已經發現空腸彎曲桿菌能在黑暗中生存24小時，以及在白晝中能夠生存30～60分鐘 (Jones et al., 1990)。在水中和其它具有次理想生長條件的環境中，空腸彎曲桿菌可能轉變為一種“活的非可培養狀態”（ ‘viable but non-culturable state’）。對這種空腸彎曲桿菌在傳染給動物和人過程中的“狀態”的重要性，意見并不一致。問題是這種“活的非可培養狀態”的微生物是否仍然是致命的，或是否它們在經過一個宿主后，能逆轉為一個可培養的、致命的狀態。在一些研究中，“活的非可培養狀態”的空腸彎曲桿菌，已經表明在通過諸如雞(Stern et al., 1994)、小鼠(Jones et al., 1991a)、老鼠(Saha et al., 1991)以及胚胎卵(Cappelier et al.,1999)后，恢復為可培養性。在其它的研究中，不能證明“活的非可培養狀態”的空腸彎曲桿菌能夠恢復其可培養性(Beumer et al., 1992; Medema et al., 1992; Boucher et al., 1994; Fearnley et al., 1996; Korsak & Popowski, 1997)。“活的非可培養狀態”的空腸彎曲桿菌對人類健康可能的影響，在目前的風險評估中并未被涉及，因為它們在食品鏈中的作用仍然未知。
1.1.2對致病性細菌的生物學特性的說明
致病性細菌通常是革蘭氏染色陰性或陽性，無芽孢或有芽孢，有鞭毛或無鞭毛，動力試驗呈陽性或陰性；生長的pH范圍可從2.5～9.6，最適宜的生長酸堿度范圍通常是恒溫動物體液的中性pH；最適 宜的生長溫度范圍通常是恒溫動物體溫的范圍（36℃～42℃）。
革蘭氏陰性致病性細菌以腸出血性大腸桿菌（EHEC，0157:H7是其代表）為例。它的生物學特性是：革蘭氏染色陰性，無芽孢，有鞭毛，動力試驗呈陽性；其鞭毛抗原可丟失，動力試驗則為陰性，即O157:NM；具有較強的耐酸性，pH2.5～3.0、37℃可耐受5小時；耐低溫，能在冰箱內長期生存；在自然界的水中可存活數周至數月；不耐熱，75℃、1分鐘即被滅活；對氯敏感，可被1mg/L的氯濃度殺滅；EHEC的最適宜生長溫度為33～42℃,37℃繁殖迅速，44～45℃生長不良，45.5℃停止生長。
革蘭氏陽性致病性細菌以金黃色葡萄球菌為例。它的生物學特性是：大多數無莢膜，革蘭氏染色陽性，無芽孢，無鞭毛，動力試驗呈陰性；需氧或兼性厭氧；最適生長溫度37℃；最適生長pH7.4；具有高度耐鹽性，生長的Aw范圍最低可達0.82；可分解主要的糖類，產酸不產氣；許多菌株可分解精氨酸，水解尿素，還原硝酸鹽，液化明膠；對磺胺類藥物敏感性低，但對青霉素、紅霉素高度敏感。
1.1.3對致病性細菌流行病學的說明
對致病性細菌流行病學的描述就是對不同國家（環境）中致病性細菌與人類細菌性食物中毒的關系，以及這種關系差異的描述。
在人類共同生存的地球上，世界各國由于環境差異、飲食習慣、食品種類、食品加工方法、食品運輸及貯存條件和個人衛生習慣等的不同，因而所引起的細菌性食物中毒的情況，也有較大的差別。例如，在日本所發生的食物中毒和在英國所發生的食物中毒就有明顯的差別。在日本發生的食物中毒中，以細菌性食物中毒為最多，其次是天然毒素；在細菌性食物中毒中，又以副溶血性弧菌和葡萄球菌造成的食物中毒為最多。英國的細菌性食物中毒，以沙門氏菌食物中毒為最多，其中特別是鼠傷寒沙門氏菌的發病數約占1/2，其次是產氣莢膜梭菌。在美國，細菌性食物中毒的首位是葡萄球菌食物中毒，其次是沙門氏菌。然而，近年來在許多國家，彎曲桿菌在引起食物中毒方面的重要性甚至超過了沙門氏菌。例如，1997年西班牙、瑞典、荷蘭、蘇格蘭、北愛爾蘭、英國和威爾士的彎曲桿菌的發病率超過了沙門氏菌。在1999年，彎曲桿菌屬成為所有北歐國家引起人類食源性感染記錄最多的原因。通常，所報道的病例僅反映了人類的彎曲桿菌屬感染得到實驗室確認的部分，而事實上感染的真實比率比被報道的病例要高10～100倍。在我國，據上個世紀八十年代后期統計，在食物中毒病因方面，微生物性食物中毒中，以沙門氏菌食物中毒為最多，占14.41%，變形桿菌食物中毒占7.34%,葡萄球菌食物中毒占6.48%,副溶血性弧菌食物中毒占4.5%,蠟樣芽孢桿菌食物中毒占3.80%。近年來，盡管我國在食品安全方面做了大量工作，但是，食品安全問題，特別是微生物引起的食品安全問題仍然相當嚴重。據衛生部資料，每年向衛生部上報的數千人食物中毒事件中，除意外事故外，大部分均是由致病性微生物、特別是致病性細菌引起的。例如， 1999年在寧夏發生的沙門氏菌污染肉品引起的食物中毒暴發，發病人數上千人；2001年在江蘇、安徽等地暴發的腸出血性大腸桿菌O157:H7食物中毒，造成177人死亡，中毒人數超過2萬人。我國細菌性食物中毒事件中常見的重要致病菌和食品為：沙門氏菌（禽、畜肉）、副溶血性弧菌（水產品）、蠟樣芽孢桿菌和金黃色葡萄球菌（剩飯）、肉毒梭菌（發酵制品、肉制品）、單增李斯特氏菌（乳制品）、椰酵假單胞菌（銀耳）和大腸桿菌O157:H7（肉制品）等。根據WHO估計，發達國家食源性疾病的漏報率在90%以上，而發展中國家則為95%以上。以此推論，我國目前所掌握的食物中毒數據僅為我國實際發生的食源性疾病的“冰山一角”。
之所以不同國家（環境）中占首位的細菌性食物中毒是由不同的致病性細菌引起的，均與不同國家（環境）的環境差異、飲食習慣、食品種類、食品加工方法、食品運輸及貯存條件和個人衛生習慣等的因素不同有關。所以，在不同國家（環境）中致病性細菌的風險因素也具有很大的差別。
1.1.4對不同國家（環境）中致病性細菌風險因素的說明
