微生物學危害引起人體疾病一般有兩種機制。

第一種機制是產生毒素，這些毒素既可引起短期輕微的癥狀，也可引起長期的或危及生命的嚴重中毒后果，即所謂的“食源性中毒”：這是食物中的產毒細菌在適宜的條件下，繁殖并產毒，吞食了含毒素的食物后，引起一系列人體中毒現象；如金黃色葡萄球菌（S.aureus）、肉毒梭狀芽孢桿菌(C.botulinum)和產氣莢膜梭狀芽孢桿菌(C.perfringens)等產毒細菌，均可引起“食源性中毒”。又稱“毒素性食物中毒”。

第二種機制是因攝入能夠感染寄主的活體生物而產生病理反應，即所謂的“食源性感染”：這是由吞食大量（10^７以上）活的病原體引起；這些致病性細菌在人體內、通常是在腸道內生長，導致人的生病。如沙門氏菌屬（Salmonella）、致病性大腸桿菌（如EHEC）、變形桿菌屬（Proteus）、副溶血性弧菌（V.parahaemolyticus）、蠟樣芽孢桿菌（B.cereus）和糞鏈球菌(S.faecalis)等，均可引起“食源性感染”。又稱“感染性食物中毒”。

在前一種情況下，所關注的閾值水平(threshold levels)比較容易定量。在這些情況中，如同某些其它生物學因子一樣，定量風險評估是可能的。然而，當考慮到來自致病性細菌的危害時，定性風險評估可能是唯一可行的方法，并藉以獲得對與通過攝食暴露有關的危害的嚴重性和可能性的評估。但是，定量和定性方法都將取決于在風險評估過程中所產生信息的類型和性質。在評估一些微生物學風險時，可以有足夠的數據進行定量分析，但是，在大部分情況下，諸多與怎樣和何時微生物才表達致病性有關的不確定性，將使定量評估變得不可行。對此，將來需要做進一步的研究，以使評估更加精確以及可以進行定量評估。

當缺乏量的數據時開展一個暴露評估，在特定的加工工序或生產環節對危害水平進行測定，可以為消費者提供一個可能風險的定性標識。在這方面，可以采用微生物危害水平和對人類健康可能的不同作用定性評價的比較研究。