位于接穗和基砧之間的一段砧木。用于二重或多重嫁接，其成苗稱中間砧果苗。果苗由品種接穗、中間砧、基砧3部分組成。由于矮化砧繁殖困難，繁殖系數低，根系發育較差，所以將具有某種特性的砧木枝條用作中間砧，利用基砧根系發達，固地性、抗性、適應性強，采種繁殖容易等和矮化砧木對接穗的影響，共同作用于接穗品種，以達到矮化樹冠。

苗木的常規培育過程是，選擇當地適宜的蘋果實生砧木作基砧，在實生苗近地面處嫁接矮化砧木作中間砧，翌年再于矮化中間砧枝段的25-35cm處嫁接蘋果品種，培養出成苗。采取二重枝接或分段芽接方法培育矮化中間砧蘋果苗木，育苗期縮短1年，但操作技術較為復雜。中間砧的長度在一定范圍內與矮化、早果效應呈正相關，因此其長度不應短于25cm。