在環境差異、飲食習慣、食品種類、食品加工方法、食品運輸和貯存條件以及個人衛生習慣等各個方面，與致病性細菌風險因素密切相關的主要是環境差異、飲食習慣、食品種類和食品加工方法；當然，食品運輸和貯存條件以及個人衛生習慣等方面的因素不能排除。
以環境差異為例。肉毒梭菌按照肉毒毒素的抗原特異性，分為A～G七個型別。引起人類肉毒中毒的主要是A、B和E三個型。對于E型而言，調查表明全世界E型肉毒中毒基本上都發生在北緯約40°以北的北半球沿海地區和內陸高原、平原地區。如在美國，E型中毒發生在阿拉斯加州的最多；我國的青海、西藏、新疆、黑龍江、吉林和山東等地都是E型肉毒中毒的高發區；在日本和加拿大，E型肉毒中毒占大多數。波羅地海、加拿大圣勞倫斯灣的調查表明，E型菌及其芽孢適應于深水的低溫，并可因海洋生物（魚、海豹）的遷移和潮汛及水流的沖擊而擴散。E型菌在海洋地區的廣泛分布，也就形成了生態學上E型菌與海洋之間具有幾乎不可分割的聯系這樣的觀念。而A型和B型菌的芽孢則在世界各大洲幾乎到處都能檢出，世界各地也幾乎都有A型和B型肉毒中毒發生的報道，而其它各型肉毒中毒卻似乎具有一定的地域局限性。但即便如此，A型和B型仍然具有它們的地域局限性。例如在美國，就全國而言，A型發病的起數居多，但A型在加利福尼亞州發生的最多，B型在紐約州發生的最多。
次以飲食習慣為例。根據日本的統計，在細菌性食物中毒中，副溶血性弧菌食物中毒約占半數或半數以上。這其中有兩個原因，或曰風險因素：首先是日本人喜食海產品。副溶血性弧菌是一種致病性嗜鹽菌，是分布極廣的海洋細菌，夏季海水及海產食品中常帶有此菌，在沿海地區發病率很高。本菌的首次發現是1950年在日本大阪從一起沙丁魚中毒的死者腸內容物中分離出來的。同樣，在我國也有類似的情況。在我國部分地區、特別是沿海地區食物中毒的報告中，副溶血性弧菌食物中毒也占首位。由于衛生條件和預防措施的改進，本菌引起的食物中毒事件雖然已有所減少，但在夏季細菌性食物中毒中，依然占有重要地位，且中毒原因多數與海產品有關。其次是日本人喜食生的海產品。副溶血性弧菌食物中毒的發生時間與其它細菌性食物中毒大體相似，具有季節性的特點。僅就日本每月發病情況看，1～4月極少發生，從5月開始增多，6～7月迅速增加，8～9月發生最多，10月即顯著減少，11～12月極少發生。如果在夏季人們食用了受污染且未經很好處理的生的海產品，發生食物中毒的機會就很大。從日本的調查資料看，健康人的帶菌情況也主要是在夏季。
再以食品種類和食品加工方法為例。前述全世界E型肉毒中毒基本上都發生在北緯約40°以北的北半球沿海地區和內陸高原、平原地區。在這些地區的媒介食品主要是獸肉、禽肉的貯藏加工食品，魚制食品等動物性媒介食品。例如在日本，E型肉毒中毒的媒介食品絕大部分是家庭自制的魚和米飯混合發酵而成的一種特殊風味的食品——魚飯（izushi）；我國青藏高原上發生的E型肉毒中毒是因生食腐爛的冬藏牛羊肉而發生的；而我國其它高緯度地區發生的肉毒中毒的媒介食品較為獨特，主要是豆谷類的發酵食品，如臭豆腐、豆瓣醬、豆豉、“米松乎乎”（新疆察布查爾縣居民愛吃的一種面醬中間發酵產物）等，而首次于1958年確定的我國的肉毒中毒，就是在新疆發生多年的所謂的“察布查爾病”。在這些地區，不論國內外，都是生食或不經再加熱而直接食用媒介食品時引起肉毒中毒的。國內外肉毒中毒病例相同的另一特點，就是媒介食品大部分都是家庭自制的。肉毒梭菌芽孢的抗熱性極強，在家庭自制食品過程中，有些食品盡管在制作過程中其原料經過蒸煮加熱，但芽孢往往不能被殺死；而且還有許多自制食品在制作過程中根本不經加熱處理，原料或容器上污染的芽孢得以存活下來。在條件適宜時，這些芽孢就可能在食品中發芽、生長、繁殖并產生肉毒毒素，進而導致食用該食品人們的肉毒中毒。
與食品有關的風險因素的說明可以下列陳述為例：
在幾個案例控制研究中，已對與可能的風險因素有關的人類彎曲桿菌病個案作了調查 (Norkrans & Svedheim，1982；Hopkins et al.，1984；Oosterom et al.，1984； Harris et al.，1986； Deming et al.， 1987； Brieseman，1990；Southern et al.，1990；Lighton et al.，1991；Kapperud et al.， 1992； Saeed et al.，1993；Schorr et al., 1994；Adak et al.， 1995；Neal & Slack，1997；Friedman et al.， 2000b；Effler et al.， 2001； Neimann，2001)。按照一個可變的案例百分比，大部分的研究已經將處理的生禽和食用的禽制品識別為重要的風險因素。其它與已經被反復識別的風險因素有關的食品，包括其它消費的肉類型、未被烹調的或被燒烤的野餐肉、生的海產品、喝未經處理的表層水或未加以巴氏滅菌的奶或乳制品。在美國、新西蘭和夏威夷，食用在家庭外（餐館）煮的肉，已經被識別為是一個風險因素(Brieseman, 1990; Friedman et al., 2000b; Effler et al., 2001)。
與人類彎曲桿菌病個案有關的其它食品，是被污染的貝類(Griffin et al., 1983; Harris et al., 1986)以及被污染的黃瓜(Kirk et al., 1997)。生雞肉對制備食品的交叉污染，也已經被識別為一個風險因素。Harris et al. (1986) 觀察到一個在感染和不用肥皂清洗廚房案板之間的聯系。通常被聯系到彎曲桿菌病爆發的主要的風險因素是，消費未經巴氏滅菌的奶、以特殊禽類制作的食品（foods – in particular poultry）、未經處理的表層水，以及被污染的公共和私人的水供給(Finch & Blake，1985；Peabody et al.，1997；Engberg et al.，1998；Neimann，2001)。爆發和個案似乎有不同的流行病學特征。例如，個案似乎在夏季達到頂峰，而爆發（基于在美國的爆發）似乎在5月和10月達到頂點(Tauxe, 1992)。
