生物菌肥因其是生物活體肥料，其特殊的成分決定了它必須有特定的使用條件。土壤環境條件會影響菌肥使用效果，如溫度、光照、土壤水分、酸堿度及使用方法等，所以在使用的時候就需要考慮到這些方面。

調控好地溫  一般菌肥中的生物菌在土壤18-25℃時生命活動最為活躍，15℃以下時生命活動開始降低，10℃以下時活動能力已很微弱，甚至處于休眠狀態。因此，冬季大棚蔬菜施入菌肥后，調控好地溫至關重要。而在冬季要想保持較高的地溫，首先要控制好大棚內的氣溫，以氣溫促地溫回升。一般棚內氣溫白天應保持在25-30℃為宜，夜間棚內溫度低，為避免地溫散失，維持地溫恒定，除了采取地膜覆蓋外，在操作行內覆蓋作物秸稈也不失為一種好辦法。

調控好土壤的濕度  土壤含水量不足不利于生物菌的生長繁殖，但土壤在澆水過大，透氣性不良，含氧量較少的情況下也不利于生物菌的生存。因此，除調控好地溫外，合理澆水也很重要。一般情況下，澆水應選在晴天上午進行，因這段時間內澆水有利于地溫的恢復和棚內濕氣的排除。澆水時要注意澆小水，切忌大水漫灌。若在蔬菜苗期覆蓋地膜之前澆水，還應及時進行劃鋤，以增加土壤的透氣性，促進生物菌的生命活動。

注意施足有機肥  而生物菌的功效是在土壤有機質豐富的前提下才能發揮出來的。如果土壤中的有機肥施用不足，生物菌就會因食物缺乏而使用效果不良。如果土壤中的有機質供應充足，生物菌肥中的益生菌就會大量的繁殖，從而增強對有害菌的抑制。因此，蔬菜定植前，一定要注意施足有機肥。

使用方法要得當  菌肥可作基肥，畦施、溝施或穴施；也可作追肥，進行沖施。生物菌肥穴施效果較好，生物菌可以迅速在蔬菜的根系周圍形成強大的菌群，保護根系。如果土壤中病原菌積累較多，如種了十幾年的老棚，建議采取先普施后穴施的方式以增加土壤中生物菌的數量，增強防病效果。

多種生物菌肥不宜同時使用  應用生物菌肥時最好只使用一種，不宜將含有不同有益菌的多種生物菌肥同時使用，更不應經常更換使用不同種類的生物菌，這是因為生物菌肥要發揮作用，需要有益微生物大量繁殖才能發揮作用。而微生物與微生物之間存在互生、共生（狹義的）和對抗三類關系，其中對抗關系又包括拮抗、寄生、競爭、捕食等多種類型。一般不同的菌肥產品所含的主要有益菌種不同。要注意不斷補充新的菌肥，如基肥中用過后，可多次追同一種生物菌肥，以壯大菌群，提高防效。

需要特別注意的是，應用生物菌肥后通常不能再使用殺菌劑。因為生物菌中的有益菌能夠被用到土壤中的殺菌劑殺滅，所以殺菌劑不能與生物菌同時使用。