其它風險因素的說明可以下列陳述為例：
其它已經被識別的風險因素是旅行、接觸寵物和農田動物，以及在自然界中的娛樂活動。出國旅行期間的暴露，在北歐國家似乎是一個普通的人類彎曲桿菌病的風險因素。在丹麥和英國，出國旅行估計已經占所報道病例的10-25% (Cowden, 1992; Neal & Slack, 1995; Mølbak et al.,1999)。在瑞典和挪威，這個估計的百分比是40-60% (Kapperud & Aasen, 1992;Berndtson, 1996)。對于地中海國家和亞洲，彎曲桿菌病主要與旅行有關(Kapperud, 1994;Mølbak et al., 1999; Neimann, 2001)。幾個調查已經指出與寵物、特定的像小貓和小狗這樣的幼小寵物的接觸，應作為一種增加被Campylobacter spp.獲得性感染的具有風險的行為(Blaser et al., 1978; Hopkins et al., 1984; Deming et al., 1987; Brieseman, 1990; Kapperud, 1994; Adak et al., 1995; Neimann, 2001)。Hald & Madsen (1997)發現29%的健康小狗經檢查攜帶具有76% C. jejuni、5% C. coli和19% 烏普薩拉彎曲桿菌（C. upsaliensis）的Campylobacter spp。42只被檢查的健康小貓只有5%排泄Campylobacter upsaliensis。一個在新西蘭實施的研究提示，與活動物接觸的鄉村居民，確實增加了人類彎曲桿菌病的風險(Brieseman,1985)。Saeed et al. (1993) 卻發現這并不增加與接觸各種動物相關的空腸彎曲桿菌腸炎的風險。然而，暴露于腹瀉動物與一個四倍增加人類彎曲桿菌病的風險相關。此外，Brieseman (1990),Skirrow (1987) 和Kist & Rossner (1985)描述了農村人口較高于城市人口的一個彎曲桿菌病的發生率。與之形成對照的是，Adak et al. (1995)證明，與牲畜或它們的糞便職業性的接觸，與減少感染Campylobacter spp.的風險呈相關關系。另外的調查已經顯示，在城市人口中間比在農村人口中一個較高的發生率(Kapperud & Aasen, 1992)。丹麥的結果(Neimann, 2001)并不表明，對于在農田水平處理生產動物的人們，會增加獲得性彎曲桿菌病的風險。作為一個在環境中和在特定未經處理水中Campylobacter spp.存在的結果，發生在自然環境中類似露營、徒步旅行和游泳這樣的娛樂活動，都能造成Campylobacter spp.獲得性感染的風險。在一個由Adak et al. (1995)實施的個案－控制研究中發現，在參與娛樂活動時，攝入未經處理的水與增加獲得性彎曲桿菌病的風險相關，這一點也在早期Hopkins et al. (1984) 和Skirrow(1987)的研究中被提示。在挪威，發現來自溪流和湖中的96份水樣中的42份，Campylobacter spp.呈陽性。種的分布是C. jejuni 71.7%, C. coli 21.7%, 紅嘴鷗彎曲桿菌（C. lari） 3.3%和非典型種占3.3%，表明源自污水，且從曠野流出(Brennhovd, 1991)。就從浴場海灘海水和沙子中發現Campylobacter spp.的研究表明，游泳也能導致風險。沿著Tel Aviv海岸，在每100 mL海水和每g沙子中，可分離出數量級范圍是2-13 cfu和13-20 cfu的C. jejuni (Ghinsberg et al.,1994)。在英國，采用非EEC游泳水質指導標準，從來自海灘的92份沙子的46份中分離出Campylobacter spp.，以及采用EEC標準，從來自海灘的90份沙樣中的36份分離出Campylobacter spp.。此外，C. jejuni 和C. coli 被頻繁地從不符合EEC標準的海灘沙子中分離出(Bolton et al., 1999a)。
1.2危害描述（hazard characterization）
對食品中可能存在的生物、化學和物理性因子對人體健康和環境產生不良效果的定性和/或定量評價即“危害描述”。在進行危害描述時，對化學因子應進行劑量-反應評估。對生物或物理性因子，如數據可得到時，也應進行劑量-反應評估。
危害描述的目的是對食品中病原體的存在所產生不良作用的嚴重性和持續時間進行定性或定量的評價。劑量－反應資料在描述產毒的致病性細菌時是有用的。但是，在描述致病性細菌的侵染菌株的危害時，這樣的資料可能基本上是無用的。許多食源性致病性細菌的劑量－反應資料很有限，或者根本不存在。在此基礎上的劑量－反應評估資料難以得到，以及也可能由于多種原因而不準確；這些原因如：
（1） 致病性細菌的宿主敏感性差異極大；
（2） 同一種特定病原體的感染率變化很大；
（3） 同一種病原體的不同種的毒力差異極大；
（4） 由于頻繁的突變，導致致病性發生遺傳學方面的變化；
（5） 食品中或消化系統中的其它細菌的拮抗作用可能影響致病性；以及
（6） 食品可以調節細菌感染和/或在其它方面影響宿主的能力。
“危害描述”可以包括如下幾個方面。
1.2.1對致病性細菌特性的影響和相關食品成分影響的說明
致病性細菌的特性影響包括傳染性的影響，關于這種微生物引起感染和疾病能力的毒力和致病性的影響；一個致病性細菌感染獲得性的宿主特性，包括其易感性、性別、環境因素、遺傳、潛在疾病和協同治療等。食品成分的影響也應當被提到。
1.2.1.1致病性細菌的傳染性、毒力和致病性
不同致病性細菌的傳染性有較大的差異。傳染性越大的細菌，其傳染源也越廣。例如，沙門氏菌的2，000多個菌型中，許多具有宿主選擇性，像豬霍亂沙門氏菌、病牛沙門氏菌、斯坦利沙門氏菌和都柏林沙門氏菌。但是，這些沙門氏菌的傳染性相對較弱，其傳染源也較窄。與宿主選擇性的沙門氏菌不同，鼠傷寒沙門氏菌可以使各種動物受到感染，故其傳染源非常廣泛。
致病性細菌的毒力和致病性密切相關；致病性細菌的毒力通常是由它們所產生的內毒素或外毒素引起的。產生內毒素的致病性細菌即前述的、可造成所謂“食源性感染”的細菌，如腸出血性大腸桿菌O157:H7；產生外毒素的致病性細菌即前述的、可造成所謂“食源性中毒”的細菌，如金黃色葡萄球菌。
O157:H7可以產生內毒素，即對非洲綠猴腎細胞（Vero細胞）具有細胞毒性作用的Vero毒素。0157:H7感染有其特殊之處。對健康人而言，通常感染性食物中毒的發病菌量是大于105～107個，但0157:H7小于103個菌量即足以導致發病，甚至不到100個菌即可發病。0157:H7以及其它的EHEC，因它們所產生的Vero毒素能吸附在人體腸上皮內皮細胞和腎細胞上而導致腹瀉，出血性腸炎，溶血性尿毒綜合征（HUS），血栓形成性血小板減少性紫癜（TTP：即血管內皮細胞受損，血小板滲出，而后紅細胞滲出，形成血管外血栓）等。經過3～9天的潛伏期后，EHEC中毒的第一個癥狀是嚴重的痙攣性腹痛，并伴有水樣腹瀉，然后很快出現類似胃腸道出血的便血，即出血性結腸炎，有時出現嘔吐，或有低燒。死亡往往是并發癥造成的，如HUS。HUS是兒童急性腎衰竭最普通的原因之一。這種病人的臨床癥狀還表現為血小板減少性微血管病性溶血性貧血（獲得性溶血性貧血），病人可能出現心衰、昏迷、肝炎和高血壓腦病等失調，其中3～5%可能死亡。TTP類似于HUS，但發熱和嚴重的中樞神經系統失調較明顯，最終可導致死亡。此外，嬰兒猝死綜合征（SIDS）和豬的水腫病（ED）也可能與EHEC的致病性有關。
金黃色葡萄球菌產生的是外毒素，它的病理作用就是由這種外毒素——金黃色葡萄球菌腸毒素（SET）造成的。SET的特點是對熱具有抵抗性，巴氏滅菌不能破壞食品中的SET，即使煮沸30分鐘也不能完全破壞其毒性，甚至在經過熱處理的罐頭中仍然可以含有腸毒素。所以，在進食了被金葡菌污染，并生成了SET的食品后，癥狀將在1～6小時內發作，平均是2～3小時。毒素量大或病人易感性強，則潛伏期短。SET可能促使腸道中原有微生物菌群的內毒素發生作用，也可能是經過腸上皮組織與SET之間的相互作用而產生的毒性產物所引起的內毒素樣反應。第一個癥狀經常是惡心，接著是作嘔或嘔吐，腹部痙攣及腹瀉等。重癥患者有時嘔血、便血，甚至虛脫、休克。中度病人時有頭疼、抽搐、出汗等。大多數病人體溫低于正常，個別可能發燒。一般在24～72小時內恢復正常，偶爾也有死亡病例，或恢復較慢，身體無力達一周之久。
1.2.1.2致病性細菌的感染獲得性宿主和媒介物特性
必須在危害描述中說明致病性細菌的感染獲得性宿主，或曰易感性人群及其特點。例如，可以這樣描述：
危險人群時常包括老年人、孩子甚至強壯的中青年人。一般來說，強壯的中青年人癥狀在發病的2～9天后消失。某些危險人群（老人和兒童），會有2～7%的患者出現并發癥，這才是真正的危險所在。
同時必須在危害描述中說明相關的媒介物及其特性。例如可以這樣描述：
攜帶彎曲桿菌屬細菌的媒介物對疾病的發展有重要的作用。在一個自愿者的進食實驗中，通過碳酸氫鹽給予微生物的志愿者的發病率高于通過牛奶給予微生物者的發病率。這可以用胃酸的屏障效應即當彎曲桿菌屬細菌與一種起緩沖作用的媒介物一起攝取時，將減少彎曲桿菌的作用來解釋。
1.2.1.3相關食品對致病性細菌感染、生存、繁殖和產毒的影響
不同類型的食品和不同加工類型的食品對致病性細菌感染、生存、繁殖和產毒會產生不同的影響。
例如，在新鮮乳液中，含有多種抗菌性物質，它們能對乳中存在的微生物具有殺滅或擬制作用，在含菌少的鮮乳中，其抗菌作用可維持36個小時(在13～14℃的溫度下)；若在污染嚴重的乳液中，可維持18個小時。
又如，罐頭食品是經過高溫、高壓殺菌而制成的。從商業無菌的角度看，此時罐頭中已不存在活的或可繁殖的致病性細菌。但是，有時經過殺菌處理的罐頭仍然可能有微生物存在。這是由于殺菌不足，或在殺菌后，由于罐頭密封不良而受到來自外界的污染。在一定的條件下，這些殺菌后殘存的、或后來污染的微生物，就有可能在罐頭內生長、繁殖而造成罐頭食品的變質。然而，決定罐頭食品中的微生物能否引起變質以及變質的特性如何，則由多種因素決定，其中食品的pH值是一個重要的因素。因為食品的pH值與食品原料的性質有關，與確定食品的殺菌工藝有關，并與能夠引起食品變質的微生物種類有關。對于低酸性罐頭食品(pH>4.6)，在適宜的溫度條件下，肉毒梭菌芽孢可在其中發芽形成生活體，并繁殖、產毒；對于酸性罐頭食品(pH≤4.6)，即便溫度適宜，肉毒梭菌芽孢仍然無法發芽。
再如，健康的牲畜在宰殺時，肉體表面就已經污染了一定數量的微生物，但肉體組織內部是無菌的，這時，肉體若能及時給予通風干燥，使肉體表面的肌膜和漿液形成一層薄膜，就能固定和阻止微生物侵入肉的內部，這樣就可延緩肉的變質。在另外一種情況下，由于宰后的肉體有酶的存在，使肉組織發生自溶作用，蛋白質分解產生胨和氨基酸，從而更有利于微生物的生長。
還可以分析一下鮮蛋與細菌的關系。鮮蛋的內部一般是無菌的，蛋由禽體排出后的蛋殼表面有一層膠狀物質，蛋殼內有一層薄膜，再加上蛋殼的結構，均能夠有效阻礙外界微生物的侵入。此外，蛋白內含有溶菌、殺菌及抑菌的物質——溶菌酶。即便把蛋白稀釋至五千萬倍之后，它對某些敏感的細菌而言，仍然具有殺菌或抑菌作用。蛋白對某些致病性細菌，諸如：葡萄球菌、鏈球菌、傷寒桿菌（S.typhe）和炭疽桿菌（B.anthracis）等，均具有一定的殺菌作用。但是，即便剛產下的鮮蛋中，也有帶菌現象；這通常與卵巢內污染、產蛋時污染和經蛋殼污染有關。鮮蛋內的致病性細菌以沙門氏菌為多見，這是因為活的禽體通常帶有該菌，且又以卵巢內最為多見。金黃色葡萄球菌和變形桿菌等與食物中毒有關的致病性細菌，在蛋中也有較高的檢出率。
最后，可以看看果蔬與果蔬病原微生物的關系。果蔬表皮和表皮外覆蓋著一層蠟狀物質，有防止微生物侵入的作用。但當果蔬表皮受損后，微生物就會乘虛而入并進行繁殖，從而促使果蔬潰爛變質。果蔬水分含量較高，也是果蔬容易引起微生物變質的一個重要因素。當然，果蔬病原微生物不一定是對人體產生病理作用的致病性細菌，而且果蔬的腐爛很容易辨別，這里僅是用以說明食物自身對致病性細菌的作用。
1.2.2致病性細菌對人體健康的負面影響及其它影響
致病性細菌對人體健康的負面影響及其它影響應當在危害描述中得到體現。
1.2.2.1致病性細菌造成的疾病和并發癥
當人體的免疫力不足以抵抗致病性細菌的侵染時，則人體在表征上體現為疾病以及相關的并發癥。例如，可以這樣描述疾病：
腸致病性彎曲桿菌能引起急性的小腸結腸炎，但這不易于與其它病原體引起的疾病相區別。潛伏期可能在1～11天之間，典型的1～3天。主要的癥狀是不舒服、發燒、嚴重的腹痛和腹瀉，嘔吐不常見。腹瀉能產生水樣便、血水便和痢疾樣糞便。雖然經常會輕微的復發，但在大部分的情形下，腹瀉可能持續1周，并且是自行痊愈的。20%的患者癥狀可能持續1～3個星期。帶菌排泄物可能持續2～3周。
當致病性細菌引起的疾病發展到晚期時，由于人體的免疫力低下且機體虛弱，必然造成多器官的并發癥。這種晚期的并發癥可以這樣描述：
晚期的并發癥可能發生在由各種不同的食源性致病菌、包括彎曲桿菌傳染引起的胃腸感染之后。與彎曲桿菌感染相關聯的晚期并發癥是反應性關節炎、紀氏綜合癥和Miller Fisher綜合癥。這些綜合癥顯示不同的癥狀或病變。
彎曲桿菌引起嚴重病癥的情況很罕見。紀氏綜合癥（GBS）表現為周圍神經系統脫神經髓鞘病變。每1,000例彎曲桿菌病的病例中，大約有1例發生紀氏綜合癥。彎曲桿菌病也與Miller Fisher綜合癥有關，它被認為是紀氏綜合癥的一個變體。
總之，彎曲桿菌感染很少發生死亡現象，但是死亡現象通常發生在嬰兒、老年人和免疫力低下的人群中。
1.2.2.2致病性細菌引起的免疫作用
曾遭受致病性細菌感染的患者通常會在一段時期內產生對相關疾病的免疫力；在進行危害描述時，也要對此做出說明，例如：
獲得性免疫能夠解釋為什么烤雞加工屠宰場的員工在開始工作的一段時期內會患上彎曲桿菌病，但是，不久后就不再得這種病了。此外，還發現在家禽和肉品加工人員體內，有比正常人群更高比例的抗彎曲桿菌的補體抗體。
1.2.2.3致病性細菌所產生的抗生素抗性
由于在飼料中或在治療畜、禽、魚病中濫用抗生素的結果，造成許多致病性細菌產生抗生素抗性。這種抗生素抗性的發展可能危及感染上相關致病性細菌患者的治療。上個世紀90年初，英國、奧地利、芬蘭和荷蘭就曾報道，在歐洲人群中發現了能夠抵抗熒光喹啉的空腸彎曲桿菌。正如后來調查所顯示的，當為了治療雞只enrofloxacin病而批準將熒光喹啉加入到雞飼料中時，熒光喹啉敏感性空腸彎曲桿菌菌株能夠轉變為抗性形式，而產生相關的抗性。
1.2.3致病性細菌的劑量－反應調查和評估
可以通過飼喂研究來獲得劑量－反應的數據，并進而獲得暴露劑量和感染概率之間的相關性。其它與建立一個可靠的劑量－反應疾病相關性有關的數據包括：
——其他部分人群、包括更易感人群的劑量－反應數據；
——試驗對象菌不同菌株的數據，以及涉及到劑量－反應的菌株之間的差異；
——有關食品基質對劑量－反應影響的數據。
引起感染反應的劑量取決于若干個因素，包括：病原的毒力及其特性、所攝入致病性細菌的數量、經其而導致感染的媒介物和個體的易感性、個體通常的健康和免疫狀態以及可能改變微生物或宿主狀態的食品基質的特點等等。因此，任意個體由于暴露到食源性病原菌所引起的疾病發生的可能性，取決于宿主、病原和食品基質效應的綜合作用。
例如，在美國涉及到自愿者的一些實驗中，已經調查了空腸彎曲桿菌的感染劑量。在一次實驗中，一個隨著牛奶攝入的500個細菌的劑量，引起一個志愿者患病。在包括從巴爾的摩來的111個健康的年輕成年人的另外一個實驗中，劑量從800個直到20,000,000個的細菌引起了腹瀉。感染的發病率隨劑量增加而增加，但是疾病的發展過程并不顯示清楚的劑量關系。在一家餐館發生的爆發中，致病雞肉制品中空腸彎曲桿菌數估計每克達到53個到750個。
這些有限的調查表明，空腸彎曲桿菌的感染劑量可能相對較低。所攝取劑量和感染（或致病）可能性之間的數學關系，能應用于定量經由某媒介物介導的暴露到已知數量彎曲桿菌后而獲得的一個感染風險。這個數學關系可用所確立的劑量－反應曲線來描述，曲線的終點通常是感染（或疾病）的首要癥狀。例如，V.parahaemolyticus感染的癥狀是急性胃腸炎，因此，劑量－反應曲線的終點即被界定為胃腸炎。
劑量－反應關系的確定基于最有用的數據。例如，在對海鮮食品中V.parahaemolyticus進行風險評估時，人類志愿者的研究數據在建立劑量－反應曲線時是可利用的。使用曲線適性程序（curve-fitting routines）分析數據，以找到Beta-Poisson劑量反應曲線的最適性。如果因為來自人類自愿者的研究數據有限，劑量－反應關系結果就不確定。這個不確定性可由一組使用再取樣技術（resampling techniques）確定的模糊數據－源性(plausible data-derived)劑量－反應曲線的形式所描述的劑量－反應關系來說明。劑量－反應關系已經在專家導出數據、流行病學或動物試驗數據或所有這些綜合數據基礎上確定。這些劑量－反應關系覆蓋了生物學終點即感染率、發病率和死亡率的范圍，并且利用人類流行病學的數據對之進行了評價。所有模式都假定每個細菌可以單獨發揮作用，而且一個單獨的細菌具有潛在引起疾病的能力（最小感染劑量是一個細菌）。應用指數模式推斷，一個單獨細菌引起疾病的概率被假定與攝入所有致病性細菌引起疾病的概率相同，而且這個概率可由一個簡單的參數“r－值”來表達。之所以選擇指數劑量－反應模式，是因為它公認的實用性（即fit），它的簡單性（作為一個簡單的參數模式），以及當外推到低劑量影響范圍時的線性特點。指數劑量－反應模式的方程是：
P＝1－e-rN
P是嚴重疾病的發病概率，N是攝入的劑量（被食入的致病性細菌數量），r是單個細菌引起疾病的概率；所有這些參數界定了所考慮人群的劑量－反應關系。兩參數的Beta-Poisson模式引進了病原/宿主相互作用的不均勻性概念，且r被假定為是可變的。而Weibull-Gamma模式是一個三參數模式，它除了闡明病原/宿主不均勻性外，也包括一個修飾劑量－反應曲線形狀的參數。
總之，每種劑量－反應模式都有特定的特征和局限性。在劑量和反應之間的數學關系，應當總是能夠理想地描述所有有關因子之間的相互作用。不過，因為缺乏數據，所以，在任意模式中的可變性造成食品基質對劑量－反應關系的潛在效應不能夠被確切地考慮。在有效的模式和在現行風險評估中制定的模式中的宿主因素的影響，被為不同的易感和非易感人群所制定的不同關系所闡明。重要的是應當注意到，這樣的數學關系只能描述在人群基礎上的劑量－反應關系，但是無法描述對任意特定個體發病的可能性。
專家們認為，現有的劑量－反應模式是合理的，但是，應當小心使用。因為，它可能高估了由于獲得性免疫造成的發展中國家的發病頻率；同樣，它也可能低估了由于人群易感性差異造成的發病頻率。
1.3暴露評估（exposure assessment）
“暴露評估”是對于通過食品的可能攝入和其它有關途徑暴露于人體和/或環境的生物、化學和物理性因子(風險源及相關風險源)的定性和/或定量評價。在微生物風險評估中的暴露評估或者是對所消費食品中的致病性細菌的數量、或者是對細菌毒素含量的評估。在食品中化學成分的含量可能因為加工而發生略微變化的同時，致病性細菌的數量則是動態變化的，并且可能在食品基質中顯著地增加或減少。細菌數量的變化受到一些復雜因素相互作用的影響，這些因素諸如以下：
（1） 所涉及的致病性細菌的生態學；
（2） 食品的加工、包裝和貯存；
（3） 制作步驟，如烹調——它能夠抑制細菌因子；
（4） 與消費者有關的文化因素。
暴露評估考慮的是可能存在于食品中的致病性細菌的發生和數量，以及確定劑量的消費（食用）數據。
食品中的生物體（細菌、寄生蟲等）的含量在土壤、植物、動物和生食品中測得的量不同于個體攝食時該物質的含量。對于生物體而言，在適宜的環境條件下，由于復制（繁殖），微生物污染物的含量可能會顯著地增加。因此，食品在消費時其中細菌因子的含量，對于在生食品中所測得的或在動物、植物或土壤中所測得的含量之比，可能有顯著的不確定性。
以下的暴露評估技術描述，主要以禽（畜）及其產品的生產（養殖）、運輸、加工、貯存和制作、處理及消費為范例。
1.3.1暴露途徑（exposure pathways）
規定的
暴露途徑是暴露評估的一個重要組成部分。暴露途徑是生物、化學或物理性因子從已知來源到被暴露個體的路線。
對于致病性細菌因子而言，通常要根據食物原料的來源考慮從農田到餐桌或產地到餐桌的全過程。例如，對于烤雞，它所攜帶菌（C）的暴露評估途徑可能是這樣的：
在農場處的繁殖→運輸→其它收獲前的干預策略→屠宰和加工→由于脫毛而發生的變化→由于掏膛而發生的變化→清洗和其它處理的效果→冷卻和冷凍的效果→加工后的變化→家庭制備→交叉污染模式→經已烹調雞的暴露→食用。
而對于海鮮食品例如生牡蠣，它所攜帶菌（Vp）的暴露評估途徑可能如下：
在收獲階段：區域、季節和年份變化→水溫和水的鹽度→總的Vp/g→致病性Vp/g；
在收獲后階段：收獲時的Vp/g和冷凍時間、空氣溫度→第一次冷凍時的Vp/g→溫度下降（下降時間作用）時的Vp/g→消費時的Vp/g(貯存時間作用)；
在消費階段：消費的Vp/g數量和每份牡蠣的數量和每個牡蠣的重量→攝入的劑量→患病的風險。
1.3.1.1生產(養殖或種植)階段的暴露評估
以養殖為例。對于生產階段暴露評估的目的是去評價（最終）在屠宰點（加工）時，一個隨機的個體（禽或畜）可能帶有致病性細菌的可能性。這個可能性取決于表示所有禽（畜）群（national flock）中禽（畜）群感染率的陽性比例，以及屠宰時一個陽性禽（畜）群的禽（畜）群內感染率。一個陽性禽（畜）群定義為包含一頭或多頭被致病性細菌感染的個體。在暴露評估時，應當使用代表一個國家范圍內禽（畜）生產方法的禽（畜）群樣本，用以評價這個模式的輸入。在暴露評估模式中可以使用流行病學和公開發表的資料，用以評價禽（畜）群被感染率。
在一個陽性禽（畜）群內，預期被致病性細菌感染的禽（畜）只的數量，是禽（畜）群內感染率測定標準的基礎。禽（畜）群內感染率直接相關于傳播率，因此，對于一個陽性禽（畜）群這是一個時間依賴性現象。在暴露評估時，還要考慮一個禽（畜）群對之暴露的（細菌的）宿主。宿主可能包括野鳥、嚙齒動物，以及經農場工人造成的交叉污染。
對于生產階段暴露評估的這個模式——在兩個階段禽（畜）群感染的時間依賴性過程，給出傳播的描述是適宜的。第一階段是在包括第一羽（頭）被感染的禽（畜）只在內的禽（畜）群內的傳播，以及第二階段是在禽（畜）群內剩下全部個體之間的傳播。
1.3.1.2運輸
在被感染的禽（畜）只腸道中的致病性細菌，提供了污染食品的潛在可能性。另一個污染致病性細菌的宿主是禽（畜）只外表面的孳生處。致病性細菌可能最終造成對食品的污染，因此，評估出現在進入加工設施這一點的污染水平是必要的，以便推論出相關的暴露評價，并最終確定來自禽（畜）肉產品的致病性細菌對人群（致病）的風險。外表面污染的兩個重要因素是發生在養殖地和發生在運往屠宰工廠的途中。所以，在暴露評估評價了被感染禽（畜）只腸道中致病性細菌的數量，以及評價了發生在養殖地的污染水平基礎上，可以對運輸期間交叉污染的程度進行評價。結果就能得出一羽（頭）隨機的禽（畜）只在屠宰點感染和外部污染的評價水平。
1.3.1.3加工
禽（畜）肉食品的加工過程由高度受控制的工序組成，開始于屠宰加工，直至最終的銷售產品的運輸。如果致病性細菌存在于禽（畜）只的腸道內，則在屠宰和加工期間存在污染它們胴體的潛在可能性。污染的程度取決于禽（畜）只致病性細菌的感染率，以及加工期間使用的衛生標準。污染發生的方式有兩種，或是因被感染的活禽（畜）只，或是由諸如加工設備或另外的禽（畜）只/胴體所造成。
為了檢查加工過程對禽（畜）產品污染水平可能的影響，需要首先了解加工過程和加工過程的每個步驟對被污染產品感染率和污染水平的影響。這個暴露評估的模式試圖去抓住加工過程的關鍵要素和步驟，陳述胴體的污染水平。這個模式的輸出結果是一個對隨機禽（畜）只產品被致病性細菌污染及其含有可能的致病性細菌數量的可能性的評價。
當然需要注意，考慮到不同國家、產品類型、或公司/加工廠，都可能使所涉及的加工步驟不同。緊接著對加工各步驟的定性評估，需要確定加工過程終點最影響產品中致病性細菌狀態的步驟。對這些步驟的每一個，需要收集實驗性數據，并且這些步驟對污染一個給定產品的致病性細菌水平所具有的影響可由適當的數學技術來描述；還要考慮加工過程的復雜性，以及對于每個加工步驟可用的定性和定量的數據。
本評估模式考慮了一羽（頭）隨機選擇自當地禽（畜）群的禽（畜）只的加工，并且考慮了對養殖和運輸階段評價所得到的禽（畜）群感染率和禽（畜）群內感染率。在加工階段所進行的風險評估，評價了每個加工步驟對胴體污染水平的隨機影響。
注意：在制備和消費之前，只要一個禽（畜）制品攜帶了至少一個致病性細菌，則它就能界定為被污染。以一種條件性的陳述方式，本評估模式能夠闡述一個有選擇的產品受到污染或者不被污染。因此，本評估模式評價了對加工產品的感染率和污染水平。
1.3.1.4儲存
冷藏和冷凍儲存能夠減少禽（畜）產品加工后污染感染率和污染量。所以，評估要收集冷藏和冷凍儲存的研究數據，還要通過消費者調查來推斷和獲得儲存時間。這些數據能被用于建立冷藏或冷凍狀態下、在一個給定時間后保留下來的致病性細菌比例之間的相關性。
1.3.1.5家庭制備
在家庭餐飲制備期間，通過各種途徑，人類個體能被暴露到來自新鮮禽（畜）肉的致病性細菌。這些途徑可能包括：受到在攝入之前不經過隨后的烹煮步驟而帶來的任何食品中的禽（畜）肉的直接污染；放置被烹煮產品或即食食品的表面的間接污染；直接污染到手上及隨后的攝入；不充分的烹煮和其它潛在的污染事件。
FAO/WHO關于消費者私人廚房處理和制備的風險評估模式，被分為兩個部分：（1）由于不安全的食品處理程序所造成的餐飲的交叉污染，和（2）由于禽（畜）肉略微烹調所造成的致病性細菌的殘存。
在這個階段，應當注意到與食品處理程序相關的大量的不確定性和可變性。由于許多不同的可能的污染路徑，人類個體處理食品實際的差異，以及在此領域這種數據相當有限，評估經由交叉污染和略微烹調造成的感染風險是一道難題。
·交叉污染——滴水液模式：
目前，難以相信有可能隔離在不同污染路徑的廚房加工過程，以及定量每條路徑對全部風險所起的作用。基于先前在一個加拿大風險評估中描述的“滴水液模式”此時可以使用。簡言之，這個方法考慮了包含在禽（畜）產品中的水分。當水在諸如沉浸冷卻器這樣的加工過程中被用于禽（畜）肉時，一部分松散附著的致病性細菌在水容量中被稀釋。隨著禽（畜）肉被消費者制備，假定少量含有松散附著的致病性細菌的禽（畜）液體（滴水液），可能經由交叉污染或其它路徑被不知情的攝入。盡管暴露路徑不能被明確說明，但是，一個單位容量的液體可能被攝入，從而導致暴露。下圖概括了被用以評價家庭制備中滴水液含有的致病性細菌的濃度，而這個濃度是基于加工過程中禽（畜）肉中的細菌濃度：
假定稀釋松散細菌的液體容量在加拿大食品檢驗局（CFIA）法規，以及類似的就加工期間禽（畜）肉允許因來自額外水分而增加重量的美國指南基礎上被評價。除此之外，雖然被用以評價液體中（細菌）濃度的假設可以被合理地評價，但應當注意到，不存在明確支持這個假設的數據。
·略為烹調－結合內部溫度和被保護區域方法
這個方法顯示了家庭內廚房在一個應用于整個胴體的燒烤加工過程中幸存下來的致病性細菌攝入的暴露途徑。本分析的目的是確定胴體在烹調后仍將保持被污染狀態，以及幸存細菌數量的發生頻率。風險評估使用一個聯合的方法，該方法利用四個主要假設：（1）存在任何幸存可能性的僅存的細菌是在一個免受爐火熱度而被相對保護的區域內。（2）結合細菌的禽（畜）肉的某些部位處于這些被保護的區域。（3）一個最大（最終）的溫度在這些保護區域內被達到，并且細菌在一段時間內經歷了這個溫度。（4）在消費者實際操作中的可變性要為所能達到的最大的溫度變化負責（由于烹調時間的變化）。基于在保護區域內的最終溫度的假定時間去計算細菌數量的減少。
1.3.1.6零售階段的污染
通常用于零售的是即食食品（ready-to-eat foods，RTE），它不同于家庭制備食品，RTE甚至包括飲料，正常情況下是以生食狀態或任何被處理、加工、混合、烹調或以別的方式制備而成為一種無需進一步加工即能正常食用的形式。RTE食品在不同國家按照當地的飲食習慣、冷鏈的有效性和完整性以及特定的法規——例如，零售層次的最大溫度要求——而不同。
評估零售階段污染的主要數據是感染率，即基于一個最低的微生物檢測的靈敏度（例如，0.04個L.monocytogenes/g，即1個細菌/25g）所確定的檢出/未檢出。采用Beta分布來估計檢出/未檢出的不確定性，從而包括在一個數據組中的樣本數量的影響。定量數據被排列作為累積頻率分布。例如，在巴氏奶中，5%的樣品具有少于或等于log10-1.18cfu/g的濃度水平，50%的樣品具有少于或等于log10-0.58cfu/g的濃度水平，95%少于或等于log10-0.23cfu/g的濃度水平，以及99%少于或等于log102.15cfu/g的濃度水平。在指定不確定性的范圍后，這些分布被用于估計在購買點被評價的食品中致病性細菌的濃度水平。
1.3.1.7消費
這個階段的評估應當考慮多份餐食品的分量和消費頻次。對于一個個體而言，一份餐食品的分量應與一天中所有場合（如果消費多份餐食品，包括類似的食品如全脂或脫脂奶）的消費結合起來考慮。份餐食品的分量可由累積頻次分布來描述。以奶為例，對于易感性人群各為182g和687g奶的消費，分別具有50th和95th的百分點。
一份餐食品的頻次可作為兩種情況來計算：在一天中消費的可能性和100,000人每年消費份餐食品的總數。例如，對于具有免疫力（non-immunocompromised）的加拿大人群的奶消費，50th和95th的消費百分點分別是每天消費0.75和0.79份餐。而對于100,000個具有免疫力的人們年度份餐的百分點數量分別是4.0×109和4.9×109。
因為并未收集大部分的數據用于風險評估，且因為不同的風險評估具有不同的目的，所以，經常必須使用并不確實滿足特定風險評估需求的數據。更嚴重的是，這些數據庫的數據省略了兒童，這是一個可能比成人消費某些食品——例如奶和冰淇淋——頻次更高的群體。一種糾正這個不足的方法是從其它來源查找額外的資料，例如來自其它國家或工業市場數據的調查資料，并且結合這個資料進行全部人群的估計。這就要求風險評估者付出相當多的時間和努力。做為選擇，風險評估能夠使用有效數據，并且在風險描述中說明這些數據的不足。
1.3.2暴露評估的輸出
暴露評估的輸出被輸入劑量－反應的模式中。它描述了致病性細菌在消費時的食品中的分布，并且也包括消費量。在消費時的分布被描述為一個受污染食品的log10cfu/份餐的累積頻次。不確定性用以估計所伴隨的每個百分點值，以提供一個百分點精確性的可信度估計。其它輸出值是污染頻次的Beta分布，每年的份餐數量和份餐分量。
1.4風險描述（risk characterization）
風險評估的最后階段即風險描述。生物病原體的風險描述將根據危害識別、危害描述和暴露評估等步驟中所描述的觀點和資料來進行。風險描述是就來自特定細菌性因子對特定人群產生不良效應潛在可能性和嚴重性的一個定性或定量的估計（包括伴隨的不確定性）。風險描述是由食品毒理學家和微生物學家根據動物試驗結果做出的，風險描述結果必須包括像安全因素的使用等不確定性。
用定量風險評估法來描述食源性細菌病原體所帶來的風險，是否可能而且合適尚未確定。因此，定性描述風險可能是目前唯一的選擇。風險描述必須回答三個問題：
（1） 健康風險的本質是什么？發生的可能性有多大？
（2） 哪些個體或人群存在健康風險？
（3） 不良影響或效應的嚴重程度如何？
1.4.1定性估計
定性風險評估過程是根據具體食品的情況，致病性細菌的生態學知識，流行病學的資料以及專家對食品的生產、加工、貯存和消費前的處理方法所導致危害的判定來進行的。
以禽（畜）制品的風險描述為例。
風險描述的方法學通常是將暴露評估的輸出結果與劑量－反應的相關性結合起來，以計算感染致病性細菌的概率。但是，由于實際上無法擺脫的對模式兩個關鍵要素——微燙的影響和交叉污染的影響——的不確定性，因此，現行的模式不能提供一個風險的決定性估計。此外，這個模式不能用于研究風險的高限和低限的估計，而這是由不確定性所間接表明的。不過，這個模式仍然提供了一個有用的形式，借以研究潛在的暴露途徑以及這些途徑如何在與禽（畜）制品有關的致病性細菌引起疾病風險中起作用。
風險描述包括如下的要素：
（1） 基線模式：這個模式被詳細地研究過，以澄清在模式的不同模塊之間的輸入－輸出關系，并且也研究了這個模式的可信度。
（2） 柱方圖（scenario）分析：在柱方圖分析中，通過改變一或兩個模式參數，研究基線的變更效應。這樣做就能研究參數估計的不確定性影響，以及評價風險緩解戰略的潛在可能性。8個可選擇的柱方圖被研究，以闡明這個模式調查改變特定模式輸入效果的能力。每個單獨的柱方圖涉及一個特定的參數變化，示例如下：
緩解關系柱方圖
1） 禽（畜）群之間的感染率（80%的感染率減少到50%）；
2） 禽（畜）群內的感染率（100%感染率減少到10%）；
3） 燙毛：硬燙和軟燙；
替換模式假設柱方圖
4） 較短冷凍貯存時間范圍；
5） 微燙；
6） 脫毛；
7） 不加氯水冷卻期間的污染；
加氯水冷卻期間的污染。